在历史上，雍正皇帝开始讨厌年羹尧，主要在1724年(雍正二年)冬年羹尧第二次进京陛见为导火线的：
在赴京途中，他令都统范时捷、直隶总督李维钧等跪道迎送;到京时，黄缰紫骝，郊迎的王公以下官员跪接，年羹尧安然坐在马上行过，看都不看一眼;王公大臣下马向他问候，他也只是点点头而已;更有甚者，他在雍正皇帝面前，态度竟也十分骄横，“无人臣礼”;年羹尧进京不久，雍正皇帝奖赏军功，京中传言这是接受了年羹尧的请求;又说整治阿灵阿等人，也是听了年羹尧的话。这些话大大刺伤了雍正皇帝的自尊心。
年羹尧结束陛见回任后，接到了雍正皇帝的谕旨，上面有一段论述功臣保全名节的话：“凡人臣图功易，成功难;成功易，守功难;守功易，终功难。……若倚功造过，必致反恩为仇，此从来人情常有者。”在这个朱谕中，雍正改变了过去嘉奖称赞的语调，警告年羹尧要慎重自持，此后年羹尧的处境便急转直下。
在历史上，雍正皇帝之所以最终杀掉年羹尧，其实与大臣们的态度关系不大。最主要是年羹尧的所作所为已经完全成为威胁皇权的最主要因素。这主要表现在以下几点：
第一，擅作威福。
年羹尧自恃功高，骄横跋扈之风日甚一日。他在官场往来中趾高气扬、盛气凌人，赠送给属下官员物件，“令北向叩头谢恩”;发给总督、将军的文书，本属平行公文，却擅称“令谕”，把同官视为下属;甚至蒙古扎萨克郡王额附阿宝见他，也要行跪拜礼。
对于朝廷派来的御前侍卫，理应优待，但年羹尧却把他们留在身边当作“前后导引，执鞭坠镫”的奴仆使用。按照清代的制度，凡上谕到达地方，地方大员必须迎诏，行三跪九叩大礼，跪请圣安，但雍正皇帝的恩诏两次到西宁，年羹尧竟然“不行宣读晓谕”。
更有甚者，他曾向雍正皇帝进呈其出资刻印的《陆宣公奏议》，雍正皇帝打算亲自撰写序言，尚未写出，年羹尧自己竟拟出一篇，并要雍正皇帝认可。年羹尧在雍正皇帝面前也行止失仪，“御前箕坐，无人臣礼”，雍正心中颇为不快。
还有一件离谱的事情，说是有一年的冬天，年羹尧将军出行，跟他同车的士兵都把手放在车把上面。大雪纷飞，年羹尧怕他们被冻僵。然后就说，去手。意思是你把手拿下来得了。这些士兵就误会了。一听，去手？大将军让我们去手，遂拿起刀把手砍了。可见年羹尧的权威已经达到了无以复加的地步。所以这些士兵如此听他的，这让雍正皇帝害怕。
第二，结党营私。
当时在文武官员的选任上，凡是年羹尧所保举之人，吏、兵二部一律优先录用，号称“年选”。他还排斥异己，任用私人，形成了一个以他为首，以陕甘、四川官员为骨干，包括其他地区官员在内的小集团。
许多混迹官场的拍马钻营之辈眼见年羹尧势头正劲、权力日益膨胀，遂竞相奔走其门。而年羹尧也是个注重培植私人势力的人，每有肥缺美差必定安插其私人亲信，“异己者屏斥，趋赴者荐拔”。比如他弹劾直隶巡抚赵之垣“庸劣纨绔”，“断不可令为巡抚”，而举荐其私人李维钧。赵之垣因此而丢官，于是转而投靠年羹尧门下，先后送给他价值达20万两之巨的珠宝。年羹尧就借着雍正二年进京之机，特地将赵带到北京，“再四恳求引见”，力保其人可用。遭到年羹尧参劾降职的江苏按察使葛继孔也两次送上各种珍贵古玩，年羹尧于是答应日后对他“留心照看”。此外，年羹尧还借用兵之机，虚冒军功，使其未出籍的家奴桑成鼎、魏之耀分别获得了直隶道员和署理副将的官职。
第三，贪敛财富。
年羹尧贪赃受贿、侵蚀钱粮，累计达数百万两之多。而在雍正朝初年，整顿吏治、惩治贪赃枉法是一项重要改革措施。在这种节骨眼儿上，雍正皇帝是不会轻易放过他的。
雍正皇帝对年羹尧的惩处是分步逐渐进行的。
第一步是在雍正二年十一月年羹尧陛见离京前后，此时雍正皇帝已做出决定，要打击年羹尧。年羹尧离京后接到的那份朱谕就是对他的暗示。
第二步是给有关官员打招呼。一是雍正皇帝要求他的亲信要与年羹尧划清界限，揭发年羹尧的劣迹，以争取保全自身;二是年羹尧不喜欢的人，使他们知道皇帝要整治年羹尧了，让他们站稳立场;三是与年羹尧关系一般的人，让他们提高警惕，疏远和摆脱年羹尧，不要站错了队。这就为公开处治年羹尧做好了准备。
第三步把矛头直接指向年羹尧，将其调离西安老巢。到了雍正三年正月，雍正皇帝对年羹尧的不满开始公开化。年羹尧指使陕西巡抚胡期恒参奏陕西驿道金南瑛一事，雍正皇帝说这是年羹尧任用私人、乱结朋党的做法，不予准奏。
最终年羹尧被雍正帝削官夺爵，列大罪九十二条，于公元1726年(雍正四年)赐自尽。