崇祯皇帝有几个儿子？诸多亡国之君中，恐怕很难再找出向明朝末代皇帝崇祯帝是在殚精竭虑、日理万机的情况下无可奈何的用死来宣告自己王朝的覆灭。也很难再找出一个想尽办法救国而不为自己的家族考虑后路的末代皇帝。曾经与朋友们谈起明之亡，也曾对此大惑不解，即使崇祯自己爱面子到了极点，不肯被人笑作临阵脱逃，但怎么也应该让太子到南京暂避，这样的话，北京即使陷落，他自己即使在煤山自尽，作为陪都的南京也可以立即以太子为中心建立名正言顺无可争议的“救亡政府”，何至于有什么“福、潞之争”以及多次的“北来太子案”？
可是，崇祯皇帝出了好面子之外，最大的弱点就是多疑，很难想象在他心中有什么人是可以信任的，包括他的儿子。自己不去南京是因为面子，而不让儿子去南京，就是多疑——他害怕自己成为李隆基第二，万一要是北京没有失守呢？已经16岁的儿子要是在南京自立为帝，奉自己为太上皇，把自己架空，该怎么办？所以，在担心北京难保玉石俱焚的焦虑中，崇祯皇帝死死拉着他三个儿子与自己一起坐等着北京沉没在农民军的汪洋大海——很不符合常理和逻辑，可事实就是如此。
九门相继落入敌手，崇祯可以把皇后、妃子、公主们杀死或赐死，自己也可以一死殉国，但对于三个儿子，总还是存着他们能够逃出去重振社稷的希望，便把他们交给心腹太监们让他们想办法逃出去。但这个太晚的决定并没有挽救皇子们的命运，那些平常里最受皇帝信任的太监们可没有什么赤胆忠心，面对北京到处都是农民军的情况，他们或是把皇子都在街上让他们自生自灭(这还算是仁慈)，或是干脆拿着皇子去向大顺军请功，于是，他们全都落入了李自成的手中(取自《甲申核真略》和《定思小纪》的说法)。
李自成并没有立即杀死他们，而是带着他们去征讨打着“克复神京、奠安宗社、乾坤再整、日月重光”旗号来和他作对的吴三桂，为的是以皇子来要挟吴三桂——李自成自然不会知道吴三桂后来对南明永历帝的所作所为，否则的话绝不会想出这个主意。在山海关，李自成被吴、满联军击败，接着一败再败，三位皇子奇迹般的活了下来并摆脱了大顺军，走上了各自不同但最后殊途同归的路。
说“殊途同归”，是因为三位皇子虽然相差了几十年，但最后都死在满清朝廷手中。
先说皇长子，也就是太子朱慈烺，他的身份最尊贵，运气和遭遇也是最差。从大顺军中逃出后，可能是因为要寻找亲人，他回到了已经落入满清的手中的北京，找到了自己的外祖父周奎，寄居在了周家。并和自己的妹妹，那个被崇祯帝砍掉一只胳膊的长平公主重逢，兄妹俩抱头痛哭。然而周家人都是势力小人，哪里会保护安置这位烫手山芋？太子的舅舅周绎出面要刚安顿了两天的太子马上走人。在乱军当中吃够苦头的太子早就一肚子怨愤，再见到这些臣子加亲人的不忠不义，哪里还压得住火？与自己的舅舅大吵起来，以至于双方拳脚相加，终于惊动了邻里和巡捕，周奎见已瞒不住，便把自己的外孙子举报了。
清摄政王多尔衮无端的抓住了大明王朝的真命天子，按说应该是喜出望外，可事实上明太子的落网并不那么简单，无论是杀是留都很麻烦。作为外来入侵者，满清一方面为了收买人心可以礼葬崇祯皇帝，可以善待所有不再抵抗的人，另一方面对于他们一统中原的障碍决不会手软。可明太子正好处在这两中态度的矛盾当中，若是留着他，明朝的忠臣义士就会心怀希望的打着他的旗号前赴后继。可如果杀了他，满清的为明朝报君父之仇的说法就会自食其言。
多尔衮不愧是精明的政治家，他很快想出了一个一箭双雕的好主意，那就是——让人指出太子是假的，以冒充太子之罪将太子杀掉。于是，一场“认证真伪太子”的闹剧上演了。首先是亲人指认，太子外公周奎和舅舅周绎自然领会了摄政王的意图，一口咬定太子是假冒的，长平公主坚持说是真，被周奎打了一个耳光后也不敢再说话。原太子的侍奉太监有几个不知天高地厚的指认是真，马上被处死，剩下的也就承认是假。连曾经是太子老师的原内阁大学士谢升也指出是假。虽然太子当众说，谢先生，某年某月某日，你讲书时说过某事，现在还记得吗？弄得谢升哑口无言，怏怏而退。但结果已经出来了，太子是假的！还有人上表坚持说是真的？好办，杀！一气杀了十五个争辩的大臣，终于没人敢说话了。太子在被压上断头台的时候也许明白了，他原本来北京时看到满清礼葬他的父皇，以为也会厚待他，可父皇受到礼遇是因为死了，而自己是活的。他终于连以一个前朝太子的身份去死的机会都没有了。
