孝宗即位以后，查获一个文件夹，上面都署名为“臣安进”—是万安的奏折，每一件都是向皇帝推荐“房中术”的秘方。孝宗派太监怀恩带着这些奏折前往内阁，传达他的口谕：这是大臣应当做的事吗？
从秦至清的帝制时代，值得称道的好皇帝屈指可数，除了打天下的开国君主，大多数守成君主，实在难以恭维。何故？这批人从小在深宫高墙之内成长，没有经历磨难，耳边一片阿谀奉承之词，养成刚愎自用、骄奢淫逸的习性。指望他们力挽狂澜，难矣哉！清朝初年的历史学家谷应泰对此有一段精辟的议论，颇值得细细品味。他说：“人主在襁褓，则有阿姆之臣；稍长，则有戏弄之臣；成人，则有嬖幸之臣；即位，则有面谀之臣。千金之子，性习骄佚，万乘之尊，求适意快志，恶闻己过，宜也。”
当然，也有例外。谷应泰的这段话是在评论明孝宗朱祐樘时说的，在他看来，孝宗就是例外：孝宗恭俭仁明，勤求治理，身边多是高风亮节、敢于直言极谏的大臣，原因在于，他多方征求方正之士，杜绝嬖幸之门，抑制外戚，制裁太监。他在早朝之外增设午朝，频繁召见大臣，访问疾苦，寻求治安之道。所以弘治一代，号称“众正盈朝”。
这和孝宗的素质很有关系。他在太子时期，得到博学多才的程敏政、刘健等人的指点，熟读经史，养成“仁孝恭俭”的品格。即位后仍然手不释卷，经常阅读《孝经》、《尚书》、《朱熹家礼》、《大明律》，稍有疑问立即请教儒臣法吏。无怪乎人们称赞他是明朝最为遵循儒家伦理规范的皇帝。他即位以后，拨乱反正，罢黜佞幸之臣，对内阁、六部作了大幅度的人事调整。
首先触及的是内阁大学士万安。此人可以说是一无是处，不会理政，只会高呼“万岁”，被人讥讽为“万岁阁老”。他升官的法门，就是巴结万贵妃及其兄弟，投皇帝所好，与方术佞幸李孜省互相勾结，紊乱朝政。孝宗即位以后，查获一个文件夹，上面都署名为“臣安进”—是万安的奏折，每一件都是向皇帝推荐“房中术”的秘方。孝宗派太监怀恩带着这些奏折前往内阁，传达他的口谕：这是大臣应当做的事吗？万安无法辩解，一声不吭，只顾叩头。他的名声本来就臭，言官听说此事，接二连三上疏弹劾。孝宗顺从舆论，把万安罢官。
接着被罢官的是另一个内阁大学士尹直。和万、尹沆瀣一气的大学士刘吉，有风雨飘摇之感，向言官们封官许愿，建议皇帝越级提拔言官，希望他们手下留情。这一招果然厉害，言官们都缄默了。但是言官以外还有敢于直言的人。翰林院候补官员张昇首先出来弹劾，说刘吉把口蜜腹剑的李林甫和钳制言路的贾似道，合而为一，是双料奸臣。大理寺官员夏堠上疏弹劾，刘吉的罪状，并不比万安、尹直小。奇怪的是，刘吉屡遭弹劾，依然在加官进爵，人们称他为“刘棉花”—“愈弹愈起”。后来引起皇帝的厌恶，派太监到他家，勒令罢官。
清除宵小之徒，是为了起用德高望重的正直大臣。孝宗即位之初，就想起了刚直不阿的司礼监太监怀恩—因为支持言官抨击传奉官被先帝贬往凤阳，出于敬佩与倚重之心，把他召回。怀恩回来后，立即向孝宗建言：罢免阿谀万贵妃的佞臣，召还刚直方正的王恕。孝宗采纳了这一建议，召回已经致仕的南京兵部尚书，出任吏部尚书，让他负责领导班子的调整工作。
王恕在成化年间就以敢于直言极谏而闻名，先后应诏陈言二十一次，上疏建白三十九次，全力阻击佞幸。朝中官员都倾心仰慕，遇到朝廷大事难以决断，必定请王公表态。当时有这样的民谣：“两京十二部，独有一王恕。”佞幸大臣为之侧目，皇帝也颇为“厌苦”，给他一个太子少保的头衔，让他退休。
王恕历任巡抚、侍郎，直至尚书，都在留都南京，一直不受重用，其原因正如《明史·王恕传》所说：“以好直言，终不得立朝。”退休以后，名声愈加高涨，言官推荐几无虚日。孝宗顺应舆论起用王恕为吏部尚书，顺应了舆论。
王恕刚刚抵达北京，很有政治头脑的翰林院庶吉士邹智，向他提醒：以往大臣不能会见皇帝，所以朝廷事事苟且。先生应该先请求皇帝召见，一一指出时政的弊端。
王恕在皇帝面前畅所欲言，很好地履行了吏部尚书的职责。他向皇帝说，从正统年间以来，皇帝每日只上朝一次，臣下觐见不过片刻。圣主虽然聪明，那里能够尽察大臣贤能与否？希望陛下每天下朝以后，前往便殿，召见大臣，详细讨论治国之道，谋划大政方针。孝宗采纳了这个建议，从弘治元年（1488）三月开始，早朝之外，增加了午朝，皇帝在文华殿接见大臣。被接见的大臣可以当面向皇帝陈述政见，皇帝详细询问，作出裁决。
