征服蔑儿乞惕人后，铁木真的势力开始壮大起来。他依附于扎木合，伺机发展。他们俩人严格来说还可以称得上是远方的亲戚，同属于乞彦部。同祖的根源，再加上小时候的童年友谊，让他们坚定了共同统一草原的梦想。不过，在群雄争霸草原的年代，铁木真和扎木合之间不可能有长久的友谊，更不可能有共同成事的基础。因为正所谓“一山不容二虎”。
他们各自也都知道共同统一草原的梦想在他们两人之间是不可能实现的。所以之后的大战自然是不可避免的了。这个和平的氛围倒是年龄稍长的扎木合首先打破的。
铁木真和扎木合在一起生活了大约一年半，一天，扎木合对铁木真说：“依山居住，牧马的人可得帐房住;靠水居住，放羊的人可得饮食吃。”铁木真当时并不清楚扎木合的真正意思。回去后把这件事告诉了妻子孛儿帖，精明的孛儿帖很自然的理解扎木合不愿再和铁木真一起的含义。于是，铁木真连夜离开了扎木合。
铁木真一路前行，愿意追随他的人陆续地从扎木合那里加入到了他的队伍。其实，本来在扎木合的队伍中就有一半左右是铁木真父亲的旧部，当铁木真父亲死后就归顺到了扎木合部。这次重投旧东家，恰恰说明了铁木真此时的威望和实力是处在上升的阶段，也是被大家所公认的。这为他日后的称汗打下了很好的基础。相反，这也同时突出了此时扎木合内部已经开始分裂，人心思动的想法在开始蔓延。
在后来变化不定的混乱中，铁木真慷慨、英武的声誉越传越远，渐渐地有其他部族集合到他的帐前。铁木真于公元1183年成为蒙古乞颜部的可汗。他即汗位以后首先做的事，就是克服旧式联盟那种互不统属、易于分裂的弱点，建立一套有利于汗权的制度，这使他得到了一支精悍的护卫军。
这时铁木真深知凭借此时自己的力量还不是强大王汗的对手，同时也要照顾到仍具有实力的扎木合，避免成为众矢之的。所以他称汗之后，立即派使者报告了自己仍然必须依靠的“王汗”。同时，派人向扎木合通告了他称汗的情况。尽管扎木合对铁木真称汗一事无可奈何，但他不甘心就此失败，他暗地蓄积力量，准备讨伐铁木真这位昔日的安答。
机会终于来了，没有多久，扎木合的弟弟由于抢掠铁木真的马群被蒙古部人杀了，这是当时草原上时有发生的常事，扎木合以此为借口，纠集他所属的13部共3万人准备向铁木真发起进攻。此时，铁木真对扎木合的进攻浑然不觉，幸亏每每在关键的时刻都有贵人相助。扎木合有个部下因他儿子在铁木真处效力，就将扎木合兴兵的消息向铁木真报告了。
铁木真于是把自己的3万士兵分成十三翼迎战扎木合。双方在克鲁伦河畔的答兰巴勒主惕展开了一场大战。这就是蒙古历史上著名的“十三翼之战”。铁木真这一次面对扎木合并没有取胜。他的营盘被扎木合军队所冲击，他只好且战且走，向斡难河流域之哲列捏峡退去。扎木合便把仇恨发泄到被他抓获的铁木真的支持者们身上。他的这种举动激起了多数人的不满，扎木合这次虽然在军事上取得了胜利，但在道义上和政治上却遭到了失败。
而铁木真的高明之处在于善于笼络人心，十三翼之战后不久，对扎木合心怀不满的族人就前来投靠铁木真，铁木真的威望得到进一步提高，势力更加壮大了。也正是这次战争之后，铁木真才真正独立的在漠北草原站稳了脚跟。
到了公元1201年，与扎木合结盟的各部也终于意识到铁木真的日益强大将威胁到他们，于是，扎木合组织了一个真正的部落联盟，想凭此同铁木真和王汗联盟一争高低。扎木合组织的这个部落联盟包括了除投奔铁木真的部落以外的大多数蒙古部落。
