明宫三大疑案始末：朱常洛为太子时，有人受了指使冲入东宫想杀他，这不由得让人怀疑他在被立为太子时的艰难，两者之间有联系吗？朱常洛当上皇帝后，龙椅还未坐热，二十九天就死了，他吃的两颗红丸引起了一场纷争。朱常洛喜欢的李贵妃在其死后，想挟太子垂帘听政，结果被赶出了乾清宫。三个与光宗相关的案件，竟是如此的复杂。
明神宗晚年，明朝国运日蹙，争端纷扰。明神宗宠爱郑贵妃，更是将郑贵妃的儿子福王朱常洵(后被李自成的农民军所杀)视若掌上明珠。因此神宗便有废长立幼的想法。他先是违反了古制册封郑氏为贵妃，而没有册封长子的母亲。不久又提出了三王并封的主意，将众皇子都封为王以降低长子的地位，为朝臣所阻没有成功。在朱常洛和朱常洵两人择一而立的问题上，因双方争夺激烈，拖延了十余年，直至明万历二十九年(1601)，在朝臣的极力谏争和慈圣皇太后的支持下，朱常洛才被册立为皇太子。这一事件，史称为“国本之争”。国本之争后，神宗带着万分的不情愿与异常的愤怒立朱常洛为太子，立自己最喜欢的郑贵妃之子朱常洵为福王，但从此以后，他以顽强的消极方式与群臣继续作斗争，时间长达十余年之久。在这十多年时间中，他起先以无可奈何的方式坐在龙椅上酣然入睡以面对喋喋不休的大臣，他既不强迫大臣们接受自己的主张，也不对臣僚的奏折表示意见，后来干脆不视朝，开始了罕见的皇帝不理朝政的时期。从此，文武官员很少面见奏事，作为亲信顾问的内阁大学士也难得受到召见。罢朝之后，对于太庙祭祀的大礼他一概不予过问，研读经史、讨论时政的经筵讲席几乎全部免除。大臣的奏疏，大多搁置不批。神宗这样做的结果，必然是造成万历一朝政治的严重败坏。
神宗不上朝在内宫干什么？有专家进行研究后发现，他在内宫做的事情无非就是放纵作乐。御史冯从吾在一份奏疏中讲到神宗是每餐必饮，每饮必醉，每醉必怒。他后宫有上千淑女，神宗整日周旋其间。郑贵妃与他恩爱如漆如胶，是感情的寄托，却并未独占他的枕席。神宗共有八子十女，却是八个女人所生。大臣们一再上疏让他远离酒色财气“四病”，但他根本不当一回事。
太子朱常洛生于明万历十年(1582)，生母恭妃王氏原为慈圣皇太后的宫女。他的身世和父亲明神宗差不多，都是父皇偶然临幸宫女而生。不过虽然都是临幸，明穆宗要比明神宗负责任。明神宗认为这个皇子的出生是他的一件丑事。这一观念持续了三十九年，直到明神宗去世。因此朱常洛一生得不到父爱。
万历四十三年(1615)五月，以太子为目标而发生的梃击案，让整个朝廷都大吃一惊。梃击案的过程相当简单。这天，有一个不知姓名的男子手持枣木棍闯入太子所居的慈庆宫，打伤守门太监，直至殿檐下，被太监擒获交给禁军。次日，皇太子常洛上奏此事，神宗命刑部等官审问。巡视皇城御史刘廷元奏报，该犯名张差，似假装癫狂，建议详加追究。审问中，张差自己说是蓟州井儿峪人，柴草被烧，愤而进京告状，因不识路误入慈庆宫。刑部主事王之宷表示怀疑，一用刑，张差供认是被亲戚带给两位太监，让他到皇城中打杀太子。户部郎中陆大受提出案件中有许多疑问，请求详查涉案的太监，而神宗不理会陆大受的奏疏。蓟州知州戚延龄奏报张差确是一个精神有问题的人，于是诸臣将张差定为“疯癫”。刑部的官员希望重审这一案子，最后十九人合审张差，张差供出亲戚姓名及太监庞保、刘成，于是疏请从郑贵妃宫中提问庞、刘。朝中大臣一致要求重审此案，阁臣也催促神宗详审，无奈之下，神宗谕告三法司会审。三法司会审的结果是，指使打人的是庞保和刘成，两人还许诺只要打杀了人，他们将保张差安然无事。会审中还带出了国戚郑国泰，郑国泰连忙自我辩白。给事中何士晋上奏弹劾郑国泰仓皇自白大有疑问，要求穷究细查，把矛头直指郑贵妃。眼看火已烧上身，郑贵妃在神宗面前流起了眼泪，表明自己是清白的，望着依然楚楚动人的贵妃，神宗决定再也不能让美人伤心落泪了。
