孝愍皇帝名邺，字彦旗，是武帝司马炎之孙，吴孝王司马晏的儿子。出继给后伯父秦献王司马柬，袭位封秦王。
永嘉二年(308)，拜为散骑常侍、抚军将军。洛陽陷落后，到荥陽密县避难，与舅父荀藩、荀组相遇，自密县南走许颍。豫州刺史阎鼎与前抚军长史王毗、司徒长史刘畴、中书郎李昕及荀藩、荀组等共同谋划送愍帝回长安，刘畴等中途叛变，阎鼎追上把他杀了，荀藩、荀组幸免于难。阎鼎即裹挟愍帝，乘坐牛车，经宛奔武关，多次遇到山贼拦截，士卒逃散，停留在蓝田。阎鼎告知雍州刺史贾疋，贾疋立即派州兵迎接护卫，到达长安，又使辅国将军梁综帮助守长安。当时霸水出现玉龟，长安城南有神马鸣叫。
永嘉六年(312)九月初三，阎鼎等拥戴秦王为皇太子，登坛祭天，建立宗庙社稷，实行大赦。给贾疋加上征西大将军称号，以秦州刺史南陽王司马保为大司马。贾疋讨伐贼张连，被张连杀害，众人推举始平太守麴允兼雍州刺史，做盟主，按照朝廷制度，选拔设置官员。
建兴元年(313)夏四月初一，得到怀帝被害的音讯，举行哀悼祭奠之礼。二十七日，愍帝即位，实行大赦，改年号。以卫将军梁芬为司徒，雍州刺史麴允为使持节、领军将军、录尚书事，京兆太守索纟林为尚书右仆射。石勒在上白进攻龙骧将军李恽，李恽战败被杀。
五月十八日，以镇东大将军琅王牙王司马睿为侍中、左丞相、大都督陕东诸军事，大司马、南陽王司马保为右丞相、大都督陕西诸军事。又给南陽王、琅王牙王下诏说：“天灾人祸，虽在明君盛世，有时也会遇到。朕因年幼，继承大业，凭祖宗之灵和群公义士之力，欲扫除凶寇，拯救故都宗庙，瞻望前途，未能顺心如愿，心肝为之碎裂，西周时周公召公分陕而治，姬氏得以兴隆；周平王东迁，得到晋国郑国有力的辅助。今左右丞相高德可与圣贤媲美，又是王室近亲，国家当仰仗二公，扫除巨寇，奉迎怀帝灵柩，克复故土，使王业中兴。令幽、并两州将领率兵三十万，直捣平陽。左丞相应率秦、凉、梁、雍四州劲旅三十万，进军长安。右丞相率自己所属一精一兵二十万，直指洛陽。并分别派遣前锋，作为幽、并军的后继。各路军克期赴敌，为国家建立大功。”
又给琅王牙王下诏说：“朕因年幼昏昧，继承大业，未能扫平凶逆，奉迎先帝灵柩，枕戈待时，心肝碎裂，前日得到魏浚上表，知道公率领三军，已经占据寿春，并传檄文于诸侯，共振国威，想来大军继续前进，已达洛陽。凉州刺史张轨，一心振兴王室，军旅在途，连绵万里，已经到达氵开陇；梁州刺史张光，也派遣巴汉士卒，屯驻骆谷；秦川的骁勇将士，也会集如林。不久前派出的使者已经回来，得知平陽方面的确实消息，说是幽并二州兵力强盛，残余的胡人已经衰败，然而还在恃险顽抗，应当大举剿灭。不知公当前在何处，因而其他各军都休养士卒，砺兵秣马，尚未大举进军。今公军已至何处，应当来信告知，朕便御驾亲征，会师中原，扫除群凶。公应思献宏大之计，长远之略，使先帝陵墓得迁还旧都，四海赖以安宁。故派遣殿中都尉刘蜀、苏马等前往宣示朕意。公德高望重，为王室亲属，兴隆东方，安定天下，非公而谁能当此任！但洛陽为陵墓宗庙所在，不可空虚，公应镇守洛陽，以安一抚山东百姓。右丞相当辅助朝政，仿效周公召公，以使中兴事业得以隆盛。”
