《徐霞客游记》的版本和流传过程都很复杂，有抄本和刊本两个系统，每个系统下面又有很多种，我们在这里只择其要者作较简单的介绍。
一、抄本系统
1.季梦良抄本（一），不传。
季梦良是徐霞客家的塾师，也是徐霞客的好友。季梦良是第一个全面整理徐霞客游记的人。其《序》说：“余时就榻前谈游事，每丙夜不倦。既而出箧中稿示余日：‘余日必于有记，但散乱无绪，子为我理而辑之。’余谢不敏。霞客坚欲授余，余方欲任其事，未几，而霞客遂成天游。夫霞客之事毕矣。而余事霞客之事犹未毕也。迨其后，纪尽为王忠纫先生携去，余谓可以谢其事矣。忠纫之任福州，仍促冢君携归。冢君复出以示余日：‘非吾师不能成先君之志也。’启箧而视，一一经忠纫手较，略为叙次。余复阅一过，其问犹多残阙焉。遍搜遗帙，补忠纫之所未补，因地分集，录成一编，俟名公删定，付之梓人，以不朽霞客。余不敢谓千秋知己，亦以见一时相与之情云也。”也就是说，徐霞客旅游途中天天写有游记，但未加整理。从云南病归之后，卧床 不起，在病中将整理游记的事托付给季梦良，不久即病逝。后来徐霞客另一个朋友王忠纫从季梦良处拿走游记的所有手稿。王忠纫对手稿作了初步的整理和编辑之后，要去福州赴任，临行前将手稿一交一 给徐霞客长子徐屺。徐屺又将手稿一交一 给季梦良，希望他能完成徐霞客的遗愿。季梦良发现王忠纫核校过的稿子仍有很多遗缺，于是遍搜散稿，尽量补齐，并按游历之地分集，抄录了一遍。这是《徐霞客游记》第一次成书，季梦良的序写于壬午即崇祯十五年（1642）腊月十六日，离徐霞客去世将近两年。
2.季梦良抄本（二），残本五册存北京图书馆。
清顺治二年（1645）三月，清军屠一江一 陰城，徐屺遇难（一说徐屺死于家中“一奴一变”），游记原稿被烧毁，季梦良抄本亦散失。季梦良再次搜集整理，但已缺《滇游日记》首册。现存各册均有“虞山毛晋”、“汲古后人”、“莫友芝图书印”、“莫绳孙印”、“吴兴刘氏嘉业堂藏书”等印记，说明此书曾为汲古阁、莫友芝、刘嘉业等收藏，于建国后转入北图。据钱谦益《嘱徐仲昭刻游记书》及《嘱毛子晋刻游记书》推断，此本即由徐霞客族兄徐仲昭送往汲古阁的抄本。钱氏绛云楼于顺治七年（1650）十月失火，徐仲昭于顺治十年（1653）去世，因此，此本流入汲古阁时间当为顺治七年十月以后至顺治十年。
季梦良以“一时相与之情”而不辞辛劳，两次搜集整理抄录游记，成就霞客遗志，实在可谓“千秋知己”。
3.史夏隆抄本，不传。
史本没有流传下来，仅存史夏隆的一篇序言。《序》云：“今所存《徐霞客游记》四册，同里曹生学游购为枕秘，余屡购不得。至丙午而得之，方快披阅，而草涂芜冗，殊难为观，须经抄订，方可成书。即录其四之一，偶尔搁笔，忽忽二十年，每一检书，心为快怅。计图完善而眼愈昏，手愈懒，年愈迈。今且七十二矣。偶友人谈及未见书，因出记以示。友人雅兴，愿代抄之，终难托两手，遂鼓腕拭目，日限一篇，凡九阅月而告竣。更念霞客一生心血，走笔成书，五十年后，予为脱稿。人置之，则废纸也；家存之，则世珍也。适儿辈赴试澄一江一 ，命访其子若孙而畀之，奈沦亡凋落，不可问。余方浩叹，一片苦心，未完胜果。忽吴子天玉以善青囊术游四方，归而过我，问案头何抄？余示以书，且告书故。吴子跃然曰：‘今日之来，正为此书。霞客尚有子也。幼遇乱出亡，冒李姓，有父风，素与相善。方遇一江一 干，嘱往曹室访此书。曹已亡，曹家马然不知所答。今过先生而得其书，是天假先生以成霞客之畸也。’遂于甲子年清和月，率其子拜授原书。”后来杨名时发现史抄本有许多错讹和删减倒置之处，因而斥其为天下率意改窜文字者之鉴。但是，从《序》中我们得知，史夏隆从曹学游处得到游记四册，断断续续抄了四分之一。为了使徐霞客其人其事其书得以传世，在七十二岁高龄的时候，下定决心，连续花九个月的时间，鼓腕拭目，将其抄完，并千方百计寻找徐霞客后人，无论如何，这片苦心，这番高义，是应该受到尊重的。
