在了解曹雪芹为什么要虚拟石头撰书之前，先要澄清一个许多人可能存在的误会：他们以为贾宝玉是石头投胎的。那么，石头撰书不就是贾宝玉在讲自己一生的经历吗？既然石头只不过是曹雪芹虚拟的作者，那么小说不就是真正作者曹雪芹的自叙传吗？这从逻辑上说，是A=B，B=C，所以A=C，是没有问题的。
一、石头投胎为贾宝玉是后人的妄改
问题在于曹雪芹并没有写贾宝玉是石头投胎的。写石头投胎为宝玉的是经后人之手篡改过的文字。曹雪芹写贾宝玉的前身是神瑛侍者，就是那位让林黛玉的前身绛珠仙子为报答他“甘露之惠”而许下还泪之愿的老兄，居于赤瑕宫的仙界人物。神瑛侍者不就是石头吗？不是的。将二者合而为一，是后人自作聪明地改动的结果。
后人是怎么改的呢？
〔原作〕谁知此石自经煅炼之后，灵十性十已通，因见众石俱得补天……
〔改文〕谁知此石自经煅炼之后，灵十性十已通，自去自来，可大可小，因见众石俱得补天……
加重点的八个字是后加的，它不符合作者原意。作者写的石头并不能“自去自来”，所以它要求僧道携带它，后文也不见石头能自十由行动。“可大可小”的本领也是没有的，它不是孙悟空的如意金箍棒，十数丈的大石头变成一块小小的美玉是仙僧“大展幻术”的结果，被携入红尘后，也没有见它再变大变小。这还情有可原，因为除甲戌本外，其他的本子中，石头恳求僧道带它下凡去及僧人“念咒书符，大展幻术”一大段四百二十余字的情节都缺漏了。所以，在甲戌本被发现之前，人们都不明白大石怎么会变成美玉的。
小说的楔子中只讲石头，不提神瑛侍者，因为石头是虚拟的此书作者，是说明“此书从何而来”必须提到的；神瑛侍者是石上故事中主人公贾宝玉的前身，所以留待故事开始后，甄士隐午梦中去十十交十十待。
那么曹雪芹是怎么写到神瑛侍者而后人又是怎么改的呢？
雪芹写甄士隐梦至一处，忽见来了一僧一道，边走边谈。只听道人问僧人说：“你携了这蠢物（石头），意欲何往？”那僧说将有一批风十流冤家要投胎入世，“趁此机会，就将此蠢物夹带于中，使他去经历经历”。道人又问，这些风十流冤家将“落于何方何处”？那僧笑道：
此事说来好笑，竟是千古未闻的罕事：只因西方灵河岸上三生石畔有绛珠草一株，时有赤瑕宫神瑛侍者，日以甘露灌溉……
很显然，这是接着楔子中僧人“便袖了这石，同那道人飘然而去”的继续叙述。因此，此时由僧人携带着、藏在他袖中的石头，并非他跟道人说的神瑛侍者。神瑛侍者和绛珠仙子，是僧人说的“风十流冤家”中最主要的一对，僧人准备趁他们投胎时，好将石头“夹带”入世。
再看后人的改文，前面的叙述倒差别不太大，僧人也携带着石头，就在他向道人提及“有绛珠草一株”之后，讲神瑛侍者时，竟凭空添上几句话，说：
只因当年这个石头，娲皇未用，自己却也落得逍遥自在，各处去游玩。一日，来到警幻仙子处，那仙子知他有些来历，因留他在赤霞宫中，名他为赤霞宫神瑛侍者。（引文据人民文学出版社1964年版）
这一来，石头就成神瑛侍者了。
我说篡改者是自作聪明，并没有冤枉他。因为经这一改，留下了让人完全弄不懂的矛盾破绽，或者简直可以说是闹了个大笑话。
书开头说，石头因“不堪入选，遂自怨自叹，日夜悲号惭愧”，这里却说它“落得逍遥自在”，这怎么回事？前面写石头遇见二仙后，即被该僧袖之而去，而且是僧道对话时，石头还在他袖中，正准备去往太虚幻境，一会儿还要拿出来给甄士隐看，怎么此僧人又说它“各处去游玩”，后来到警幻仙子处，被留在那里了呢？那么石头究竟在哪里呢？是在仙僧袖中还是警幻处？难道它有分身法？
