清朝八旗制度是清太祖努尔哈赤于明万历二十九年(1601年)正式创立的，初建时设四旗：正黄旗、正白旗、正红旗、正蓝旗。明万历四十二年(1614年)，努尔哈赤在原有的四旗之外又增设镶黄旗、镶白旗、镶红旗、镶蓝旗，合称八旗。其中镶黄旗、镶白旗、镶蓝旗均镶红边，镶红旗镶白边。
清朝旗人不全是女真人
八旗制度是在女真人狩猎时所实行的牛录组织基础上演变而来的。牛录既是一种社会组织，也是作战时的一个单位编成，每三百户为一牛录，五牛录为一甲喇，五甲喇为一固山，每固山即为一旗。
女真人都编入满洲八旗，但是，旗人却不一定是女真人。后金天命九年(1624年)，努尔哈赤把被征服的蒙古人编成五个牛录，隶属于满洲八旗;天聪三年(1629年)，皇太极把五个蒙古牛录扩编成两个蒙古旗;天聪九年(1635年)，又把两个蒙古旗扩编成八个蒙古旗。至此，从满洲八旗中彻底分化发展出了蒙古八旗，旗人中有了蒙古人。
随着八旗士兵占据辽沈地区，大批汉人归降，努尔哈赤将这些降服的汉人编成十六个牛录，隶属满洲八旗;天聪五年(1631年)，皇太极为平衡八旗旗主的军事势力，以汉人精于火器为名，拨出汉人另置一军，名“乌真超哈”(满语，“乌真”即汉语“重”之意，“超哈”即汉语“兵”或“军”之意);崇德二年(1637年)，将这支汉军分为两旗;崇德七年(1642年)，又将两旗扩编为八旗，即为汉军八旗，旗人中出现了汉人。至此，清朝三军正式组建完成，蒙古八旗和汉军八旗的建制、旗帜等均沿用满洲八旗。
皇太极创建蒙古八旗和汉军八旗后，满、蒙、汉八旗共二十四旗构成了清朝八旗制度的整体。之后，无论是蒙古八旗的成员，还是汉军八旗的成员均为旗人，亦称为蒙古旗人、汉军旗人。不仅如此，在八旗中还有早期归附的锡伯族人等都称为旗人。因此，旗人是由多个民族组成的，不能说旗人就是女真人。
八旗排序体现旗主地位
据《满文老档》记载，努尔哈赤时期八旗的旗主及排序情况是：一是正黄旗、二是镶黄旗，旗主均为努尔哈赤;三是正红旗、四是镶红旗，旗主均为大贝勒代善 (努尔哈赤第二子);五是镶蓝旗，旗主为二贝勒阿敏(努尔哈赤弟舒尔哈齐第二子);六是正蓝旗，旗主为三贝勒莽古尔泰(努尔哈赤第五子);七是正白旗，旗主为四贝勒皇太极 (努尔哈赤第八子);八是镶白旗，旗主为四大贝勒之侄杜度(努尔哈赤长子褚英的长子)。这是遵循着尊卑长幼之序，按照旗主的身份地位排序的。
在皇太极当政时期，八旗的排序几经改动。天聪六年(1632年)后八旗的旗主和排序是：一是正黄旗，旗主为皇太极;二是镶黄旗，旗主为豪格(皇太极长子);三是正红旗，旗主为代善;四是正白旗，旗主为多铎(努尔哈赤第十五子);五是镶红旗，旗主为岳托(代善长子);六是镶白旗，旗主为多尔衮(努尔哈赤第十四子);七是镶蓝旗，旗主为阿敏;八是正蓝旗，旗主为莽古尔泰。这一排序并未遵循宗法的长幼有序，而是改为按“旗分”排序，将两蓝旗置后，这与皇太极继位后打击两蓝旗的目的统一。
天聪十年(1636年)，皇太极称帝，对八旗排序又进行了一次变更，此次变更后八旗的排序再未更改一直沿用到清末。八旗的最终排位定为：镶黄旗、正黄旗、正白旗、正红旗、镶白旗、镶红旗、正蓝旗、镶蓝旗。
两黄旗与两白旗曾换旗
按照满族惯例，年长的儿子成年后分家单过，父亲和小儿子在一起生活，去世后也把余下家产都分给小儿子。因此，努尔哈赤早年便把八旗中的六旗分给年长的子侄，自己仅领两黄旗。在最后一次分家产的时候，努尔哈赤把两黄旗的60牛录，分给阿济格、多尔衮、多铎三兄弟各15牛录，自己留15牛录，阿济格和多尔衮一旗，自己和多铎一旗。努尔哈赤死后，多尔衮曾向皇太极要求把父汗留下的15牛录由三兄弟均分，被皇太极拒绝，均给了最小的儿子多铎。这样，阿济格和多尔衮领正黄旗，因阿济格年长便成了旗主，多铎独领镶黄旗。
