经过三年的靖难之战，燕王朱棣攻占了南京，在位仅仅四年的建文帝朱允炆，被他的四叔用武力赶下台，而下台后的建文帝下落不明，从而成了我国历史上的千古疑案，后世对于建文帝的下落众说纷纭。经过总结主要有以下几种说法。
第一种说法，自焚说。
这种说法是最早被记入正史中的，根据永乐年间《太宗实录》和《明史稿》中的记载，建文帝继位以后，采用了朝中重臣的建议，定策削藩。燕王朱棣听闻以后，打看清君侧的旗号，起兵南下，发起“靖难之役“。短短三年时间里，燕王朱棣便攻破南京城，兵临金川门，建文帝试图求和但遭到燕王朱棣的拒绝，只好死守。但是这时候他的主帅李景隆却打开了金川门迎接朱棣大军进城，文武百官纷纷投降。建文帝见大势已去，只得下令焚烧宫殿，并带看马皇后跳入火中自焚，其他妃殡和侍从们也大都跳入火中而死。朱棣入宫以后，四处查找建文帝的下落。宫中的太监和宫女们都纷纷表示建文帝已经自焚而死，并且从火堆中找出一具烧焦的尸体来证明。朱棣见尸体已被烧得面目全非，分不清楚男女，并且惨不忍睹。朱棣继位以后，只得按照天子的礼仪安葬了建文帝。《明史.成祖本纪》和(明史.方孝孺传》等古籍中都纷纷支持这一说法。
但是，后世也有人对这一说法持怀疑态度。他们认为建文帝并未葬身火海。主要依据就是《明史》中的相关记载。根据《明史.恭阂帝本纪》中的记载，建文帝的死亡记载如下：“都城陷，宫中起火，帝不知所终，燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日王申葬之。“对于这段记载，后世人们不禁疑窦丛生。既然是“不知所终“，又是如何认定被烧得面目全非的尸体就是建文帝呢？而且既然已经发现了建文帝的尸首，为何又要说“不知所终”呢？如此自相矛盾的说法岂不让人怀疑吗？根据康熙年间补纂的《明史本纪》中的记载，明确说出了当时根本就没有找到建文帝的尸体。
第二种说法，削发为僧说。
朱棣攻破南京当日，建文帝无可奈何，便想一死了之，被身边的人救下，然后由亲信程济等22人带领从地道中逃跑了。那么，逃走之后的建文帝又去向什么地方了呢？后世流传着他被宫中的主录僧溥洽削发，然后假扮成和尚，藏匿在某个寺院中，也有人说他南逃到海外等各种传闻。建文帝出家为僧是众多说法中流传最为广泛的一种说法。根据古籍记载，建文帝在南京失陷以后出家当了和尚，并且在晚年的时候还回到过京城，去世以后被埋葬在北京西山。《明史.程济传》中就有此种说法的记载。根据《明朝小史》中的记述：朱元璋临终前，留给建文帝一个只有危难关头才可以打开的箱子。如今都城失陷，打开箱子一看，里面有三张度煤，就是做僧人的证明，于是立马削发为僧，换上僧衣，从御沟中逃出。从此，建文帝以僧人的身份四处流浪，直到朱棣死后才回归京城，死后葬在北京西山，没有加任何封号，只是号称“天下大师。记述这段故事的王鏊生于1450年，同“老僧”所出现的时间非常相近，之后又做了户部尚书、文渊阁大学士，所以他的说法基本可信。
朱棣对社会上广泛流传的建文帝尚在人世的消息颇为担优，毕竟朱棣是冒看“夺嫡”和“篡位”的罪名登基为帝的，建文帝尚在人世或者出逃在外对他来说都是一个非常大的威胁。为了安定人心，他不得不一边煞有介事地发布建文帝已死的诏书，另一边又根据传闻四处寻找建文帝的下落。后世关于朱棣寻找建文帝的故事非常多。
根据《明史.姚广孝传》中的记载，84岁高龄的姚广孝临终之时，朱棣曾经亲自到广寿寺看望他。姚广孝说：“和尚溥洽关押太久，希望能够放掉他。“溥洽是何许人？就是皇宫里的主录僧，也就是传闻中帮建文帝剃头换装，知道建文帝下落的人。这样一个和尚被关押了整整十六年，可见朱棣对建文帝的下落有多担优。
后世还有人推测，郑和下西洋的主要目的就是为了寻找建文帝的下落。根据《明史.郑和传》中的记载，朱棣怀疑建文帝逃到海外，想要找寻建文帝的下落，并且为了显示中国富强，去他国炫耀国力强盛。如此看来，“不知所终”才是建文帝结局的最真实的结论.不管怎样，建文帝下落之谜至今仍未揭开，虽然就目前来说，已经有了自焚说和削发为僧说两种说法，但是仍然不能确定哪种说法是正确的.建文帝下落之谜，仍然是后世学者们争相探究考证的一个疑团。