孔皀字德璋，会稽山一陰一人。祖父孔道隆，位居侍中。父亲孔灵产，泰始年间(465～471)，任晋安太守，有隐遁之志。在禹井山建立了一座馆舍，侍奉道规非常一精一心。吉日在安静的屋子里朝四个方向朝拜，泪流不止。一次东出路过钱塘城北面，便在舟中遥拜杜子恭墓。从这里直到都城，他面朝东坐着，不敢背对或侧对。元徽年间(473～477)，为中散大夫，很懂得星文，喜欢术数。齐高帝辅政，沈攸之起兵，孔灵产告诉高帝说：“沈攸之的兵众虽然很强，但是以天时运数来看，没有什么作为。”高帝验证了他的话，提拔他做光禄大夫，用竹箱盛着孔灵产抬上灵台，让他占候吉凶。赠给孔灵产白羽扇、白几案，说：“您有古人之风，所以赠给您古人的衣服。”当时的人都认为十分荣耀。
孔皀少年时在学问的涉猎上有很好的声誉，太守王僧虔见到后非常重视，任用他为主簿。后来举为秀才，又升迁为殿中郎。高帝做了骠骑，取他为记室参军，与江淹一齐掌管辞笔。担任尚书左丞，遇到了父亲的丧事离职。和他的哥哥孔仲智回到了他们父亲的山舍居住。孔仲智的妾李氏骄妒无礼，孔皀告诉了太守王敬则把她杀掉。
永明年间(483～493)，历任黄门郎，太子中庶子，廷尉。江东继续使用晋朝时候的张、杜律二十卷，武帝留心法令，多次审讯囚徒，诏令狱官详细地订正旧注。在此以前尚书删定了郎官王植撰写订正的法律，上奏后，删削其中的烦琐有害的条文，采录其中允当合理的部分，吸取张裴的注七百三十一条，杜预的注七百九十一条，或者二家两种解释意义才完备的，又取了一百零七条，他们的注解相同者取了一百零三条，集结为一本书，共一千七百三十二条，为二十卷。孔皀请求交付外界详细校订，挑出其中不合理的地方。诏令采纳了他的意见。于是公卿八座参议，考正旧注，有可轻可重的地方，竟陵王萧子良的意见大多使它从轻。其中朝官们议论不能断定的，则按皇上的意见裁决。到了永明九年，孔皀奏表呈上《律文》二十卷，《录序》一卷，又设置了律学助教，依照《五经》的例子，诏令答复依照他的意见执行，事情终于没有落实。转为御史中丞。
建武初年，他做平西长史、南郡太守。孔皀因为魏朝连续南侵，百姓死伤，便上表陈述了通和的策略，明帝不听从。征调为侍中，没有上任，留在本来的职位上。
孔皀风韵清疏，喜好文章和吟咏，饮酒七八斗。和他的表兄张融情趣相合，又和琅笽的王思远、庐江的何点、何点的弟弟何胤都很要好，不喜欢世俗事务。居住的宅院里营建了许多山水，在小桌前独自饮酒，别无杂事。门庭以内，杂草不剪。当中有青蛙的叫一声，有人问他说：“想做陈蕃吗？”孔皀笑着回答说：“我拿这可以当作两部乐队，何必效法陈蕃！”王晏曾经奏着乐等候他，听到了群蛙乱叫，说：“这叫一声很聒人耳朵。”孔皀说：“我听乐队，还不如这。”王晏的脸色非常惭愧。
永元元年(499)，他担任都官尚书，调为太子詹事，加任散骑常侍。三年，孔皀得病，东昏侯将他排除，用一床一把他抬走，因此病情加重，于是死去。赠他为金紫光禄大夫。