最小的皇四子永王朱慈焕应该是兄弟姊妹中最幸运的一个，在大顺军中与两个哥哥失散之后，与一位姓毛的将领逃到了河南，种了一年地。后因为清政府清查“流贼”，姓毛的逃走，他只能一个人流浪，后在凤阳遇到了一位前朝姓王的给事中，老给事中念及皇恩，将他收养在家，并改姓为“王”。在王给事中去世后，朱慈焕又过上了流浪的生活，在浙江遇到了一位前朝姓胡的官员，这位胡大人也是个心念故国的人，便将自己的女儿许配给他。从此朱慈焕以余姚王士元为名靠教书为生，到了康熙47年，他已经七十五岁，并且组成了有一妻一妾，六子三女一个孙子的大家庭。他对于自己的身世一直守口如瓶，但作为明朝皇室的嫡系子孙，他最终也没能摆脱那高人一等的意识，他按皇家的传统，在为所有的儿子取名时以“和”字排辈，最后一字都为带有土部的怪字。这些举动逐渐为人们所注意，一位念一和尚在浙东起义时便打着他的旗号，终于使这位隐藏了几十年的前明龙种遭到了灭顶之灾。化名王士元的朱慈焕全家被捕，他的妻妾和女儿都自缢而死，男性家人无一漏网。朱慈灿否认自己参与造反，他对主审官说：“今上有三大恩于前朝：流贼乱我国家，今上诛灭流贼，与我家报仇，一也;凡我先朝子孙，从不杀害， 二也;吾家祖宗坟墓，今上躬行祭奠命人洒扫，三也。况吾今年七十五岁，血气已衰，鬓发皆白，乃不做反于三藩叛乱之时，而反于清宁无事之日乎？且所谓叛乱者，必先占据城池，集屯粮草，招兵买马，打造盔甲。吾曾有一于此乎？”话说得合情合理，而且也确实没有他参与造反的证据，可是，他承认了自己是前明皇子，就只能是死路一条。康熙皇帝又玩起了多尔衮的那一套，拒不承认朱慈焕的真实身份。清廷九卿审讯之后奏报：“朱三供系崇祯第四子。查崇祯第四子已于崇祯14年身故。又遵旨传唤明代年老太监，俱不认识。朱三名系假冒，朱三父子应凌迟处死。”
所有明末清初的史籍都记载崇祯第四子并没有在崇祯14年亡故，而已经事过60多年的老太监且不说是真是假，即使是真，又如何认得当年的皇子？可惜，杀机已现，断难挽回，这些连康熙自己都骗不了的证据就把“王老先生”朱慈焕全家送上了黄泉路，朱慈焕凌迟处死，所有子孙除死于狱中的，全部斩立决。(以上载于《鸡林旧闻录》和《清圣祖仁宗实录》)
至此，崇祯皇帝的子孙彻底被消灭，而且全都是以不是他的子孙的名义被消灭。清朝皇帝一直在高唱举逸兴绝，善待前朝帝裔，以此来表示自己的宽仁大度和守礼好古，康熙皇帝还表示过：“朕意欲访察明代后裔，受以职衔，裨其世受祀事。”但当真的前明后裔出现的时候，便开始“叶公好龙”了，都聪明的用不承认身份的办法来食言，我是说过要保护善待你，可是你不是你，所以我杀你是理所当然的。中国统治者历来都用这种办法来保持自己的伟光正，我是说过要虚心纳谏，但你说的不是忠言，是诽谤今上，所以你得死;我是说过要人人平等，但你是敌人，所以不能用平等来对待你;我是说过要提倡清廉，但你清廉是在沽名钓誉，所以我要整你……，凡此种种，不一而足，所承诺所标榜的经常改变，而伟光正是不会改变的。
摘录“内阁大库档案”如下：
一、清世祖实录，顺治三年六月丁亥(十一日)大屠杀展开序幕。所颁“上谕”如下：
“谕兵部;闻青州大同，尚有故明亲王郡王在彼居住，恐被流言诬害，致取罪戾，尔部可令各该督抚即为查明，并其眷属拨官兵护送来京，勿致途次疏虞，违者重治。他省地方如有废藩居住者，俱令查明奏闻。”
二、东华录(非正史)载，顺治叁年五月壬戌条：鲁王等十一人私匿印信，图植....”
三、顺治三年八月，山西巡抚申朝纪揭帖：“为顺治三年六月十日接兵部咨。转奉六月十一日上传，查报境内明季亲郡王。查有六合王朱效銮，山阴王朱廷理二人，见(现)在潞安府及蒲州居住，先行奏闻”。(六月十一日颁旨，六月十九便送抵山西太原)“此即莽书中与明史不同处，六合王名字与明史不同”
四、佚名(内阁大库档案残本缺前页)山西巡抚残本：“查解山西境内明季各郡王，计送六合王朱效銮妻母二人，保定王朱效銮妻子三人，沁源王朱效*(金和否加在一起的字)妻子及子媳五人……”(立即开始逮捕)
五、刑部等衙门会题残本：“……及查兵部挡案，顺治三年八月三十日，宣大总督马国柱先解明季王子共九名，启奉墨勒根王俱正法讫。其九人妻孥，据解到乐昌王子孙朱一王并刘氏，第二子朱国璋妻郭氏，朱君璋之妻王氏……(一连串男女王妃子女……)又一小孩子。该部里议得，王等妇人交与户部，小孩子应斩……”(全部处死)
六、顺治六年十二月十五日刑部题本，查拏逃走明宗室朱淇江等案内称：“该满洲理事官老却，同本司郎中王以约查审得，大同朔州宗室的儿子和媳妇们，兵部拏来给了厢黄旗马拉希牛彔下该都里为奴……”(妇孺沦为奴)
从此官方书不再称“明室”称“伪”称“逆”。
至康熙三十八年，大帝下旨清查，朱家的皇族都杀光斩绝了。