此外，参加这个联盟的还有：下克鲁伦河流域的塔塔儿人;下色楞格河流域的篾儿乞惕人;下斡难河流域的泰亦赤兀惕人;贝加尔湖西岸的斡亦剌惕森林狩猎人;与这些部落亲善的许多小部落，也参加了扎木合的联盟。最具戏剧性的还包括了铁木真岳父岳母所在的部落。
该联盟各部在刊河和额尔古纳河汇合处公推扎木合为汗，尊为“古儿汗”。紧接着，他们按萨满教礼仪书举行宗教仪式并相誓为盟说：“吾等之中，若有私泄机谋，阴怀异志者，将如此颓土断木般下场！”誓毕，共举足踏岸，使土崩于河水之中;挥刀斩木，使木断叶落于地。然后即分头行动，准备合力偷袭铁木真。
但他们并未能保守住秘密。他们分头准备时，豁罗剌思部的一个名叫豁里歹的人立即去向铁木真告密。铁木真立即向王汗求救。王汗一听有变，即起兵前来同铁木真会合，铁木真和王汗的军马顺利来到赤忽儿忽山、扯克彻儿山和阔亦田之地。这时，扎木合的军队溯额尔古纳河而上，也抵达了这个地区。
两军在第二天的黎明开始决战。史书中被神化了的萨满法师不亦鲁黑和忽都合别乞在这时开始大显身手。他俩端来一盆净水，从怀中取出石子数枚，投入水中，望空祷诵，念动咒语。霎时间狂风大作，天昏地暗，雨雪从天而降。他们本想以此迷住铁木真和王汗的人马，然后乘势掩杀过去，不期老天有眼，蓦然间风势一转，雨雪随飞，反向扎木合的军马袭来。
铁木真和王汗大喜，便趁此天昏地暗、日月无光之机挥军冲杀过来。扎木合的军队顿时乱了阵脚，慌忙奔逃，自相践踏，黑暗中不识路径，跌入深涧者无数。兵败如山倒，扎木合的联军就此分崩离析，活下来的人四散逃命。扎木合返回其额尔古纳河流域营地。扎木合在撤退时毫不犹豫地趁盟军遭难之机，大肆抢掠这些曾公推他为古儿汗的盟军。这种失去理智的疯狂行径使他失去了最后的支持者，他刚登上不久的汗位也因此而崩溃了。
铁木真在这次征战中被箭射伤，后来射箭人见取胜无望就来投靠，并承认是射伤他的人。铁木真见他不仅箭法好，人品也好，就免他一死，并赐名“哲别”——箭簇的意思。这个人就是金庸笔下著名的射雕能手哲别的真实原型。在以后的西征中哲别是最重要的将领之一，为铁木真立下了汗马功劳。
乃蛮部是扎木合的最后绝唱。铁木真靠着有序的军事组织打败了游牧在阿尔泰山和杭爱山之间的乃蛮部，收拾了各部族散落的残部。战争后，扎木合再无处可投，之后，被他的5个随从押送给铁木真。铁木真念他们年少时的友谊，又念扎木合在强大时也没有谋杀自己，他愿与扎木合修好，但扎木合拒绝了，他说：“天下已非汝莫属，友伴有如我者，于汝又有何益哉？我二人之间，已不可复为友矣”。对于扎木合的死有一说法是他裹着毯子被骆驼踏死。而那5个随从则被铁木真作为叛徒斩首。
铁木真和扎木合作为多年恩怨的竞争者，最后以铁木真的胜出而宣告结束。在这一角逐中，铁木真具有的优势则是：性格顽强、政治敏锐，以及具有把正义掌握在自己手中的艺术，并且在开始时得到了王汗的坚决支持。
扎木合似乎也很卓越，如果说他在内聚力上缺乏的话，但其活跃的思维和战术的运用是不逊于铁木真的。然而，如果有关铁木真的史书是可信的话，扎木合在做人方面是一位不可靠的朋友，他会毫不犹豫地掠夺自己阵营中的部落。而对于忠实于自己的部落来说，铁木真则是坚定、忠实的保护者。
另外，在他们两者之间，王汗也是一位关键人物。他始终支持铁木真，与他一起在阔亦田不顾斡亦剌惕部和乃蛮部巫师兴风作雨，迫使扎木合退到额尔古纳河下游。可以说对铁木真无论是实力还是心理上都给予了决定性的支持。