崇祯三年，镇守边关的辽东巡抚袁崇焕被以“谋叛”大罪论死。“八月，遂磔崇焕于市，兄弟妻子流三千里，籍其家。崇焕无子，家亦无余赀，天下冤之。”(《明史 列传147》)这是继南宋赵构冤杀岳飞之后历史上最令人扼腕叹息的一起令亲者痛，仇者快的自毁长城冤狱，其回响会伴随中华历史，即使千年也依旧余音袅袅，让人悲愤痛惜。
袁崇焕坐的是叛逆罪，所谓“磔”即是分尸，比之岳飞遭遇更惨。赵构杀岳飞，虽为求苟安，毕竟是其私心作祟。而崇祯杀袁崇焕，则是地地道道的自毁长城，“自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣。”
观崇祯其人的作为，并非如历史上以往的亡国之君那么昏庸荒淫，也没有坐视国事日非而不顾及，“即位之初，沈机独断，刈除奸逆，天下想望治平。”一度被朝野誉为“明主”，面对危难时局，一心励精图治，“不迩声色，忧劝惕励，殚心治理。”既然崇祯是一个勤于政事的勤勉皇帝，为何会作出此等不智之举呢？
这和崇祯的性格和心理有关。明朝的朱家皇帝，皆有近乎病态偏执性格，莫不多疑刻薄，刚愎自用，凡事以自我为中心。按现代心理学，所谓偏执症状是指带有妄想性的信念，通常是被迫害性的。至于偏执性人格指对于事实上或想象出来的羞辱，常有过分的敏感和自我牵连，故常有为此给予反击等想法。此种偏执性性格，人格相对完整，很少出现精神衰退现象。主要症状是妄想，但这种妄想具有高度的系统性和逻辑性，归纳起来有两个特点：一是这类妄想渗透到妄想者人格的整个结构及特征中，二是妄想发展按部就班、逐渐进展、层次井然、前后协调、条理清楚，从而是自成体系。
崇祯画像偏执症状从明前朝太祖的多疑刻薄，成祖的狠毒无情，宪宗的滥用私人，武宗的狂妄自大，神宗的偏激逆反中都可以找得到影子。崇祯即位之际，国家早已积重难返，国事日非，朝上“在廷则门户纠纷。疆埸则将骄卒惰。” 民间“兵荒四告，流寇蔓延。遂至溃烂而莫可救。”忧愤之中的崇祯，不免“临朝浩叹，慨然思得非常之材，而用匪其人，益以偾事。”愈是如此，妄想性的偏狭愈强烈，到后来，崇祯发展到认为一切皆归于“士大夫误国家”。对身担重责的大臣，崇祯通常是先寄予极大的，甚至是超出实际的期望，一旦令其失望之后，又一变而为为切齿愤恨，必杀之而后快。故崇祯在位17年，所戮大臣不计其数，其中总督有7人，巡抚有11人。内阁重臣更频繁替换走马灯，先后用了近五十人。崇祯以唯才是用为标准，有讽刺意味的是，居然满朝无可撑局面之人。其真无人乎？其个性不容人也。
这样再论袁崇焕的冤狱，就比较容易理解了。崇祯刚开始对袁崇焕也是寄予厚望的。“崇焕入都，先奏陈兵事，帝召见平台，慰劳甚至，咨以方略。对曰：‘方略已具疏中。臣受陛下特眷，愿假以便宜，计五年，全辽可复。’帝曰：“复辽，朕不吝封侯赏。卿努力解天下倒悬，卿子孙亦受其福。’崇焕顿首谢。” 袁崇焕说了句不该说的大话，五年平辽根本是不可能的事，不过崇祯信以为真了，而对臣僚一些纸面上娓娓动听，却无实际收效的言论祟帧总是非常反感。这就种下了第一个祸根。
事后，深知崇祯性格的给事中许誉卿问及此事，袁崇焕回答：“圣心焦劳，聊以是相慰耳。”许誉卿提醒：“上英明，安可漫对。异日按期责效，奈何？”袁崇焕这才自知失言。所以后来，“崇焕又言：‘以臣之力，制全辽有余，调众口不足。一出国门，便成万里，忌能妒功，夫岂无人。即不以权力掣臣肘，亦能以意见乱臣谋。”帝起立倾听，谕之曰：“卿无疑虑，朕自有主持。’大学士刘鸿训等请收还之臣、桂尚方剑，以赐崇焕，假之便宜。帝悉从之，赐崇焕酒馔而出。”袁崇焕把话说得太满，崇祯平边心切，也不顾是否可行，一味下注，而后又感觉亏了本，以至认定袁崇焕辜负其信任，有被欺之感。这种下了第二个祸根。
