薛蟠和贾宝玉是表兄弟，贾宝玉又是薛姨妈暗许的女婿，按理说薛蟠对这位宝弟弟要多关照才是，不过小说有多处写出了二人的不和，当然薛蟠很粗俗，但如果真心实意对宝玉好，宝玉也是能体会出来的，事实上并非如此。小说中几处写道薛蟠和贾宝玉的不合拍：
其一，顽童闹学堂。这次书中未写薛蟠出场，是他的“好朋友”金荣和秦钟、宝玉之间的纷争。书中明写控制学堂的是“偶动了龙阳之兴”的薛蟠，大家“都惧薛蟠的威势”，“暂且管理”学堂的贾瑞也“一任薛蟠横行霸道”。金荣和宝玉秦钟之“闹”实际上是薛蟠和宝玉之争。有趣的是引起事端的“生得妩媚风流”的两个学生的“外号”，一号“香怜”，一号“玉爱”，似乎可以从这两个外号的谐音和含义引起点什么联想。把这件事说清楚的是三十四回宝钗“暗暗想道”的话：“我的哥哥素日恣情纵欲，当日为一个秦钟，还闹得天翻地覆。”原来闹学堂的罪魁祸首是薛蟠，是薛蟠和宝玉的对立。这个对立书中写得很隐，写得很淡，却是一条贯穿全书的粗线。学堂之闹和香菱表面上无关，但香菱是站在旁边的，明写学堂之闹暗含宝玉薛蟠因香菱而起的对立。
其二，宝玉挨打。宝玉挨打实乃薛蟠所为。死了个丫头金钏儿，如果不声张，倒也不是什么大事。看看晴雯之死。原因如焙茗所说：“那琪官的事，多半是薛大爷素习吃醋，没法儿出气，不知在外头挑唆了谁来。”薛蟠自己对他母亲和妹妹说：“那琪官，我们见过十来次的，我并未和他说一句亲热话。怎么前儿他见了，连姓名还不知道，就把汗巾子给他了。”《石头记》作者叙述中说：“这一回却不是他干的。”似乎在“这一回”外还有其他几回。这句话不是作者以假掩真而是以假显真：这一回又是他干的。薛蟠听了他妈妈妹妹为此事理怨他后就嚷：“既拉上，我也不怕，越性进去把宝玉打死了，我替他偿了命，大家干净！”这几句话似乎只是“呆霸王”的粗鲁，只是口头上胡说而已，其实是作者以此写出薛蟠潜在的“打死宝玉”的念头，表明二人有不可调和的矛盾。
那么，薛蟠为何不喜欢宝玉，甚至要至于死地：江湖以为里面还是一个香菱，因为薛蟠觉得贾宝玉和香菱二人之间有些见不得人的勾当，因为他自己就是看见美女走不动的主。当日看见林黛玉，浑身都酥倒了。
另外小说有多处写到香菱和宝玉的亲昵：在《呆香菱情解石榴裙》一回中，香菱说：“我有夫妻蕙。”思夫并不可羞，羞在“想夫妻”上，这段文字从“想夫妻”入题，渲染气氛，暗示主题。“宝玉笑道：‘你有夫妻蕙，我这里倒有一枝并蒂菱，’”书中前文说到的观音柳、罗汉松、君子竹、美人蕉;星星翠、月月红;牡丹花、枇杷果等等，都是成双配对的。现在宝玉又以“并蒂菱”与香菱的“夫妻蕙”为对，即香菱与宝玉为对，前面的许多对都是为了引出这一对。最值得注意的是这里出了“菱”字，而且是“并蒂”的“菱”？从“夫妻蕙”到“并蒂菱”，香菱和宝玉的关系已经清楚了。焦点还是在石榴裙上。“香菱道：‘什么夫妻不夫妻，并蒂不并蒂，你瞧瞧这裙子。’”一个女子叫一个男子瞧她的裙子，是极亲昵的了。这是由夫妻、并蒂引出的，瞧裙子，管他什么夫妻不夫妻呢！宝玉道：“你快提动，只站着方好，不然连小衣儿膝裤鞋面都要拖脏了。”香菱“又命宝玉背过脸去，自己又手向内解下来”之后，“香菱拉他的手笑道：‘这又叫做什么？怪道人人说你惯会鬼鬼祟祟使人肉麻的事。’”二人分开已走了几步，香菱叫住宝玉说道：“裙子的事可别向你哥哥说才好。”香菱宝玉之间不可告薛蟠之事，可知是什么事了。
“为红颜冲冠一怒”，自然不只一位吴三桂，还有我们这位弄性使气的薛大公子，当日曾经把一个小乡宦之子冯渊打了个稀巴烂，不过如今面对的是贾府的少爷，甚至是贾府未来的接班人，就只有敢怒不敢言的份，不过心里头，对贾宝玉的不满是一定的了。