明末的朋党，除了东林党之外，还形成了专门与东林党作对的浙党，以及与浙党联合的齐、楚、宣、昆诸党。这两大势力互相倾轧，一般总是借“京察”做文章。所谓“京察”，就是对京官的政绩，进行六年一次的定期考核。按规定，凡是在京察中考核不合格而被罢官的，一律不许重新任用。所以，为了利用京察的机会来削弱对手，这两大势力围绕着那些负责京察的职位，展开了激烈的角逐，使党争变得越来越势不两立，越来越险恶，也越来越白热化。
万历“梃击案”
除了京察之外，东林党人还以皇位继承问题为抓手，试图抢占政治高地，战胜对手，以达到最终控制朝政的目的。
首先是“争国本”。万历皇帝不喜欢王恭妃为他生的长子常洛，而要立郑贵妃为他生的常洵为太子。于是，朝中那些东林大臣便以祖宗之法为根据，纷纷上书，要求尽快立常洛为太子。他们言辞激烈，不依不饶，表面上是激于对祖宗法制的忠诚，其实却是想趁机造成声势，控制舆论，在政治上扩大自己的势力，为有朝一日控制朝政而捞取政治资本。这场争论，前后延续十余年，直到常洛被立为太子才告结束。
为了维护常洛的太子地位，东林党人又不断发动攻势，迫使福王常洵离开京城，回到自己的封地。为此，他们不遗余力地对万历皇帝所宠爱的郑贵妃及其势力进行攻击，而且总是要牵扯到其他政敌。在东林党人看来，一切围绕“争国本”的斗争，都能使他们在舆论上占有优势，所以最容易克敌制胜。然而，他们的这种做法，也会迫使对手采取更为激烈的手段进行反击。当常洵被迫回到自己的封地之后，万历四十三年，竟有人将一名无赖带进皇宫，并引导他直闯太子宫，先是用枣木棍击伤守门太监，然后直趋太子殿前。但是，这无赖很快就被守备制服。
这件案子，被称为“梃击案”。以浙党为首的非东林党人，显然不希望东林党人通过此案的审理获益，从一开始就企图草草结案。而东林党人，则希望通过此案的审理，扩大事态，打倒对手。万历皇帝对东林党人热衷此案的目的，是心存疑虑的。他下令迅速结案，并警告东林党人，不许再挑唆他和太子之间的关系。在万历皇帝看来，今后最大的威胁，一定就是朋党。
东林党人的得势
万历年间，东林党人与非东林党人的争斗，总体上是以东林党人的失败而告终的。但是，在这一过程中，浙党、齐党和楚党也反目成仇。这与一个叫汪文言的人，有很大关系。
汪文言本为胥吏，后来结交了东林人士，于是进京活动，并出钱为自己买了个监生(太学生)。汪是个很有心计的人，眼观六路，耳听八方，对当时各党人之间的利害关系十分熟悉。在他看来，浙党、齐党和楚党虽为同盟，但他们各自的党魁都不过是在互相利用;一旦功成，就会为了各自的利益，相互争斗。于是，他通过各种各样的办法去离间他们，使齐、浙、楚三党的党魁们相互排挤、攻讦，相互削弱，而至于分崩离析。这三党人士的分裂，无形中增强了东林党人的力量。
汪文言还是一个很懂得投机的人。他看准了太子常洛的伴读太监王安将来是可以“济国事”的，遂倾心相交，希望有朝一日可以通过他来影响皇帝。王安是个颇识得大体的人物。“梃击案”发生后，东林党人欲穷追猛打，王安却建议太子常洛尽快结案。对此，万历皇帝非常满意。
万历皇帝去世，常洛继位，是为光宗。反对势力既已分裂，东林党人因有拥戴之功，而深得光宗皇帝的好感。在这样的形势下，那些原来被罢斥的东林人物，因为已任司礼监秉笔太监的王安的建议，又重新回到朝廷。这一切，都与汪文言的暗中活动分不开。据说，当时朝廷起用东林诸人，都是汪文言向王安推荐的。汪文言总是对王安说东林某某人是“清流”，这些人即被委以重任。汪文言那时是王安的中书舍人，负责传递朝廷的各项命令，职位虽低，却是一个很重要的角色。
光宗在位只一个月，就去世了。据说，光宗的死，与他过度纵欲，又误服了臣下进奉的“红丸”有关。这本是一件讲不清楚的事情，却又成为当时朋党争斗的一个大题目。
光宗临终前，遗嘱由他的长子朱由校继位。朱由校那年虚岁16，生母已死，与光宗宠爱的李选侍一起住在乾清宫。为了不使李选侍干政，东林党人联合王安，先将朱由校接出乾清宫，到文华殿登基，之后即迫使李选侍搬出乾清宫。这就是“移宫案”。