“崇焕始受事，即欲诛毛文龙。”这是第三个祸根。毛文龙虽为地方军阀，实力也一般，但天启以来，明廷对其颇为倚重，“累加至左都督，挂将军印，赐尚方剑，设军镇皮岛如内地。”而且从战略上考虑，毛文龙以海岛为基地，以游击战术出击，确实起到了牵制清兵的作用。此话题可详细论述，这里略过。尽管毛文龙部有贪功，冒饷、不肯受节制，难以调遣等问题，但小疵不能乱大谋，袁崇焕杀毛文龙系冤杀、误杀，这基本是定论。结果辽之东南战场从鸭绿江到旅顺的主要城镇、海港、海岛以及属国朝鲜，都先后被后金占领，明几乎全部退出上述地区，毛文龙多年的惨淡经营化为泡影。何况，毛文龙死后，局面更加乱。其部下尚可喜，耿精忠先后作乱，而后降清，更证明了这一点。毛文龙被斩，“帝骤闻，意殊骇，念既死，且方倚崇焕，乃优旨褒答。俄传谕暴文龙罪，以安崇焕心”。这仅仅是崇祯基于用人不疑的思路，他对此是相当不满意的。这样，袁崇焕有过在先，就更不能出一点岔子了。
当时，尽管明屡战屡败，但基于天朝尊严，“诸将罔敢议战守。”而“议战守，自崇焕始。”不过，袁崇焕的和议虽战略上完全正确，但没有顾及娇纵自大，尚无危机意识的“国情”。“崇焕初议和，中朝不知。及奏报，优旨许之，后以为非计，频旨戒谕。崇焕欲藉是修故疆，持愈力。”后来袁崇焕迫于压力，也不敢多言议和，他对崇祯曾经小心地建议：“恢复之计，不外臣昔年以辽人守辽土，以辽土养辽人，守为正著，战为奇著，和为旁著之说。”虽然得到认同，不过这种与皇太极关于和议的私下书信往来，是比较容易受人以柄，而且极易引发猜疑的事情。崇祯本人对议和的态度表面比较暧昧，但内心绝对反感。后来到崇祯十年，又有兵部尚书杨嗣昌提及此事，崇祯也曾私下允许杨见机行事，但又下令严禁邸报传抄，主要是碍于面子，不愿与后金平等对话，害怕外廷议论。而后来京都危机，袁崇焕议和之事被曝光张扬，为祸根四。
崇祯三年十月，皇太极率精骑十万，避开袁祟焕把守的锦远防线，绕道察哈尔入长城，攻占遵化。袁祟焕急驰入授，并于后金之前赶到通州。后金军改道西犯京师。“崇焕惧，急引兵入护京师，营广渠门外。帝立召见，深加慰劳，咨以战守策，赐御馔及貂裘。崇焕以士马疲敝，请入休城中，不许。出与大军鏖战，互有杀伤。”皇太极只得退兵。本来，“时所入隘口乃蓟辽总理刘策所辖，而崇焕甫闻变即千里赴救，自谓有功无罪。”不过，京都百姓和一些无知官员不懂这些国家政治军事大事，只觉得既然是袁崇焕戍边，敌大军压境，自是袁守疆有过，“都人骤遭兵，怨谤纷起，谓崇焕纵敌拥兵。”于是怨声载道，皆指袁崇焕的不是。何况袁崇焕有与敌和议的事实，更使得“朝士因前通和议，诬其引敌胁和，将为城下之盟。”这是祸根五。
《明史》载：“会我大清设间，谓崇焕密有成约，令所获宦官知之，阴纵使去。其人奔告于帝，帝信之不疑。”这就是说，杀袁崇焕是后金皇太极的反间计。反间或有之，但实际未必是袁崇焕的死因。袁崇焕下狱是崇祯二年十二月，处斩是三年八月，中间有近九个月的时间，如果要慎重审讯，反间不难破解。崇祯虽偏狭，但并不昏庸，对国事也不是不了解。京都危机无需仔细分析就可明白与辽东防线无关，这根本是基本事实。然而，崇祯痛恨的是袁崇焕戍边以来，未曾为他分忧，尽管辽东稳固，但清军依然可以大模大样的绕过山海关骚扰边境。五年平辽的诺言看来是不实之词。这是对大臣要求苛刻的崇祯所不能容忍的。此外，后金居然兵临京师，引发了朝野的骚动、惊恐和不安，所以这等奇耻大辱必需一个罪不可赦的替罪羊来平息，否则天朝面子何在？此事之后，袁崇焕因和议曝光而广受非议，对辽东局势，当时朝野虽有危机感，却并未真正警醒，始终停留在战事不利始于将帅无能的旧思维方式上，恰恰和议对如此的一个依旧狂妄自大，目中无人的的王朝是最难以启齿的羞耻，这是最后一个祸根。
有此六因，袁崇焕的悲剧就在所难免的发生了。应该说，崇祯也未尝没有过思想斗争，但性格因素让他更愿意以妄想和猜疑了结。事后，崇祯为自己辩护说：““朕御极之初，摄还内镇，举天下大事悉以委大小臣工，比者多营私图，因协民艰，廉通者又迁疏无通。己已之冬，京城被攻，宗社震惊，此士大夫负国家也。”
不过，尽管群情往往偏激一时，但事实不会因此被长久扭曲。袁崇焕死后，“天下冤之。”崇祯非昏君，也在不停地反省，只不知他对冤杀袁崇焕是否也有过一丝悔意。崇祯八年八月、十四年二月、十五年闰十一月、十七年二月，崇祯先后四次下诏罪己。后来更一度避正殿，居武英殿，减膳撤乐，如不遇典礼之事，平日着黑衣理政，与将士共甘苦，至“寇”平之日为止。可惜一来时局已不可挽回，二来个人心理偏激，既刻薄又猜疑，无法建立起同心同德的政治集团，始终觉得满朝无人，群臣负我。就这样在孤寂痛苦之中走到了277年的朱家大明王朝的终点。