所谓“九族”，一般指的是“父族四、母族三、妻族二”。其中“父族四”指：父母、兄弟、姊妹、儿子;出嫁的姑母及其儿子;出嫁的姐妹及外甥;出嫁的女儿及外孙。“母族三”指：外祖父一家;外祖母的娘家;姨母及其儿子。“妻族二”指：岳父的一家;岳母的娘家。“株连九族”，已经是相当恐怖了，然而，方孝孺却遭到了历史上绝无仅有的“十族”之诛。即在宗亲九族之外加上门生故旧，牵连者不计其数！方孝孺到底犯了什么罪，竟至于要遭此“十族”之诛呢？
朱棣占领南京后，方孝孺果然不肯归附。因姚广孝事先嘱托过，朱棣没有杀他，而是将他投入狱中。其实，朱棣也有意借用方孝孺的威望来收揽人心，所以燕军攻破南京后，朱棣屡次派人到狱中向方孝孺招降，希望由他撰写新皇帝即位的诏书，方孝孺坚决不从。朱棣又派孝孺的学生廖镛、廖铭二人前去劝说，反被孝孺痛斥一顿。最后朱棣强行派人押解方孝孺上殿，方孝孺披麻戴孝而入，悲恸而极，哭声响彻大殿。朱棣亲自从御榻上走下来劝他说：“方先生不必自苦，我不过是想效法周公辅佐成王罢了。”这里说的“成王”，指的是建文帝。
“那么成王呢？”方孝孺问。“他自己自焚而死了。”“何不立成王之子？”“国赖长君。”朱棣有些窘了。方孝孺反驳道：“何不立成王之弟？”驳得朱棣哑口无言，只好说：“这是我的家事。”接着，他叫左右拿笔墨来，坚决地说：“诏告天下，非先生来写不可！”孝孺接过笔，写上“燕贼篡位”几个字后，随即掷笔于地，且哭且骂：“死就死！诏书绝不能写。”朱棣勃然变色，提出警告：“你难道不怕灭九族？”“灭十族又如何？”“好！”朱棣恶狠狠地说，“我就灭你的十族。”于是，朱棣一面命人继续将方孝孺关押狱中，一面搜捕其亲戚家属等人，以及他的学生，算作十族，押解至京。
在当年的六月二十五日，也就是朱棣登上皇帝宝座的第八天，就在南京的聚宝门，当着方孝孺的面，朱棣将“十族”一个一个地杀戮。每杀一个追问一声方孝孺，是否回心转意。当方孝孺看到他的弟弟方孝友受自己的牵连，就要被砍头时，深感痛心，泪流满面。诛方孝孺十族，死者达八百七十三人，行刑七日方止。临到最后杀方孝孺时，方孝孺谩骂不止。朱棣先是命人将方孝孺的嘴割裂至两耳，并割下舌头，随后处以凌迟之刑。死前，年仅四十六岁的方孝孺器宇轩昂，作《绝命词》一首。
天降乱离兮孰知其由？
奸臣得计兮谋国用犹;
忠臣发愤兮血泪交流！
以此殉君兮抑又何求？
呜呼哀哉兮庶不我尤！