孝宗起用的另一位名臣，是学者型官僚丘浚。丘浚幼年丧父，由寡母李氏教导，读书过目成诵。家贫无书，常常走数百里借书。苦读的结果，是乡试考了第一名。景泰五年（1454）成为进士，在翰林院工作，见闻愈加广阔，熟悉国家典章制度，以经济之才自负。成化元年（1465）朝廷在两广用兵，丘浚向内阁大学士李贤上书，洋洋数千言，指陈形势。李贤很欣赏，推荐给皇帝，皇帝命人抄录，发给总兵、巡抚参考。丘浚因此而声名鹊起，晋升为礼部右侍郎兼国子监祭酒。
他鉴于真德秀的《大学衍义》关于“治国平天下”的内容有所欠缺，博采群书予以补充，写了一本《大学衍义补》，阐述“四书”之一的《大学》关于治国平天下的道理，重点在于治国的方略。比如，他讲到从唐代以来，朝廷财政仰赖于江南已见端倪，到了明代江南已经成为财赋重地，唤起朝廷对江南的重视，极具政治家见识。弘治元年（1488），他把此书呈献给皇帝，孝宗看了非常欣赏，批示说：“考据精详，论述该博，有辅政治。”随即指示礼部出版此书。用这样的语言品评一本著作，显示了品评者自身的学术功底，这与他太子时代受到的系统经史训练，以及自己的文化追求有关。由于皇帝的器重，丘浚晋升为礼部尚书，奉命编撰《宪宗实录》。弘治四年（1491）书成，以礼部尚书兼文渊阁大学士，参与机务，开创了尚书进入内阁的先例。当时他已经七十一岁了。
丘浚没有辜负皇帝的信任，屡屡上疏，触及时政的弊端。他指出：陛下端正自身作为立朝之本，清心寡欲应对政务，谨慎对待喜好不流于异端，节约开支不至于耗费国力，任用官员出于公心不失于偏听，禁止拉关系以严肃内政，提倡义理以杜绝奸佞。这样可以消除天灾人祸，实现帝王之治。这位著名学者写得兴起，一共拟了二十二条，洋洋万言。好学的孝宗耐心批阅，给予高度评价：“切中时弊”。
令人不解的是，王恕和丘浚这两位皇帝倚重的大臣，互不服气。有一天宫内举行宴会，座次的排列有一点麻烦：丘浚作为内阁大学士，自以为应该排在王恕前面；王恕以吏部尚书身份位居六部之首，自以为不宜排在礼部尚书丘浚后面，颇有牢骚，从此结下嫌隙。不久，丘浚指使太医院官员刘文泰弹劾王恕。刘文泰经常出入丘浚家，企求升官，吏部尚书王恕没有批准。刘文泰自以为有丘浚撑腰，弹劾王恕变乱选拔官员的成法，揭露他请人为自己撰写《大司马王公传》，大量透露被皇帝“留中”奏疏的内容。丘浚随即指责王恕“卖直沽名”。孝宗听信刘文泰与丘浚的意见，谴责王恕“沽名”，责令焚毁《大司马王公传》的书版。王恕不得不向皇帝作自我检讨，请求退休。王恕被迫退休，引来舆论哗然，言官交章弹劾丘浚“媢嫉妨贤”。
弘治八年（1495）二月，七十六岁的丘浚去世，史家对他的盖棺论定还是公允的，说他在内阁五年，常常以宽大启迪皇上，用忠厚改变士人习气，清廉耿介，嗜好学问，自己家的房屋低湿狭小，四十年没有翻修。也指出他的弱点：“议论好矫激”，例如讥讽范仲淹的庆历新政是“多事”，说岳飞未必能够恢复故土，秦桧有再造之功云云。这种令人惊骇的言论，与他性情的偏隘不无关系。他和内阁同僚议事，意见不合，竟然把官帽扔到地上；看不惯言官的言论，动不动就当面大骂。和王恕有嫌隙，甚至见面不说一句话，以至于指使刘文泰攻击王恕，招来一片谴责声。他去世后，刘文泰前往吊唁，被丘夫人赶了出去，骂道：因为你的缘故，使得已故相公与王公失和，背负不义的名声。由此可见，丘浚和他的夫人，对于无端攻击王恕，导致他的退休，事后有所反省，深感内疚。
王恕从政五十余年，刚正清严始终如一，在吏部尚书任上，引荐的人才，如耿裕、彭韶、何乔新、周经、李敏、张悦、倪岳、刘大夏等，都是一时名臣。《明史·王恕传》说：弘治二十年间，众正盈朝，职业修理，号称极盛，王恕功不可没。武宗即位后，仰慕他的名声，派遣官员前往慰问，向他征求高见，要他知无不言言无不尽。正德三年（1508）四月，九十三岁的王恕逝世，武宗得到讣告，停止上朝，赠给左柱国、太师头衔，赐谥号“端毅”。