六月，石勒杀害兖州刺史田徽。此时，崤山以东的郡县，相继被石勒攻陷。
秋八月二十日，刘蜀等到达扬州。把建邺改为建康，把邺城改为临漳。杜..侵扰武昌，焚烧城邑。杜..的别将王真袭击沌陽，荆州刺史周岂页逃到建康。
九月，司空荀藩死于荥陽。刘聪进犯河南，河南尹张髦战死。
冬十月，荆州刺史陶侃在石城讨伐杜..的一党一羽杜曾，被杜曾打败。二十七日，下大冰雹。二十八日，下大雪。
十二月，河东地震，下雨时空中落肉。
二年春正月初一，出现黑雾，沾到人身上像墨一样，连夜不止，五天以后才消散。初三辰时，东升的太陽坠一落于地。又有三个太陽相继出现于西方而向东运行。初九，实行大赦。杨武在汉中大肆掠夺，然后投奔李雄。
二月初二，以司空王浚为大司马，卫将军荀组为司空，凉州刺史张轨为太尉，封为西平郡公，并州刺史刘琨为大将军。
三月初四，石勒攻陷幽州，杀死侍中、大司马、幽州牧、博陵公王浚，焚烧城邑，死者万余人，杜..别帅王真在林鄣袭击荆州刺史陶侃，陶侃逃奔滠中。
夏四月初五，地震。
五月二十三日，太尉、领护羌校尉、凉州刺史、西平公张轨死。
六月，刘曜、赵冉进犯新丰等县，安东将军索纟林讨伐并击破了他们。
秋七月刘曜、赵冉等又进一逼一京都，被领军将军麴允击破，赵冉中流矢而死。
九月，北中郎将刘演收复顿丘，杀了石勒所任命的太守邵攀。十九日，麟出现于襄平。单于代公猗卢派使者来献马。蒲子有马生人。
三年春正月，盗贼杀了晋昌太守赵..。吴兴人徐馥杀害吴兴太守袁..。以侍中宋哲为平东将军，驻军华陰。
二月十二日，左丞相、琅王牙王司马睿晋升为大都督、督中外诸军事，右丞相、南陽王司马保晋升为相国，司空荀组为太尉，大将军刘琨为司空。晋封代公猗卢为代王。荆州刺史陶侃在巴陵击破王真。杜..的别将杜弘、张彦在海昏与临川内史谢扌离交战，谢扌离大败战死。
三月，豫章内史周访攻击杜弘，将他赶跑，在阵上杀了张彦。
夏四月，实行大赦。
五月，刘聪进犯并州。
六月，盗贼挖开了汉文帝汉宣帝的陵墓霸陵杜陵以及薄太后陵，太后面貌和活人一样，盗去的金玉纟采帛无法计算。当时因朝廷临时定都长安，草率从事，服饰费用短缺，命令将陵墓中盗贼偷剩下的财物收拾起来，充实国库。初五，地震。十九日，实行大赦。命令雍州官吏掩埋一尸一骨，修复陵墓，有盗墓者，诛灭三族。
秋七月，石勒攻陷濮陽，杀死太守韩弘。刘聪进犯上一党一，刘琨遣将援救上一党一守军。
八月初二，王师与敌军在襄垣交战，王师大败。荆州刺史陶侃攻击杜..，杜..战败逃走，死在路上，湘州平定。
九月，刘曜进犯北地，朝廷命领军将军麴允去讨伐。
冬十月，麴允进攻青白城。以豫州牧、征东将军索纟林为尚书仆射、都督宫城诸军事。刘聪攻陷冯翊，太守梁肃逃奔万年。
十二月，凉州刺史张实送上皇帝印玺一个。盗贼杀害安定太守赵班。
四年春三月，代王猗卢死，其部卒归附刘琨。
夏四月二十日，刘曜进犯上郡，太守籍韦率领部下逃到南郑。凉州刺史张实派遣步骑兵五千赴京师护卫。石勒攻陷廪丘，北中郎将刘演出逃。
五月，平夷太守雷火召杀害南广太守孟桓，率领二郡三千余家反叛，投降李雄。
六月初一，日蚀。蝗虫成灾。
