崇祯十七年(1644)三月十八日，李自成军队直逼紫禁城，形势万分危急，皇宫内一片混乱。陷于绝境的思宗，令太子、定王、永王出逃，以期来日再兴复明朝。从此，这几位皇子逃往何处，是死是活，成为当时一大疑案。稍后，在南明和清初又接连发生了几起“伪太子案”，使得此案愈发变得扑朔迷离。
太子下落的传闻真伪难辨
思宗共有七个儿子，到甲申之变时，太子十六岁、皇三子定王十二岁、皇四子永王十岁，其他皇子都已早逝。遵照思宗的旨意，太子、定王、永王分别前去投奔成国公、嘉定侯、田皇亲：由于时间仓促，太子来不及到成国公府，隐藏于民间。永王、定王则一起到了嘉定侯府。
三月十九日，闯王李自成进入北京，下令搜寻皇太子及二王。二十日清晨，思宗的岳父嘉定侯周奎把永、定二王交出。据说，太子也被李自成的军队搜获，并且太子与李自成之间还有一段对话。太子挺立不屈，镇定自若，问李自成：“为何不杀了我？”李自成说：“你无罪，我岂能妄杀！”太子道：“既然如此，那么请听我言：一，不可扰我祖宗陵寝;二，速葬我父皇母后;三，不可妄杀我百姓。”
四月十三日，李自成东征吴三桂时，太子曾被封为宋王，定王、永王也随军前往。
李自成兵败山海关后，太子、定王、永王的下落谁都不清楚，或说曾被吴三桂夺去，或说定王已在城南遇害。清军入京后，也未见到太子及二王。明末清初诸多史料中也记载不一，甚至在《明史》中，也只是记载：“贼挟太子西逃，不知所终。”不得不承认有关太子下落的传闻实在是真伪难辨。
思宗死后，太子及二王的下落，关系着明朝国祚的延续，成为明朝遗老遗少关注的焦点，以至于南明、清政权都视为棘手的问题。对于反清复明的志士来说，也不失为一面好的旗帜。因此，稍后的北京、南京都曾出现过太子，民间也流传着太子出家为僧的故事，有关太子的真伪就成了明末清初的一个大议题。
“烫手的山芋”：
多尔衮将北京“太子”杀害于狱中
崇祯十七年(1644)十一月的一天夜里，一个貌似太子的男子，在常侍太监陪同下，来到嘉定侯周奎府中。周奎佯装不识，让他的侄子周铎喊长平公主前来相识。长平公主一见，两人就抱头痛哭。长平公主与太子均是周皇后所生，周奎为其外祖父。甲申之变时，气急败坏的思宗亲手挥刀砍伤女儿长平公主后，公主便一直在周府中养伤。长平公主为太子的亲姐姐，不可能认错，可见太子不是假冒的。
于是，周奎举家向太子行君臣之礼。礼毕后，周奎询问太子连日来的经历。太子说：“城陷当天，我一个人藏在东厂门外。一天夜里，又潜至东华门，投奔到一家豆腐店中。店小二收留了我，让我换了衣服，在灶前烧火。唯恐败露，待了五日，将我潜送至崇文门外的尼庵中，说我贫困无处可去，尼僧不曾怀疑，遂留我居住了半月。常侍(太监)偶然来见尼僧，发现了我，觉得这也不是久留之地，于是将我带回，藏在密室，所以至今得以无恙。听说公主在此，特前来相见。”说罢，与公主哭别而去。
几天后又来，公主送他一件锦袍，告诫他：“(你)每次前来，皇亲上下都以礼相待，外面肯定会生疑，今日出去了，千万不要再来了。”十九日，太子又来周府，周奎暂留他住下。
二十二日，周奎与侄子周铎商量：太子不可久留，否则必将受牵连，不如让他逃走。于是要求太子自称姓刘，扮成书生，否则就将他送往官府。当晚，周奎便命家人把太子逐出门外。太子一出去，就被京城巡逻的清兵以“犯夜”罪逮捕，送交给刑部，草草审理后，断为假冒太子，押入狱中。
对于这个“烫手的山芋”，清廷确实很为难，无论是杀是留都很麻烦。若是留他，前明的忠臣义士就会打着他的旗号前赴后继反清;若是杀了他，清朝精心炮制出来的“为尔雪君父之仇”的幌子就会不攻自破。
清朝摄政王多尔衮不愧是精明的政治家，十二月初十，他出来表态了：我自有安排，你们又何必苦苦相争？太子真伪都无妨，如果真是太子，当以礼相待，封为王爵;如果是假冒的，则严惩不贷。然后宣布：太子继续押于监狱。
结果，凡是争言太子为真的官员，如刑部主事钱凤览、御史赵开心等都处以死刑。可见他所谓的“优以王爵”，只不过是冠冕堂皇的幌子罢了，清廷绝不愿意真太子的出现与继续存在。后来由于廷臣的一再请求，赵开心得以免于死刑，钱凤览斩首改为绞刑。第二年四月初十，清朝公开榜示天下，断定太子是假的，同时却秘密将太子杀害于狱中。
