秦始皇死后，赵高采取了说服胡亥威胁李斯的手法，三人经过一番密谋，假造秦始皇发布诏书，由胡亥继承皇位。同时，还以秦始皇的名义指责扶苏为子不孝、蒙恬为臣不忠，让他们自杀，不得违抗。在得到扶苏自杀的确切消息后，胡亥、赵高、李斯这才命令车队日夜兼程，迅速返回咸阳。为了继续欺骗臣民，车队不敢捷径回咸阳，而是摆出继续出巡的架势，绕道回咸阳。由于暑天高温，秦始皇的尸体已经腐烂发臭。为遮人耳目，胡亥一行命人买了许多鱼装在车上，迷惑大家。到了咸阳后，胡亥继位，是为秦二世，赵高任郎中令，李斯依旧做丞相，但是朝廷的大权实际上落到了赵高手中。赵高阴谋得逞以后，开始对身边的人下毒手。他布下陷阱，把李斯逐步逼上死路，李斯发觉赵高阴谋后，就上书告发赵高。秦二世胡亥不仅偏袒赵高，并且将李斯治罪，最后将李斯腰斩于咸阳。赵高升任丞相，由于他可以出入宫禁，特称“中丞相”。
秦朝有史官，留有著作《秦纪》，司马迁应该是根据这部史书写的秦朝的事情，而且秦朝那么多官员，必定有人著书立说，其中的信息能够作为旁证。不过，这些书后人看不到了，司马迁通过他们的记述，自己重新编写，后人便可以根据《史记》来了解秦朝的状况。其实，篡改秦始皇遗照这件事一定也会有秘密的记载的，而秦朝的秘密文件到汉朝则不再是秘密，于是司马迁可以光明正大的记述了，后人因此便可以知道秦始皇遗诏是被篡改的。
遗诏是皇帝死后才公布的，秦始皇自己生前没有相关的诏书，所以遗诏本身的真实性就值得怀疑，而赵高和李斯合谋，之后又杀死李斯，起草伪诏的李斯就是这件阴谋的参与者，他的遗言结合其他旁证史料，就确实了伪诏的事实。
其实说法很多，但都只是猜测。因为秦始皇自己生前没有相关的诏书，所以遗诏本身的真实性就值得怀疑，二世又昏庸，秦始皇怎么又会把皇位传给他。
秦始皇有多少子女，秦始皇死后这些子女下落如何，几千年来，一直没有人能说清楚，见于史书有名可考的秦始皇子女只有长子扶苏，少子胡亥、公子高、公子将闾四人。有史书说秦始皇有12个儿子，史书中还有秦始皇第10个女儿被杀的记载，这样看来，秦始皇至少有儿女二三十人。据专家考证，秦始皇共有子女33人。秦始皇的33位子女，除胡亥在赵高、李斯合谋下篡得皇位，做了秦二世，其余32人皆死于非命。长子扶苏被篡改的遗诏赐死，胡复称帝后，怕其兄长不满而残酷杀戮他们，史书记载的有，将"六公子戮死于杜"，将十二公子杀戮于咸阳市。公子高准备逃跑，又恐家属被族，只好上书，请求为秦始皇殉葬，胡亥准其请求，公子将闾昆弟3人，被迫"拔剑自则，胡亥不仅处死了他所有的哥哥，对其姐妹也不放过，史书记载：胡亥将"十公主戮死于杜"。就这样，胡亥为保住自己的皇垃，残酷地杀害了自己众多的兄长姐妹。
近年来，秦陵考古的新发现，为我们提供了这方面的线索。1976午10月，在秦陵东侧上焦村附近发现了一组陪葬墓群，共17座，考古工作者发掘了其中8座，8座墓中各有一棺一停;其中7座墓中各有人骨一具，五男二女。一座墓中，棺内只有一把青铜剑，未有人骨。令人不可思议的是棺中尸骨非常零乱，有的躯体与四肢相分离，有的头骨与躯干相分离，有的头骨上有箭头，这些现象表明墓主系非正常死亡。但同时令人不可思议的是，墓中的随葬品非常丰富，计有金、银、铜、铁、陶、玉、蚌、贝、骨、漆器及丝绸残片二百余件，这种规格说明墓主人是有一定身份的。这些有一定身份而又遭到残酷杀害的墓主都葬在陵园附近，说明他们必然与陵园陪葬有关。这使人联想到被残酷杀害的秦始皇子女。在发掘过程中，人们在墓坑里还发现了挖墓人烤火的遗迹。这说明当时天气很冷，这与胡亥诛杀诸公子的时令相吻合。因此，专家分析，这些墓葬的主人很可能是秦始皇的儿女，在发掘中还发现了两枚私印，一枚“荣禄”，出土于男性墓中;一枚印文为“阳滋”，出土于女姓墓中。如果惟断正确，则“荣禄”是秦始皇儿子的名字，“阳滋”是秦始皇女儿的名字。随着挖掘深人，人们将取得更多的证据，到时秦始皇子女下落之谜有可能被彻底解开。