因扶立熹宗朱由校有功，东林党人受到了更多的重用。一时之间，内阁、都察院、吏部、兵部等关键部门，都常握在东林党人手中。但是，东林党人并没有借此机会，真正在治国安民上有所建树。他们只是一味地忙于起用过去那些遭到贬斥的党人，再就是打击业已分崩离析的浙、齐、楚诸党。这使朱由校对东林党人很快就失去了兴趣，只一味地宠幸自己的乳母客氏和司礼监秉笔太监魏宗贤。
车马“填溢户外”
王安为人，《明史》上说他“刚直而疏”。所谓“疏”，就是心思不周密。《明史》上还说他“善病”。显然，他身体也很不好。心思不周密，则不善于争权。身体不好，则难以独掌司礼监事务。这就给了魏宗贤以可乘之机。
魏宗贤曾经为熹宗的母亲王才人“腆膳”。后来，他到司礼监，在魏朝手下做事。魏朝是王安的亲信，颇得王安的信任。魏朝总是在王安面前赞誉魏忠贤能力强，王安因此也很看重魏宗贤。但到了后来，魏朝跟魏宗贤争相讨好客氏，两人又变得互不相容。王安为此对魏朝很有看法，就把他调离司礼监。这样一来，魏忠贤和客氏就越来越得志了。
熹宗继位后不久，命王安继续执掌司礼监事务，王安则按照惯例上章请辞。然而，想不到在客氏的劝说下，熹宗竟接受了王安的辞呈。王安一离任，客氏与魏宗贤就伪造诏命，杀害了王安。他们制造王安案的主要目的，一是不让他东山再起;二是借机清除王安在司礼监的人马。
王安被杀，汪文言即被革除了监生身份，逐出京城。而他一离开京城，即遭逮捕，但随后又鬼使神差地被宽大释放。之后，汪文言居住京城，与公卿大臣们频繁往来，与东林著名人物更是过从甚密。据说他家院子里，总是停满了车马。有时客人太多，车马甚至“填溢户外”。可见，直到此时，东林党人仍视汪文言为香馍馍。东林党人叶向高入主内阁后，汪文言又担任了内阁中书舍人。
王安死后的第三年，魏宗贤为清除东林党人，又唆使人状告汪文言，说东林党人就是因为汪文言的关系，才能与王安内外勾结的。魏宗贤显然是老谋深算。他要打击东林党人，必须抓到东林与王安内外勾结的罪证，以证明东林就是“朋党”。而拘捕汪文言，正是关键的一着。
当时，负责汪文言一案的，是镇抚司的刘侨。据说，在审理汪文言案时，东林党人御史黄尊素曾嘱咐刘侨，说一个汪文言不足惜，重要的是不要因此引起迫害东林人士的“衣冠之祸”。而内阁首辅叶向高，也对刘侨讲了相同的意思。显然，东林党人一方面弃卒保帅，一方面又想保全汪文言。所以，汪文言虽然被打入锦衣卫大牢，但只是受了梃杖。他的问题未被深究，也没有牵连他人，最后以削职为民了事。
对于汪文言案的草草了事，魏宗贤是不甘心的。不久，他就指使人重翻旧案，再度把汪文言投入狱中。这一次，负责审理汪案的，是镇抚司的许显纯。此人对汪文言动用酷刑，“五毒备至”，并伪造口供，诬陷汪文言曾经行贿杨涟等人。在刑讯中，汪文言曾仰天大呼：“世上岂有贪赃的杨大洪！”大洪是杨涟的字。汪文言即便是在备受酷刑之际，对杨涟还是称字，可见他对杨涟的敬重。汪文言还对许显纯大叫道，要他不要伪造口供，到时候是要与他当面对质的！当天，汪文言即被许显纯拷打至死。
杨涟本为朝廷副都御史，因上书言魏忠贤二十四罪，已被削职为民。根据许显纯伪造的汪文言口供，杨涟等东林党人，竟收受贿赂白银共17万两。于是，杨涟等人又被逮捕入狱。在狱中，许显纯根据这份伪造的口供，对杨涟等人严刑逼供。酷刑之下，这些东林书生们个个都承认受贿。他们都天真地以为，到面对法司审判时，自己还有申辩的机会。他们哪里想得到，此时魏宗贤已伪造了圣旨，不必再把他们送交法司审判了。每隔几日，魏宗贤就对他们严刑逼供一次，一直到把他们拷打至死为止。
东林党人的失败
从汪文言的行事来看，此人虽属策士一流人物，却具有强烈的正义感和坚定的人格，以致“五毒备至”的酷刑都不能瓦解他的意志。对于这样的一个人物，为什么当他遭到魏忠贤诬陷和迫害时，东林党人首先想到的就是跟他划清界限，以免受他的牵连呢？这与明朝歧视胥吏和讲究“资格”，恐怕有极大的关系。
自从隋唐实行科举选官以来，读书人做官，具体的事情却要由胥吏来做，就成为官场的一种普遍现象。久而久之，“胥吏专政”就成为唐宋以来国家政治的一种特色。明朝，胥吏专政是非常严重的。明朝的胥吏，通常是父子相传。他们对法律很熟悉;对哪些事，习惯上是怎么办的，也很熟悉。读书人做官，胥吏做事，是官场通则。但是，明朝也有一条带有歧视性的规矩，就是胥吏不许考进士。