这件事情的始末，详细记载于明末遗老钱士馨编的《甲申传信录》，与《明史》中李自成封太子为宋王的情节有所出入。当然这也只是关于崇祯皇太子传闻的一种说法，太子究竟死了没有，依然是个谜。而且，稍后南京又出现了一个“太子”。
大敌当前：
南明朝廷因“太子”真伪的争议导致内讧
清朝入主北京后，马士英拥戴福王朱由崧在南京建了南明小朝廷。虽然福王政权自称是继承明朝的正统，但是对于崇祯太子，他们和清廷一样，也仍然认为是“一个烫手的山芋”。皇太子一出现，福王的地位势必会受到威胁，这当然是他们不愿见到的。因而福王即帝位后，为安抚人心，口口声声称要恭迎大行皇帝梓宫及皇太子，但也只是雷声大雨点小，根本没采取任何措施。
不久，福王政权就传出皇太子、定王、永王都遇害的消息，并且在大学士马士英的一手策划下，将大行皇帝追谥号为烈皇帝、庙号为思宗，接着赶紧追谥太子为献愍，永王为悼、定王为哀，弄得有模有样，似乎太子真的亡了。
然而当时的遗民并不相信皇太子真的已死，人们仍在期待太子有朝一日突然复出。在这种背景下，关于皇太子的传说愈加变得扑朔迷离，较为流传的一种说法，大致如下。
吴三桂从李自成手中夺走太子后，曾经晓谕臣民，不久即将奉太子入京即位。但由于清朝不准吴三桂进京，他便在途中放了太子。太子被人引导进入皇姑寺，然后与太监高起潜一起逃往天津，浮海南下，前往扬州。
高起潜打听到南明并不欢迎太子，不知所措。为了避免祸事缠身，欲加害太子。他的侄子高梦箕(原任鸿胪寺少卿)认为不妥，于是便带着太子渡江，辗转来到苏州、杭州。一路颠簸劳累，在元宵节观灯时，看到四处欢庆的场面，想着自己身在异乡。不禁浩然长叹，不小心被路人发现。高梦箕害怕此事会连累自己，立即赶往南京向马士英告密。于是马士英派太监李继周前往迎接太子。
顺治二年(1645)三月初一，皇太子被接回了南京，福王先派人把太子安置到兴善寺暂住，并派两名太监去见太子，以辨认真伪。结果，两个太监一见太子，就抱头痛哭，见天寒地冻，太子衣裳单薄，便急忙脱下衣服给太子穿上。福王得知后，大怒，说：“真假未辨，如何能这样？即使太子是真，让位与否，还要看我愿不愿意，这厮竟敢如此！”接着，福王以迅雷不及掩耳之势，处死了两名太监，赐死李继周，企图杀人灭口，掩盖事实真相。
然而南京城内的官员们听说太子已到，无不欢欣鼓舞，纷纷前来拜访，向太子递送名片的人络绎不绝。当时，南京市民都传闻弘光朝廷欲绝先帝血脉。他们对于马士英把持弘光朝廷非常不满，普遍加以抵制，马士英以为太子是假的，舆论越以为是真的。因此，到最后，弘光政权虽然不承认太子的真实性，却也不敢加害太子。
南明混乱的局势，使得对马士英早已不满的宁南侯左良玉，乘机大做文章，责问：“满朝文武大臣只知道逢迎君主，不顾大体，流贼李自成尚且能对太子礼遇，不敢加害，为何一家人反倒视为仇敌了呢？明明知道穷究下去无用，为什么非要辗转追问，加以株连，使得普天同怨呢？皇上听信少数人的言论，只与二三奸臣守天下，决无此道理。”于是左良玉在发布了一通声讨宣言后，便以此为借口，打着“清君侧”的旗号发兵东下，声称是奉了太子的密诏带领队伍来救援的。
大敌当前，南明小朝廷却因为太子真伪的争议导致内讧，事态愈发不可收拾。
清军南下：
统帅多铎处死南京“太子”
正当南京纠缠于太子的真伪，闹得不可开交时，清军乘机大举南下，进逼南京，一时间形势危急。五月初十，福王在太监与卫兵的簇拥下，从通济门逃出南京城，前往太平府避难。次日，马士英仓皇逃离南京。南明福王小朝廷至此土崩瓦解。南京市民数百人冲进监狱，救出太子，拥至武英殿，群呼万岁，俨然又成立了一个小朝廷。
只可惜五天之后，五月十五日，清军就进入南京城。当时，清军的统帅豫王多铎问：“太子在何处？”降清的忻城伯赵之龙说：“太子是假的，真名叫王之明。”多铎不以为然：“逃难之人，自然改姓易名，若说姓朱，早就被你们杀了。”已降清的保国公朱国弼解释：“太子原也不承认，是马士英策划的。”多铎笑道：“奸臣！奸臣！”当天晚上，赵之龙就带着太子来到多铎的军营，多铎离席迎接，要太子坐在自己的右侧，相去不过丈许。