若说石头成为神瑛侍者是在它遇见僧道之前的事，那也不对啊。既然事先已被警幻仙子“留他在赤霞宫中”了，为什么又会在青埂峰下遇二仙？难道说它不满意新岗位，擅离职守，又偷偷地跑到老地方来呆着？原书中是在写石头“日夜悲号惭愧”之后，紧接着就说“正当嗟悼之际”，忽遇二仙的，并没有安排它出去作逍遥游又在警幻处供职的任何机会啊！
再说，僧人说要让风十流冤家夹带石头去入世，那风十流冤家指的是谁呢？从后面情节看，就是神瑛侍者。虽说是夹带，二仙也没有让神瑛侍者偷偷地将石头走私入境，他们是很遵纪守法的，知道天下“情案”都属警幻仙子管，所以要携带着石头“到警幻仙子十宫中，将这蠢物十十交十十割清楚”，也就是说是经过正式审批托办手续的。我在想，当石头被十十交十十到神瑛侍者手中之前，它是不是该像《离魂记》中出窍的倩女魂回到自己的卧榻那样，灵魂与躯体合而为一了？
总之，因为改石头为神瑛侍者，便把事情弄得一十十团十十糟，再也不通了。
遗憾的是有的研究者也比较粗心，不但不认为后人这样改是妄改，反而责怪早期脂评抄本中写石头是石头，神瑛侍者是神瑛侍者，不妥，使人搞不清贾宝玉究竟是石头投胎呢，还是神瑛侍者投胎。其实，搞不清楚的是因为多数人先看的是经过篡改的一百二十回程高刻本；在早期抄本上倒是清清楚楚的：贾宝玉是神瑛侍者投胎的，只不过他落地时口里衔着一块美玉而已。
石头的投胎，不是通常的概念，即非世间之人（神、鬼）或动物，入产妇之胎变为新生儿。而石头什么也没有变，它成为“通灵宝玉”是在青埂峰下遇见二仙后就被幻化而成的，连石上字迹也是仙僧镌刻的，所以它来到世上时，还是甄士隐在梦中见过一面时的老样子，它只是搭乘了一趟顺路车而已。所以不能说石头投胎成贾宝玉，曹雪芹并没有落入《西游记》的窠臼。
还有研究者进一步得出结论，认为脂评抄本中既写石头，又写神瑛侍者，是一个破绽，证明小说这部分文字是由两种稿子拼凑而成的：“石兄”旧稿写石头投胎为宝玉；雪芹新稿则写神瑛侍者投胎为宝玉。雪芹在缀合新旧二稿时，没有来得及把相互矛盾的地方统一起来，以致留下了明显的接合痕迹。
如果《红楼梦》真的一开卷就如此矛盾，它还能成为最优秀的古典小说？如果曹雪芹只会拼凑别人的成稿，甚至连在两种稿子所写的不同开头中只保留一种，或统一成一种都不会，他还算得上是一位伟大的文学家？显然，这样的说法是不太了解作者在构思上所花的一番苦心了。
又有主张不必将石头与神瑛侍者分开来的人说，“瑛”，是像美玉的石头，“神”字，岂非言其能通灵？这解说自然有道理，小说中起个名号不是随意的，往往都与人物的某个特点联系着，“神瑛”之隐合“通灵宝玉”，犹“绛珠”之隐合“血泪”。这还可举神瑛侍者的居处叫“赤瑕宫”；“瑕”，是玉有病，其意可会。后来被人提笔一挥，改为“赤霞宫”，就看不出来了。最直截了当的还是“木石前盟”“金玉良姻”之说，明确地以石、玉十指代贾宝玉。
但这些都只是说明两者之间密切相关，并不能成为不可分的理由。打个比方，有人说，“护花使者”的“花”是指女子，这当然有道理。但不能因此说护花使者就是女子。同样，神瑛侍者尽管与石头关系非比寻常，但他毕竟还是赤瑕宫中的一名侍者（佛家多有称菩萨为“侍者”的，谓其亲炙于佛主左右，任其使唤）。总之，我说的分开，是指各自成一个个体，而不是指两者之间的关系。同时，我还认为只有将两者区分开了，才能弄清两者的关系，也就是理解作者之所以要这样写的意图。