努尔哈赤去世前将镶白旗旗主杜度调到镶红旗，皇太极继位后就趁机夺取了镶白旗，加上原领的正白旗，皇太极便成为了两白旗旗主。满族以黄色为尊，皇太极继位就需要进行一次权力的再分配，把原领的两白旗换为两黄旗，来符合自己作为大汗的身份，并将自己所领之旗排到最前，以提高自己在诸旗主尤其是几大贝勒旗主中的地位。这样，皇太极就在代善父子的支持下把两黄旗与两白旗旗帜互换。把自己所领的正白旗换给多铎，镶白旗换给阿济格，后因阿济格获罪旗主改为多尔衮。
这次改旗的顺利实现一是因为仅是旗色的改变，原旗下属人不变;二是因为皇太极为众旗主推举之汗，其所领旗色应该是最尊贵的黄色。同时，按照长幼有序的原则，阿济格三兄弟较小排位应该靠后，也不应占有最尊贵的黄色。
皇太极先后打压三贝勒
皇太极继位后，派镶蓝旗旗主阿敏驻守永平、滦州、迁安、遵化四城。由于明军反击，阿敏惨败弃城而逃，逃跑前他将城中汉族降官降民全部屠杀，财产洗掠一空。皇太极利用此事，以“自视如君”、“心怀不轨”等罪名囚禁了阿敏，将镶蓝旗交与其弟济尔哈朗统领。
阿敏获罪后，皇太极又把目标转向正蓝旗旗主莽古尔泰。天聪五年(1631年)，围困大凌河时，莽古尔泰因兵丁损失严重与皇太极发生冲突，并在“御前露刃”。战后众贝勒公开议处莽古尔泰“御前露刃”的罪名，削其大贝勒名号。第二年底，莽古尔泰暴毙，皇太极将正蓝旗交给其弟德格类。天聪九年(1635年)，德格类又离奇暴毙。在其死后不久，莽古尔泰胞妹莽古济一名属下告发莽古尔泰生前谋逆，从而爆发了吞并正蓝旗事件。吞并了正蓝旗后，皇太极把正蓝旗与正黄旗混编后，重新组成新的正黄旗、正蓝旗，并把正蓝旗交与长子豪格统领。
皇太极改元称帝后，为了限制诸贝勒权力，严格限制护卫数，规定每旗可选护卫20人，代善违背定制，多选了20个护卫。此事被揭发后，皇太极大肆发挥，于崇德二年(1637年)七月，召集诸贝勒大臣，当众指斥代善“阳为恭谨，阴怀异心”。皇太极通过这一系列的行动，沉重打击了代善，使其势力受到严重削弱，威望也大大下降，皇太极打压两红旗的目的也最终实现。
顺治将八旗划分为上三旗和下五旗
皇太极离世后，清世祖福临继位，但实际掌握国家最高统治权的是摄政王多尔衮。
顺治五年(1648年)，多尔衮将豪格下狱，将正蓝旗转给多铎。这时，加上多尔衮兄弟原领的两白旗，多尔衮兄弟实领三旗，对皇权构成了巨大压力。顺治七年(1650年)，多尔衮病逝，顺治亲政后，倚恃堂叔济尔哈朗对多尔衮一系展开反击。顺治八年(1651年)，阿济格因企图摄政被削爵幽禁赐死，多尔衮也因政敌翻案，被追论悖逆之罪下诏追夺一切封典，毁墓掘尸，并把原隶属多尔衮的正白旗(多尔衮原领镶白旗，后与多铎换旗成为正白旗旗主)划归皇帝。从此镶黄旗、正黄旗、正白旗归“天子自将”成为上三旗，地位高贵，人员众多，构成八旗的核心;其他五旗正红旗、镶白旗、镶红旗、正蓝旗、镶蓝旗由亲王所领成为下五旗。上三旗是皇帝亲兵，担任禁卫皇宫等任务;下五旗除守卫京城外，被大批派往各地驻防戍卫。
上三旗与下五旗的分治，是八旗制度的一次重大变革，体现了以皇权为代表的专制主义中央集权进一步加强，诸王旗权的削弱乃至消失，也使得以旗色配旗主的长幼之序、以旗主的长幼之序决定所领旗之排位成为历史，下五旗之间的排序也不再具有政治意义。上三旗和下五旗制度，还衍生了清朝一项特殊的制度——抬旗。所谓抬旗就是由汉军八旗和蒙古八旗抬入满洲八旗，或由下五旗抬入上三旗，但仅仅是本支子孙方准一同抬旗，其胞兄弟仍隶原旗。