秋七月，刘曜攻北地，麴允率步骑兵三万去援救。王师不战而溃，北地太守麴昌投奔京师。刘曜进军至泾陽，渭水以北诸城的守军都溃散，建威将军鲁充、散骑常侍梁纬、少府皇甫陽等都死于乱军之中。
八月，刘曜进一逼一京师，京城内外断绝联系，镇西将军焦嵩、平东将军宋哲、新平太守竺恢等一同奔赴国难，麴允与公卿守长安小城保护自己，散骑常侍华辑监督京兆、冯翊、弘农、上洛四郡兵，屯于城东霸上，镇军将军胡崧率领城西诸郡兵驻遮马桥。各路守军都不敢出击。
冬十月，京城饥荒极端严重，米一斗值黄金二两，人吃人，一大半人饿死。太仓中有酿酒用的麴数十块，麴允将麴砸碎熬粥给愍帝喝，到这时麴块也吃完了。愍帝哭着对麴允说：“如今穷困危急到这种地步，外面没有救援，为社稷而死，是我所应该的。然而想到将士们遭受这样的磨难，应趁城未陷落而行全身之计，或许可以使百姓免受屠戮之苦。就这样做吧！跋快发书，朕已经决定了。”
十一月十一日，愍帝使侍中宋敞向刘曜送降书，自己乘坐羊车，脱一去上衣，口衔玉璧，侍从抬着棺材，出城投降。群臣哭泣呼号，攀援住车驾，拉住愍帝的手，愍帝也不胜悲哀。御史中丞吉朗自一杀。刘曜烧了棺材，接受了玉璧，使宋敞侍奉愍帝回宫。当初有童谣说：“天子何在豆田中。”当时王浚在幽州，听到此童谣后，以为藿即豆叶，豆与藿连，便杀了一个叫霍原的隐士以应此谣。实际是愍帝到刘曜军营投降时，军营正在城东豆田壁。十七日，愍帝被送往平陽过流亡生活，麴允和群官都跟从到平陽。刘聪给愍帝加上光禄大夫、怀安侯的称号。十八日，刘聪登殿，愍帝在他面前叩头跪拜，麴允看到这种情景，伏地痛哭，然后自一杀。尚书梁允，侍中梁氵睿、散骑常侍严敦、左丞臧振、黄门侍郎任播、张伟、杜曼及诸郡守都被刘曜杀害，华辑逃到南山。石勒围攻乐平，司空刘琨派兵援救，被石勒打败，乐平太守韩据出逃，司空长史李弘献并州地投降石勒。
十二月初一，日蚀。初五，刘琨投奔蓟依附段匹石单。
五年春正月，愍帝在平陽。十七日，虹霓满天，三个太陽并悬于天空。平东将军宋哲投奔江南。李雄使其将李恭、罗寅进犯巴东。
二月，刘聪使其将刘畅进攻荥陽，被荥陽太守李矩击破。
三月，琅王牙王司马睿继承皇统，改年号，在建康称晋王。
夏五月丙子，日蚀。
秋七月，大旱，司、冀、青、雍四州螽蝗成灾。当时石勒也争着收取百姓禾稼，当时人们称为“胡蝗”。
八月，刘聪使赵固在定颍袭击卫将军华荟，并杀害了他。
冬十月丙子，日蚀。刘聪外出打猎，令愍帝执行车骑将军的职务，穿着戎服，手执戟矛，在前面开路，百姓聚在路旁观看，有些晋朝遗民故老，看了以后一抽一泣流涕，刘聪听到后十分厌恶。以后，刘聪又趁宴会时让愍帝行酒，洗酒杯，上厕所时又使愍帝拿马桶盖，旁边的晋臣多失声哭泣，尚书郎辛宾抱住愍帝痛哭，被刘聪杀害。
十二月二十日，愍帝被刘聪害死于平陽，终年十八岁。愍帝继承皇位时，正值永嘉之乱，天下分崩离析，长安城中不满百户人家，房屋坍塌，荆棘成林。朝廷无车马服饰，只能把官衔写在桑木板上作标志而已。军队不过一旅，公私有车四辆，器械缺少，粮饷运输不能接济。巨贼横行，京都危急，各地诸侯无献身之志，四方将帅无勤王之举，故使愍帝君臣处境窘迫，受辱被杀。