在镇压太平天国行动中，三支由官员自己组织的军队一直是军队的主力，他们就是曾国藩的湘军、左宗棠的楚军和李鸿章的淮军。但是在镇压了太平天国之后，李鸿章的淮军和左宗棠的楚军都还存在了一段时间。后来在部分淮军的老底子上，还成立了北洋军，北洋集团成为清末和民国初期一支巨大的力量。不过三支力量中最强的湘军反而退出了历史舞台，那么曾经不可一世的10多万湘军究竟去哪里呢？
一、在朝廷军队屡战屡败的情况下，地方军队开始拔得头筹
1851年，魔教头子洪秀全在广西地区发动了起义。当时清廷把主要注意力放在了沿海地区，对于西南边陲的广西并没有太在意。但是偏偏在清廷防御力量薄弱的广西发生了大起义，起初洪秀全本来想在广东发动起义。但是广东地区书香气息很重，洪秀全那点三脚猫的学问根本忽悠不住人，这才不得不改为广西地区。淳朴的人民被这个家伙欺骗了，他所做的一切完全是为了自己，所以的拜上帝教完全就是一个幌子。西南地区发生起义之后，清廷本来没有把他们当回事，大清国什么场面没见过。但是这帮人越打越勇，朝廷派去的军队根本无法彻底消灭这些太平军。在永安突围之后，太平军一路流窜到了湖北地区。
经过一番鏖战之后，湖北省会武昌陷落，随后太平军顺江东进，一路攻破安庆、芜湖，最终占领了南京。南京的失守对清廷的打击很大，南京是东南地区的经济政治中心，这里失守就意味着清廷对整个东南地区失去了控制。更要命的是此时的太平军已经成了气候，清廷军队一败再败，根本无力镇压。太平军甚至还派出了部队进行北伐，幸亏没有成功。由于八旗已经成了花架子、绿营也已经基本丧失战斗力，所以在对付太平军的过程中，清廷不得不依靠那些地方团练武装。就如同嘉庆时期利用团练白莲教大起义一样，曾国藩就是这个时候回到了老家组织军队。不过刚刚回家的曾国藩十分清高，在极度糜烂的官场处处碰壁，甚至连部队的粮食都成了问题。
二、三大地方军队最终消灭了纵横南北的太平天国
在处处碰壁的情况下，曾国藩逐步领悟到了个人道德和肮脏现实的差距，他开始体会到“外圆内方”的内涵。在此之后，曾国藩逐步真正融入了官场。在围堵太平军的过程中，曾国藩的湘军是最强的一支力量。这支力量严格的说属于私人军队，服从曾国藩的命令，但不用指望朝廷指挥它。虽然战争中，湘军也不止一次的失败，曾国藩也屡次陷入绝境，但他总能绝处逢生。太平天国内部的死磕帮了曾国藩的大忙，天京城内王杀王的场景一再上演，洪秀全自断羽翼。最终湘军开始在对抗中取得优势，与此同时，左宗棠的楚军和李鸿章的淮军也先后崛起，三大集团夹击太平军。不懂军事的洪秀全一再盲目指挥陈玉成和李秀成，最终造成了步步被动的局面。
1863年开始，李鸿章进军江苏、左宗棠负责入浙江，曾国藩的湘军则全力对付天京城里的洪秀全。1864年，在经过反复鏖战之后天京城破，湘军杀入了城内。此时洪秀全已死，他的儿子逃往城外。消息传回北京，年轻的慈禧太后和小叔子奕在高兴之余也开始警惕曾国藩。曾国藩这个人非常的小心，攻克天京时的12万湘军被裁撤了一半。其余的湘军留下一部分留守江南，其余基本上全部返回了湖南。随后时光的流逝，返回湖南的湘军逐步退出了历史舞台(张之洞的南洋军有一些湘军老人参加)，但江南地区的湘军却一直保留了下来。湘军集团一直把江南地区视为自己的私人领地，他们不允许别人染指这片地区，著名的刺马案就是在这样的背景下发生的。
三、在存在了40年之后，湘军彻底成为了历史
江南地区的湘军一直存在至20世纪初期，长达40年的时间。在此期间，无论是谁出任两江总督，都和湘军集团有着说不清的关系。它们属于相互利用的关系，不过湘军的发展远不如李鸿章的淮军。在19世纪末期，淮军成为了清朝的顶梁柱。只可惜甲午一战，李鸿章的家底几乎赔的干干净净。两江总督刘坤一一直保着湘军的剩余力量，他的原则是绝不出头。在庚子战争之后，清廷对南方各省的控制力明显下降，湘军还曾有过一定的发展。并且和张之洞的南洋势力遥相呼应，搞得清廷一时之间无可奈何。但是在20世纪初期，情况发生了变化。袁世凯为了使北洋一家独大，推出了军制改革。这正中摄政王载沣下怀，他立刻开始推行此政策。结果张之洞的力量大损，湘军余部则成为了被裁撤的对象完全成为了历史。