4.徐建极抄本，共六册，曾先后为一邓一 之诚、谭其骧先生收藏，今存一邓一 克先生处。
徐建极（1634~1693），字五征，号范中，为徐霞客长子徐屺之子，是徐霞客最钟爱的两个孙子之一。徐霞客西游归来，在病榻上给徐建极和徐建枢兄弟讲旅途的种种奇遇，与他们一起摩挲玩弄从云南带回来的大理石、奇树、虬根等。并告诫他们：“男儿当奋志勋名，立功万里外，缨名王之颈，镌燕然之石而归耳，奚以此区区者为。”（《民谱》卷55《传文》之《世系表·廪彦范中公传》）徐建极出生时，徐霞客同日接到好友文震孟、陈仁锡、黄道周等五位翰林的书信，非常高兴，说：“是儿必能光大吾家。”徐霞客在鸡足山曾为好友唐泰后继无人而忧虑，他对自己儿孙的期望可想而知。徐霞客认为，男儿应当有青云之志，立功万里。可见他并不像一般隐士那样主张消极无为，只不过他追求的不是世俗功名。
据《廪彦范中公传》，徐建极“构讼之明年”，一个姓刘的督学一江一 南，刘博学嗜奇，曾在钱谦益《初学集》中见到《徐霞客传》，非常艳羡，访查其后人欲得游记，徐建极于是抄了一本呈送。邬秋龙先生考证，“构讼”之事即顺治十八年（1661）的“奏销之祸”，徐建极受牵连而耽误功名。据此判断，徐建极本应抄于康熙元年（1662）。起自崇祯十一年（1638）三月二十七日，迄于崇祯十二年（1639）九月十四日，内署“一江一 上徐弘祖霞客甫著，孙建极录”。不分卷，未列细目。体例和季本（二）一致。
5.李介立抄本，不传。
李介立（1628~1700），为徐霞客第三子，其母周氏为徐霞客妾，不容于正妻而带着身孕被逐，改嫁李氏，故名“寄”，并因介两姓而历两朝，故字“介立”。徐霞客的四个儿子中，李寄才学最高，也最具父祖遗风，体貌性情均甚似霞客。曾应童子试，被知府擢为第一。不久即悔功名之念，不复院试。隐居乡里，不阿权贵，不受馈赠，独自课徒奉母，而且终身未娶，最后在贫病一交一 加中去世。李寄早年曾想认祖归宗，徐氏不纳。成名之后，一江一 陰名士沙张白曾作《劝友徐介立复姓书》，力劝其恢复本姓，他执意不肯。徐霞客有一女儿嫁一江一 陰周仪甫，丈夫早亡而不改嫁，始终让儿子周公茂对李寄执甥舅之礼。李寄著述颇丰，大多散失，有部分诗作及《天香阁随笔》传世。
李寄对父亲徐霞客深有感情，对《徐霞客游记》的散失十分痛惜，曾设法四处搜集，于康熙二十三年（1684）从宜兴史夏隆处得到曹骏甫的抄本，但经涂抹删改，已非庐山面目。李介立从日影中照出曹本原文，与原有的季本互校，订正讹误，并补入《游太华山记》、《游颜洞记》、《盘一江一 考》等季本没有的内容。此本被认为是后来流传诸版本之祖，但乾隆年间陈泓整理版本时已不见此本。
徐氏家族有负李寄，李寄却未负乃父，他为《徐霞客游记》的保存、流传做出了巨大的贡献。
6.杨名时抄本（一），不传。
杨名时，字宾实，号凝斋，一江一 陰人，康熙进士，曾任云贵总督及礼部尚书。他在康熙四十八年（1709）从刘开南处得到《徐霞客游记》，遂花两个月时间抄录。
7.杨名时抄本（二），十册，藏北京图书馆特藏部。康熙四十九年（1710），杨名时从朋友处得到《徐霞客游记》的另外一个抄本进行校对，才知道前一次的本子出于宜兴史氏，颇多讹误，于是对第一次抄本作了校勘改正，并重新抄录一遍。《四库全书》所收即“杨名时所重加编订者也”（《四库全书总目提要》）。
