正当大清国国运如日中天，中原江山已唾手可得，北京的金銮殿向皇太极频频招手的时候，皇太极的身体却一天天垮下来了。公元一六四三年八月初九，皇太极像往日一样上朝下朝，处理国政，没有表现出任何异常的征兆。晚上，也如同以往一样，端坐在清宁宫东暖阁内的火炕上处理政务。亥时即九至十点钟左右，死神却骤然降临在他身上，年仅五十有二。皇太极走得十分突然，出师虽捷，英年早逝，给后世留下了无限的遗憾。有关皇太极的死，后世有着不同的猜测，有的小说家说皇太极是被多尔衮害死的;有的说是多尔衮和庄妃和谋将皇太极毒死的;
《清史稿》说是“无疾崩”。
皇太极到底是怎么死的呢？此事关系重大，是清入关前重要历史背景之一，不可不作说明。
说皇太极是被多尔衮或多尔衮与庄妃合谋害死的，纯系胡说，毫无历史根据，根本不值一论。
《清史稿〈太宗本纪〉》是这样记载皇太极的逝世的：“庚午，上御崇政殿。是夕，亥时，无疾崩，年五十二，在位十七年。”如果按这段话所记“无病崩”，那就是说皇太极在没有什么病的情况下，突然死了。事实果真如此吗？
我们说过，皇太极有一个老毛病，即鼻衄。由此而引起的必是头晕目眩，周身无力。我们从清稿上可以看出皇太极有病的明确记载。
崇德五年，锦州围城刚刚开始时，皇太极就病倒了。《清史稿》载：崇德五年七月，《清史稿》载：“上幸安山温泉。”《清太宗实录》上说：“圣躬违和。”这次病想必相当沉重，否则皇太极不会在灭明大计刚刚实施之际，去安山疗养。
对锦州围困了近一年，洪承畴率八路大军来解锦州之围了，洪承畴一开始就给清军来了个下马威，连续击败清军。前线形势吃紧，告急文书接连不断，皇太极万分焦急。松锦之战是他策划的廓清关外最重要的战役，关系到定鼎中原的大局，他恨不能生双翼飞向前线。但此时他的老毛病“鼻衄”又犯了，而且非常严重。皇太极未等治愈，带病赶到前方指挥战斗。大战告一段落，清军转危为安，从盛京城传来了宸妃病危的消息。皇太极对宸妃的感情太深了，他当即返京。一路上又是一番狂奔，可到了京城，宸妃已经亡故，皇太极竟没能见到爱妃最后一面。皇太极和他的父亲一样，都是多情种。皇太极的母亲孟古去世时，努尔哈赤痛哭不止，一月之久不食荤腥，以示哀悼。海兰珠去世，皇太极比他的父亲有过之而无不及。海兰珠火化后，皇太极饮食顿减，一次，他从中午一直昏迷到晚上，吓得满朝文武全都乱了手脚。此后的两个多月中，他一直沉湎于悲痛中不能自拔，后经诸大臣力劝似有悔悟：“天之生朕，原为抚世安民，今乃过于悲悼，不能自持。天地祖宗知朕太过，以此示警。朕从今当善自排遣也。”因此，接受了大臣们请求，出去狩猎散心。没想到在返回途中，路过宸妃墓，皇太极下马再次痛哭不已。宸妃的去世，极大地摧残了皇太极的身心，从此，他一病再病，身体状况急剧走上了下坡路。皇太极似乎对自己的身体状况有所预感，在诸王及妻子儿女们奏请祭祀宸妃时，他感伤地说：“山峻则崩，木高则折，年富则衰，此乃天特贻朕以忧也。”
崇德七年十月二十日，清史稿载：“圣躬违和，肆大赦。凡重辟及械系人犯，俱令集大清门前，悉予宽释。”这次病估计来得更猛，以至不得不用大赦的方法，求得上苍的保佑。
七天后，汉官都察院参政祖可法、张存仁上书：“皇上天纵神武，德被遐方，以仁心爱万民，以仁政治宇内，凡养民恤民，无不周挚，虽当大业创兴，实万世之圣主，当代之明君也。臣闻有道者，天赐纯嘏;福履者，景运灵长。今皇上道德醇备，福寿兼隆，虽偶尔不豫，辄获康吉，天之眷皇躬也昭昭矣，举国臣民不胜欢忭。伏愿皇上保护圣躬，上答天心，下慰人望。近见政事给予繁，动劳睿虑，各旗、六部诸大臣虚设何裨？凡心劳则气动，更愿皇上清心定志，一切细务，付部臣分理，至军国大事方可奏闻。况大业垂成，外国来归，正圣心慰悦之时，亦可稍辍忧劳。且时当食足兵强，皇上宜暂出游猎，以适上心。臣等谬任言官，惟以圣躬为重，伏望息虑养神，幸甚！”
皇太极阅后立即批示道：“所奏良是。朕之亲理代办处机，非好劳也，因部臣不能分理，是用躬自裁断。今后诸务可令和硕郑亲王，和硕睿亲王，和硕肃亲王一，多罗武英郡王合议完结。”
这就是说，从今以后除军国大事方可奏闻外，其它一些政务，由三个亲王和一个郡王处理就是了。这等于恢复了天命年间四大贝勒轮流执政的旧制，但这次的恢复，是皇太极天威赫赫下的恢复，他用不着再担心有谁敢和他至高无尚的权威提出挑战。
皇太极这个决定，实际是交出了日常行政事务大权，这次患病看来是更严重。从这句话中，我们也可以看出，皇太极在对待国事上，皆“躬自裁断”，“好劳”，以致身心健康受到了极大的影响。诸葛亮就是因为事必恭亲累死的，活了五十四岁，皇太极连诸葛亮都没活过。
同年十二月，皇太极接受祖可法张存仁的劝说，赴叶赫狩猎，行至开库尔处，因圣躬违和，不得已住了下来。
崇德八年正月初一，是每年一次的新年大典，皇太极又因圣躬违和，不得已也停了下来。
同年三月十七日，因圣躬违和，再次颁布大赦，死罪以下皆赦之。
同年四月初一，，因圣躬违和，向盛京及境内各寺庙祷告，施白金。
那么皇太极患的是什么病呢？
《清史稿·太宗本纪一》记载：“上仪表奇伟，聪睿绝伦，颜若渥丹寒而不慓。”根据这段文字，我们可以判断皇太极身体一定很胖，瘦人肯定不会寒而不憟的。皇太极到了中年，身体越发胖起来，他一生喜爱两匹战马一个叫大白，一个叫小白，由于过胖，他骑大白一天仅能行五十里，骑小白才免强行一百里。
现在看，胖人易患的大多是心血管病，估计皇太极是因高血压造成中风，以至脑内出血或心肌梗塞突然死亡，而绝不是什么端坐于清宁宫炕上无疾而终。