沈麟士字云祯，吴兴武康人。祖父沈膺期，是晋朝太中大夫。父亲沈虔之，在宋朝时作乐安县令。
麟士从小聪俊，七岁时，听叔父沈岳谈玄理。宾客散去以后，他能毫无遗漏地复述叔父的讲解。沈岳抚一摸一着他肩膀说：“如果斯文不断绝的话，希望恐怕是在你这儿了。”长大以后，博通经史，有高尚的情怀。父亲去世，他服丧尽了礼节。丧服期满后，每遇父亲忌日总要流泪十来天。生活贫困，一边织帘一边读书，乡邻们都称他为“织帘先生”。曾经给人做竹器弄伤了手，便流着泪回去了。和他一块儿干活的人问他：“这没什么要紧，何至于就哭起来了？”他回答说：“伤本来并不算疼，但毁伤了父母留给我的身一体，心里难过才哭罢了。”曾有一次走在路上，邻居说他穿的鞋是自己的，麟士问：“是你的鞋吗？”就脱一下来光着脚回家了。邻居后来找着了自己的鞋，把他的鞋还他，他也只是说：“不是你的鞋吗？”笑一笑把鞋收下了事。
宋元嘉末年，文帝令仆射何尚之抄录编辑《五经》，探访举荐有学问的人，县里推荐麟士应选。他不得已才到京城，尚之接待他很够礼貌。他到了以后，尚之对儿子何偃说：“山野中必定多奇异之士，沈麟士，是黄叔度一流的人士，怎能够玉石不辨呢，你应把他作为老师。”
麟士曾苦于无书读，于是到京都游历，遍观四部图书后，感叹道：“古人是什么样的人啊！”不久便称病回乡，不与人交往。抚养哥哥留下的遗孤，仁义名扬家乡。有人劝他去作官，他回答说：“鱼被钓起来，兽让关进笼子，天下事各有契机。圣人悟一性一深刻，所以一举一动都有吉兆。我虽然没有高尚的德行，忘世超脱，为什么不能希望逐渐使自己谦退些呢？”于是作《玄散赋》断绝与尘世的来往。太守孔山士征召他作官他不去，同族的徐州刺史沈昙庆、侍中沈怀文、左率沈勃来看望他，麟士都不曾回拜。
他隐居在余不溪吴差山，讲经授徒，来向他求学的有百十来人，各人盖了房舍，住在他近旁，当时人编成一句顺口溜：“吴差山中有贤士，开门教授居成市。”麟士推重陆机的《连珠》多次为学生讲解。征北将军张永作吴兴太守，请麟士到郡城中去。麟士听说郡府后堂有好山水，是戴安世游吴兴时就着古墓修造的山池，想去看看，于是就去那儿住了几个月。张永想请他作功曹，麟士说：“太守大人恩德及于远方寒士，关心山野之人，因此我就披衤曷扶杖，忘掉疲惫病痛而前来。如果一定要给恶兽画上蛾眉，给粗鄙的人戴上文绣的冠冕，在下虽不才，也要学一学高风亮节之士，只有跳东海一死，也不能接受这像刑戮一样难忍的官禄。”张永就不再勉强他。
太守王奂在升明末年，中书郎沈约在永明年间都上表向朝廷荐举过他，朝廷征召他都不应。他给沈约写信说：“名本是实的附属物，本非我所愿。无心于此，空劳四肢。这样一来，给我好处反带来祸患。”
麟士什么也不追求，一心努力读书，时常傍着几案弹琴，不奏时新的曲调。自己背柴打水，一天的饭吃两天，到老保持一操一守，读书不倦。遭火灾书被烧掉数千卷。年过八十，还耳聪目明。用旧纸的背面抄录，就着火光仔细书写，又写成二三千卷，装满了几十筐，当时人们认为这是他静默养身才得以有这样的好身一体。作《黑蝶赋》以寄托情怀，著有《周易》两《系传》、《庄子内篇训》，注《易经》、《礼记》、《春秋》、《尚书》、《论语》、《孝经》、《丧服》、《老子要略》数十卷。梁天监元年(502)，与何点同时被征召，又不去赴任。二年，死在家里，年八十五。麟士认为杨王孙、皇甫谧能洞察生死的道理而在办丧事时矫正时弊，就自己写下遗书，上面说：“一咽气就把被子掀掉拿走，拿三幅布来盖一尸一首。入殓时，把布铺在身一子底下，作为入殓的服装。从左右两边反着裹上来，不用再做盖的被子了。不需要沐浴含珠，还用本来的褐衫，原先穿的裤子，总共只要这两件衣服，上面盖件单衣，扎头发的幅巾在下当枕头，棺材里只要这些。像士安那样照《孝经》行一事。下葬以后不再立灵位，到四季节气及大小祥祭日，临时在地上铺张席，用清水祭奠。别人家相沿的习惯都要漆棺，如今我不要漆。也不需要招魂幡。衣服一穿好就埋掉，坟墓造得要小，以后附葬的就造得更小点儿埋在一边儿，合葬不合于古制。坟墓上边不要用土堆起来，让上面与地平。王祥死时就是这样。下葬时不需丧车、灵舫、鬼其头面具。不许早晚设置食物。祭奠的规矩，到下葬为止，只需清水一杯。”儿子沈彝遵奉遗教实行，州里乡里人们都称颂感叹不已。