另一方面，明朝的官场，还非常重“资格”。洪武以后，选官重进士。开始时，做大官的一定要用进士。久而久之，凡州、县以上的官，都只用进士。举人、监生(国子监学生)，都不能做大官。到了后来，上等州县官缺员，也一定要用进士。中等州、县官缺员，任命举人来担任。只有下等州、县官缺员，才任命监生去担任。举人、监生若要做知州、知县，一定是在边远的地区。因为讲究“资格”，那些进士出生的人，只要看见有举人、监生身居要职，就会群起而攻之。顾炎武曾经说到，难得有一两个举人、监生受到皇帝的欣赏，被提拔做了大官，那些进士出生的人，一定会竭尽全力来攻击他们，想方设法捏造罪名，要皇帝把他们逐出朝廷，甚至非要置他们于死罪才心甘。
汪文言出生胥吏，后来出资捐了一个监生。他的这两种身份，在当时的士大夫中，都是受歧视的。东林党人虽然与汪文言关系密切，却也难免为这种歧视胥吏、监生的观念所影响。尽管汪文言在朝廷重新起用东林党人的问题上，起了极大的作用，但东林党人内心是瞧不起像他这种身份的人的。他们对于汪文言，仅仅是利用而已。所以，在他们看来，东林人士既已占据朝廷要津，要紧的是不要受汪的牵连，因小失大。可以肯定的是，东林党人与汪文言之间，绝不存在行贿受贿的关系，牺牲汪文言对他们不会有任何危险。正因为如此，他们所迫切想要证明的，就是他们与汪文言并无瓜葛，很清白，也不存在结为朋党的问题;他们的所作所为，都是出于对朝廷的忠诚，而没有任何私利可言。留得青山在，不怕没柴烧。倒掉一个汪文言，又何足惜哉！
一切权力交给了魏忠贤
按照魏忠贤的逻辑，王安既然有罪，只要证明东林人士与王安勾结，那东林人士也就有罪;只要抓了汪文言，这个案子就已是铁定的了。至于汪文言有没有口供，并无关紧要。口供是可以制造的，“证据确凿”绝对不是问题。牺牲掉汪文言，对于东林党人来说，可谓是唇亡齿寒。当时就有人说：“东林诸贤被朝廷起用，都是由于汪文言的推荐，又怎么可能不受汪文言的牵连呢！”
魏忠贤的专权，是在明末朋党之争趋于白热化的背景下开始的。魏忠贤消灭了王安，掌握了司礼监。从那时起，明廷中凡是遭东林党排斥打击的官员，大多投靠了魏忠贤，形成了非常庞大的“阉党”势力，而东林党人的力量则遭到严重的削弱。那时，明廷的内阁、六部官员，以致封疆大吏，几乎都由效忠魏忠贤的“阉党”担任，一片乌烟瘴气。正是在这种情况下，东林党人才意识到，必须与“阉党”进行斗争。但是，在这场斗争的一开始，东林党人由于对魏忠贤追查汪文言一案的退让，已使自己陷于极大的被动。在很大程度上，魏宗贤正是借助汪文言案，打倒了东林党人，并且终于使明朝的宦官专权达到登峰造极的地步。
明朝，自朱元璋废除宰相之后，逐渐形成了皇帝通过内阁和司礼监，直接掌控朝廷六部的权力约束。在这种权力约束之中，官员的奏章必须经过司礼监审查，并由司礼监秉笔太监向皇帝报告。另一方面，官员奏章除非“留中”(皇帝不予答复)，否则必须下发内阁，由内阁大学士根据皇帝的批示，另纸拟定具体处理办法，叫作“票拟”。“票拟”制度，使内阁在皇帝的批示范围内，掌握了一定的建议权。而内阁“票拟”之后，还须由皇帝用红笔批复，才能生效，叫作“批红”。由于皇帝经常把“批红”的事情交给司礼监秉笔太监去做，内阁的建议权实际上又受到司礼监的限制。但无论是“票拟”和“批红”，最终还是受到皇帝控制的。正是在这样的权力约束中，皇权直接控制了政府。然而，当魏忠贤清洗了东林党人之后，明朝的内阁和六部，已全部由魏忠贤控制。而熹宗皇帝喜欢骑马、看戏，又着迷于做木工，把一切权力都交给了魏忠贤。那时，大臣上书一概秉承魏忠贤旨意;魏忠贤甚至可以不经过内阁票拟，就直接以皇帝的名义发布“中旨”，实际上已经是在代行皇帝之职了。宦官可以这样毫无约束地行事，这在明史上是没有先例的。仔细想来，如果不是万历以来激烈的党争，是决不可能形成这样强大的阉党势力的。而面对强大的阉党势力，东林党人竟幻想以牺牲一个汪文言来求得皇帝的信任，他们的自私与不智也已到了无以复加的地步了。