神宗在慈庆宫召见百官，责备群臣因审理张差一案弄得全国议论纷纷，造成不好的影响，实际上在离间他们父子的关系，要求罪止张差、庞保、刘成三人，不要再让事态扩大了。朝臣们不依不饶，又想继续辩论，眼看一场君臣交锋又起。太子一看事情不妙，而从没有碰过他的父亲这时一直握着他的手表示出父子的深厚感情，这分明已向他低下了头，再不表态是不行了，于是他说：“我父子是何等亲爱，外廷有许多非议，使尔辈为无君之臣，使我为不孝之子。庞保、刘成是张差乱诬陷的，只将张差治罪就罢了，不要株连他人。”大臣们一听太子的话，都低头不语了，为了太子他们不再争辩了。神宗这时也向大臣表示自己与太子非常亲密：“皇太子是国家的根本，今年已三十四岁了，我很器重他。你们疑心我有他意，这是根本不可能的。如要换太子，我早就可以做了，何必要等到今天。福王在外，没有圣旨，他是不能回京的。”如此一表白，大臣们还有什么好说？不久，张差处斩。据说张差临刑前，大喊冤枉。三法司再审庞、刘二人，均拒不认罪，后二人被秘密处死于内宫。事件结束后，曾力主详审的王之宷被废为平民。梃击案的发生，使人多少会联想到案件与郑贵妃有关，或至少与拥护福王的势力有关。一个疯疯癫癫的人，是绝不可能直闯皇宫，一无阻拦地盯住太子的。
万历四十八年(1620)七月，神宗崩。八月，太子即位，是为光宗，年号泰昌。朱常洛登极后，面临着其父遗留下的严峻形势，朝纲腐败，经济凋落，宫内纠纷无休无止，军力日衰，边疆吃紧，后金崛起，封疆残破，大明王朝的江山摇摇欲坠。而体弱、孤僻、压抑而又好色的朱常洛又无力挽回即将崩溃的局面。光宗在东宫长期以来无所事事，耽于淫乐，即位后更不注意身体，没过几天就阴虚火旺，卧病不起。经内医崔文升用药，病情反而加重。光宗召见群臣，辅臣方从哲推荐鸿胪寺丞李可灼有自制的红丸仙药。于是光宗召见李可灼，服用了他进的红丸药，起初病情略有好转，光宗还直夸李可灼是个忠臣。睡了一觉，再服一粒，没过几个时辰光宗就死了。这时他即位仅二十九天，成了明朝历史上在位时间最短的皇帝。这个“红丸案”在朝廷内外引起大哗，首辅方从哲因为推荐李可灼进献红丸受到抨击，而李可灼误进药方可能早有预谋。给事中惠世扬上疏弹劾方从哲交通郑贵妃、李可灼及内医崔文升谋害光宗，希望详加查究，而刚即位的熹宗朱由校均不予批准。
天启初年，很多大臣的目光对着郑贵妃。早先，她给太子进美女，害得他身体空虚，接着崔文升用药全是她指使的，后又发生李可灼进药，虽不能发现有什么直接关系，但大臣们觉得郑贵妃似有图谋不轨倾向。大臣们纷纷要求处分方从哲，诛杀李可灼。熹宗在大臣们的压力下终于下诏，将李可灼逮捕审讯后流放充军，崔文升发配南京。
光宗最宠爱两个妃子，由于都姓李，人们称其为东李、西李。相比较，二李中光宗更喜欢西李。即位后，念及西李抚育皇长子朱由校有功，传谕封她为皇贵妃，并欲立为皇后，因群臣反对而未果。光宗于是在乾清宫召见群臣，正式谕封李氏为皇贵妃。这时李氏召皇长子入内，不一会皇长子出来说，她要封皇后，光宗只能默然不语。
九月初一，光宗死，李氏住在乾清宫里不肯出来。按理，老皇帝一死，老皇帝的皇后、贵妃应该搬出乾清宫让位给新皇帝，但由于朱由校年纪很小，李氏与太监魏忠贤勾结起来欲专权，使得群臣不能见到皇太子。给事中杨涟和尚书周嘉谟觉得李氏居心不良，就带着众大臣直奔乾清宫要面见太子。李氏虽想阻拦皇太子不让他出去见大臣，但边上的太监王安看不下去了，一直催促，李氏只好将太子送出，群臣当即口呼万岁。大臣们与王安等扶着太子往文华殿，定于初六日接位，下诏令让李氏迁出乾清宫。至初五日，李氏仍没有移宫的意思，杨涟上疏说：“登极已在明日，移宫之事，得之也必在今日。”太子于是下诏逮捕魏忠贤，并传谕李氏“气凌圣母”，挟持太子要封皇后，让她马上移宫。这个案件就是通常说的移宫案。
天启中期，太监魏忠贤编《三朝会典》篡改史实，重翻三大案，王之宷、杨涟等人都受到迫害，受刑惨死于狱中。天启四年(1624)，李氏当初被勒令移宫，没有封号，此时被封国康妃。崇祯初年，思宗朱由检诛杀魏忠贤阉党，毁《三朝会典》，又为三大案中受到迫害的王之宷、杨涟等人平反昭雪。
围绕着光宗的三大案，有许多环节在当时就没有深查清楚，因此使得案件疑云四起。三大案是当时政治斗争的一部分，反复起落，隐秘众多。因为如此，使我们可以清晰地看到明朝后期朝廷政治的腐败和混乱，它的灭亡也就成为必然。