多铎命令已降清的刘良佐前往黄得功军营捉拿福王。五月二十五日，刘良佐押解福王回到南京。福王乘坐一顶无幔小轿，蒙着包头布，身穿蓝布衣，用油纸扇遮着脸，昔日弘光皇帝的威风已荡然无存。路旁民众个个唾骂，甚至投掷瓦砾。
多铎设宴招待刚擒获的福王，并将他的位置安排在太子之下。席间，多铎屡屡责问朱由崧，为何妄称位？朱由崧被问得汗流浃背，一言不发。
太子也发难：“皇伯亲自下令召我来，却不认，又改我姓名，对我用刑，难道是奸臣所为，皇伯还不知吗？”朱由崧支支吾吾，不敢出声，一直俯首到终席。多铎对太子故作亲昵姿态，显然是出于政治上的需要，目的是彻底孤立福王，分化和瓦解反清力量。
据传说，几个月以后，多铎北上，将太子、福王都带走了，随后均被清廷处死。至于太子真伪尚未定，但清朝还是将他处以极刑，致使太子一案更加难辨真伪。
思宗死后的短短几个月中，北京、南京先后出现了两个太子，孰真孰伪，众说纷纭。明史专家孟森认为北京出现的太子是真的，只是清朝站在改朝换代的立场，不愿承认前明的皇太子，以避免政权交替之际引起动荡与不安。至于南京出现的太子是假的，但百姓痛恨弘光政权朱由崧，所以宁愿相信是真太子。
陈寅恪先生认为，万历时代“争国本”时，东林人士支持太子常洛反对福王常洵(即朱由崧的父亲)，所以在思宗死后，东林人士必然与福王朱由崧相抗衡。马士英以为假，舆论越以为真，其间或多或少夹杂着“党争”色彩，是东林、复社人士故意与马士英唱对台戏。这种说法为南京假太子案提供了一种解释思路，但毕竟缺乏实证，难以令人信服。
难解之谜：崇祯太子出家为僧？
政治风云变幻莫测，使得崇祯皇太子案成为一个难解之谜。一波未平，一波又起，北京出现的太子与南京出现的太子不论孰真孰伪，都已经处死。在这样的形势下，即便真太子在世，也不敢抛头露面。因而民间还流传，崇祯太子在粤东嘉应阴那山灵光寺出家为僧。
李自成攻破北京擒获太子后，将他与东宫侍读李士淳等人一起交给刘宗敏关押。大西军西撤途中节节败退，自顾不暇，他俩乘战乱结伴逃了出来。为了躲避各种势力的追寻捉拿，两人历尽艰辛，终于逃到了李士淳的家乡粤东嘉应州(今广东梅县)的阴那山。崇祯太子眼见清朝铁骑席卷江南、明朝复兴的希望逐渐化为泡影，自己偏处一隅，没有什么可资凭借，心灰意冷之下，只好面对现实，削发为僧。
这种说法的依据是，梅县地区长期以来流传着一个“太子菩萨”的故事。在明光寺中，长期供奉一位和尚的神位，名字很怪，叫做“太子菩萨”。每当新谷登场，该寺住持便雇人挑着“太子菩萨”的神牌到乡间化缘募捐，以所得供“太子菩萨”。久而久之，“太子菩萨”被讹传为“稗子菩萨”。据称他的原身是明末一位和尚。李士淳编的《阴那山志》收录了两首诗：
谁人伸臂划虚空，裂碎迷云千万重。掌握明珠山吐月，周天星斗五轮中。
天画棋盘星作子，指弹日月照将军。不知何处神仙着，花落棋声迅耳闻。
诗的作者期待有一位能人帮助自己“裂碎迷云”，实现“天画棋盘星作子”的抱负。这一抱负颇有帝王之气，恐非一般僧人所能为。
在《嘉应州志》里，有关于李士淳的记载，他曾任山西翼城令，因为治行卓异，授翰林院编修，充东宫讲读。后来闯王陷都，潜遁归里。另外，在清朝康熙年间刘广聪修的《程乡里志》中也说李士淳“逆闯陷都，身受刑笞，不污伪命，潜遁归里”。这些记载都表明李士淳曾经被李自成俘虏，并且受过刑，随后又逃回广东。太子因与他有旧，很可能也一同逃回。
由于崇祯太子的身份实在过于特殊，加之政治上的原因，李家也没敢说出事情的真相。辛亥革命后，清朝灭亡了，太子一案才不必再顾及政治上的风险，禁忌渐少。李士淳(又名李二何)的后人李大中在《二何先生事略》一文中公开宣称，其祖曾救过崇祯太子。他不仅提到了李士淳回到家乡后的所作所为，而且指出那位和尚就是崇祯太子。但这种说法毕竟只是一家之说，没有什么相关的佐证。
由此可见，崇祯皇太子之谜在当时对于清朝、南明或者一般民众，都是一个不可等闲视之的重大政治问题。当政者，无论是南明小朝廷，还是清廷都不认太子，唯恐太子威胁到自己的地位。而民间，对明朝有感情的遗民们又企图保护太子，那些反清复明的义士也一次又一次地以此为旗号。至于太子究竟飘零何处，至今仍是一个谜，恐怕不同的人有不同的解释吧。