马枢字要理，扶风..人。其祖父马灵庆，为齐竟陵王录事参军。马枢几岁时父母俱丧，其姑收养了他。六岁时，他能背诵《孝经》、《论语》、《老子》。长大后，他博览经文史籍，尤其善解佛经及《周易》、《老子》义。
梁邵陵王萧纶任南徐州刺史，久闻其名，荐引为学士。萧纶当时自己讲授《大品经》，令马枢讲授《维摩》、《老子》、《周易》，同一日阐发题解，道俗听者二千人。邵陵王想弄清讲授的优劣，便对众人说：“与马学士论义，必使屈服，不能空立主客之席。”于是数家学者齐起发问，马枢便一一剖析，先阐发其宗旨，然后条分缕析，论述千变万化，与他论者都顶礼膜拜默默聆听而已。萧纶十分赞赏他，想把他向朝廷推荐。不久遭遇侯景之乱，萧纶带兵援助台城，便留下二万卷书给马枢。马枢潜心阅览，几乎全部通读，便喟然叹息说：“我听说看重爵位的人把巢父、许由当作羁绊，喜好隐居者以伊尹、吕望为低贱，为名利所束缚者则把道家之言视为草芥不值。习玩于清淡者则把儒家学说当作糠米比，公正的考察，他们是各取所好。然而支父有辞让帝位之品格，庄子有傲视帝王之美德，千载传为美谈，沿袭不废。想一想那些孜孜以求的人们，我只有为他们叹息。难道是上天不愿施惠给高尚之人，以至于隐居之人是这样的少！”便隐居茅山，有终身之志。
天嘉元年(560)，文帝征辟为度支尚书，他辞不应命。那时马枢的亲人故友都住在京口，每年秋冬之际，按时去游玩。鄱一陽一王任南徐州刺史，钦慕其品德高尚，担心不能招致，于是卑辞厚意，让使者去邀请他，前后数次，马枢称病推辞。有门客规劝说：“鄱一陽一王以师友相待，与爵位无关，身处闹市，于静心修养又有何妨。”马枢不得已，才前往。鄱一陽一王另外筑室让他住，马枢不喜欢住所高贵华丽，便在竹林间自造茅茨庐居住。每次王公的馈赠，他再三推辞，自己所要的只是十分之一。
马枢少时逢乱世，他的居所，连盗贼都不进，依托在他家的人常有数百家。他目光敏锐富有洞察力，能看见暗中物品。常有一只白燕，在他家庭院的树上筑巢，栖戏于檐庑之下，时而停集几案，春去陈书秋来，差不多三十多年。太建十三年(581)去世，时年六十岁。他撰写的二十卷《道觉论》流行于世。