普宁清真寺始建于清乾隆二十七年(1762年)，乾隆二十八年(1763年)竣工，与中南海的宝月楼(今新华门)隔街相望。由于是乾隆皇帝降旨御批、动用国库内帑并由专人督工建造的“敕建”项目，可以想象当年这座清真寺的规模和奢华。
当时附近的维吾尔族和回族同胞均在此清真寺礼拜，曾经的盛况，正像如今保存在历代帝王庙中，乾隆皇帝亲笔撰文的那方满汉蒙回四体碑文中所记述的一样。清代在求同存异、尊重习俗、包容信仰方面的胸襟，在碑记中表达得淋漓尽致。
整座清真寺占地二十多亩，寺内苍松翠柏，建筑恢弘，风格独特，别具一格。非对称的布局建筑采用砖石结构，正方形绿琉璃瓦顶的大殿坐西朝东，四周各建有角亭一座，形成拱卫之势。重檐攒顶环廊的设置呈现出阿拉伯的建筑风格，碧色瓦顶与朱色盲柱相映壮丽，极尽辉煌。寺的拱券形正门位于寺北临街，高大的穹顶与邦克楼融为一体，成为寺中最具浓郁民族特色的建筑，稳重中不失飘逸，清雅中不失绮丽，充分体现出中国西域建筑与传统建筑相融合的瑰丽特征。
券门之上四柱单檐九脊顶的四壁轩敞楼阁高高耸立，玲珑秀美，振翅欲飞，它就是拜前唤礼用的“邦克楼”，亦称唤礼楼。每当深夜登楼呼唤礼拜之时，悠扬的唤礼声俯掠中南海水面，远播数里，成为当时的“京城第一门楼”。
这个清真寺的建立和乾隆皇帝有着极大的关系。乾隆二十年(1755年)五月，清廷派兵平定新疆阿睦尔撒纳的叛乱，解救了大和卓与小和卓两人。可这两个人竟以怨报德，组织叛乱活动。
新疆和卓家族分为阿帕克和卓与额赖玛特和卓，香妃一家所属的额赖玛特和卓拥护朝廷，反对分裂，遭到大小和卓的欺辱。乾隆二十二年，清廷再次进兵新疆平定大小和卓的叛乱，香妃的叔、兄积极配合清军，乾隆二十四年叛乱被平息。乾隆二十五年(1760年)，香妃的胞兄、五叔、六叔和其他五位首领等应召入京，被封官晋爵，史称“八爵进京”。
乾隆皇帝十分重视这支由八位维族首领和回教领袖带领的少数民族部众，将其编入八旗并下诏封居，安置在宝月楼南侧今东安福胡同一带，史称“回回营”，又称红帽子回回。随叔、兄奉旨进京的香妃被召入宫，乾隆皇帝将她册封为和贵人。显然，这是乾隆皇帝统一新疆后，实行因俗而治的政治联姻，以便达到长久稳固边陲的目的。此后，乾隆皇帝又下旨在回回营中兴建普宁清真寺，供营中回人礼拜之用。
民间传说这座清真寺为“香妃寺”。说乾隆皇帝建宝月楼，是为让香妃登楼与隔街对面邦克楼内的父母谋面，互诉衷肠，以解香妃思乡之苦，故民俗称宝月楼(新华门)为“望家楼”。而香妃的父母思女来京，不能入宫，藉登邦克楼与宝月楼中的香妃隔街相望，了却相思之情。查史溯源，寺虽不称“香妃寺”，但回回营、宝月楼确与香妃有关。宝月楼虽建于香妃入宫前两年，但香妃进京后，鉴于特殊的宗教信仰、生活习俗，她没有被安排住进皇宫，而是住在宝月楼。
香妃在京生活了二十八个春秋，乾隆下江南、巡泰山等，香妃都曾亲自随驾。在她香消玉殒三年后，年已八旬的乾隆于宝月楼前仍感慨万千、暗自神伤：“卅载画图朝夕似，新正吟咏夕今同。”这也就难怪民间会演绎出那么一段美丽的传说来。
民间围绕着香妃产生的故事盛传不衰。在乾隆所有的妃子中，只有容妃一人来自新疆，无论从清宫档案还是官家文书都记载证明了这一点。二人都是维吾尔族，封号都是妃，家乡籍贯、民族信仰都一样。容妃的五叔、六叔、哥哥的名字亦是相同。由此看来，香妃和容妃皆是一人。在民间传说中体生异香的香妃，即是容妃无疑。
民国初年，袁世凯任大总统时，把中南海作为他的总统府，将原本不与外边相通的宝月楼改建为总统府的大门，以“新中华民国”之意取名为“新华门”。同时在门内修建影壁，并将端王府一对石狮移于门前。从此，新华门取代西苑门，成为中南海的正门。而新华门对面的清真普宁寺，袁世凯遂以不宜直对政府为名，下令强行将寺门、礼拜殿等建筑拆除，修筑了一溜儿灰色花砖墙，用以遮挡路南的民居。