杨名时抄本（二）是目前所见较完整的早期《徐霞客游记》抄本。除了北图所藏之外，华东师大图书馆亦有杨名时抄本，不知孰为原抄孰为复抄。
8.陈泓抄本，不传。
乾隆年间，一江一 陰人陈泓集李寄、杨名时等抄本（或复抄本），校对数次，并经融郊师订正完好，抄成一部。陈泓有《诸本异同考略》，对《徐霞客游记》的版本流传作了详细的梳理。
9.鲍廷博抄本，五册，藏北京图书馆特藏部。
鲍廷博（1728～1814），字以文，号绿饮，安徽歙县人。诸生，流寓桐乡乌镇，藏书极丰富，曾向四库馆进书六百余种，并曾校刊知不足斋丛书三十集。此本由鲍廷博校，吴骞、唐翰题跋。首篇《游天台山日记》有眉批、评点、行中注。
10.韵石山房抄本，四册，藏中国科学院图书馆。不知何时何人所抄，首页有“韵石山房”印章。除了上述十种抄本外，尚有曹骏甫、奚又溥（二种）、
杨天赐、刘南开、梧塍徐氏、邑中夏氏（二种）、赵日宣等抄本，今皆不传。
二、刊本系统
1.徐镇木刻本徐霞客族孙徐镇于乾隆四十一年（1776）重新手录并刻板付印，这是《徐霞客游记》第一个木刻本，以后各本均据此。中国科学院图书馆、北京图书馆等均有此本。徐镇在《例言》中说，此前《徐霞客游记》的善本是杨名时本和陈泓本，此刻本以杨、陈本作指南，又汇集各抄本，参考互订，务求恰当。
2.叶廷甲刻本
嘉庆十一年（1806），徐镇以自己刊行的《徐霞客游记》送给一江一 陰人叶廷甲，叶廷甲见“朽蠹颇多”，于是借杨名时手抄本和陈泓校本与徐镇刊本悉心勘对，发现不少舛误，因此于嘉庆十三年（1808）重新刊行，“讹者削改，朽者重镌”。叶廷甲本又有新印、旧印之分，新印本有钱牧斋《徐霞客传》而旧印本无。
3.丁文一江一 本
1928年出版丁文一江一 主持编辑的《徐霞客游记》，二十卷，上下两册，16开，用新式标点。有丁文一江一 撰写、编制的《徐霞客年谱》及《旅游路线图》。丁本文字讹误较多，1929年上海商务印书馆的万有文库本据丁本刊印，但根据徐本校正了不少误字，为建国前较好的铅印本。
4.褚绍唐、吴应寿整理本
1980年上海古籍出版社出版褚绍唐、吴应寿两位先生整理的《徐霞客游记》。此本以季本二和徐镇本为底本，参校徐建极本、陈泓本、杨名时本二以及其他多种抄本、印本进行整理，并由褚绍唐、刘思源编绘旅行路线图39幅，另印一册，于1980年上海古籍出版社出版。上海古籍本《徐霞客游记》于1982年再版，1987年出增补本。1991年由中国地图社出版了由褚绍唐主编、重新编制的《徐霞客旅行路线图集》。一般认为，此本为目前最好的版本。
5.朱惠荣校注本
1985年云南人民出版社出版朱惠荣先生校注本。此本以季本二和徐镇本为底本，参校其他各种抄本、刊印本以及近人研究成果进行校注，用简化字横排版。对一些难字、历史地名、人物名称、典章制度、自然地理现状、名胜古迹等作了注解，并编制了十三幅徐霞客旅游路线图。此本为第一个校注本，对《徐霞客游记》的普及具有重要意义。另，贵州人民出版社于1997年出版了由朱惠荣等译注的《徐霞客游记全译》，原文与译文对照，有注，篇首有简明扼要的“题解”，比较适合普通读者。
除以上几种刊印本之外，尚有清活字排印本、咸丰年印本、瘦影山房本、扫叶山房石印本、集成图书公司铅印本、莫厘樵子标点本、国学基本丛书本、世界文库本等。关于版本的详细情况可参看唐锡仁、杨文衡先生著《徐霞客及其游记研究》一书中“游记的版本与流传”一节。
从上面的介绍中可以看到，在《徐霞客游记》的流传过程中，不少人付出了辛勤的汗水甚至数十年的一精一力。从一些抄录和刊印者留下的序言可知，他们大都有一个共识，用钱谦益的话来说就是：“不惟霞客精神不磨，天壤间亦不可无此书也。”（《嘱徐仲昭刻游记书》）