朱棣谋反，最终见到的是建文帝的一具烧焦了的尸体，那么废墟中的那具焦尸到底是否就是建文帝，建文帝到底死没死，没死的话他又逃到了哪里？朱棣非常怀疑，但也实在找不到建文帝。后世史学家和民间传说非常之多，也很离奇。
一种说法认为，建文帝并没有死，而是逃出南京，到了贵州的一个寺庙当了和尚。据说，在燕王朱棣围城之后，建文帝叫天天不灵，叫地地不应，为防被俘受辱，建文帝决定自尽殉国。这时，突然有一个太监跑了过来，他告诉建文帝，太祖皇帝临终前曾经交给他一个密匣，并叮嘱他如果皇上遇到危难，可以打开匣子。建文帝听后，急忙命这个老太监取来密匣，打开一看，里面装有三套袈裟，三张度牒，一把剃刀，三张度牒上分别写着应贤、应能、应文三个名字。应文指的是建文帝朱炆，应贤、应能分别是指建文帝的心腹近臣杨应能、叶希贤。匣中还有一封信，上面写道"应文从鬼门出，余从水关御沟而行，薄暮，会于神乐观之西房"。建文帝一看，便明白这是太祖皇帝早就预料到自己会有今天，传此密匣，告知自己剃发为僧从密道出逃保命。按照密匣的指示建文剃发做了和尚，从鬼门逃出宫去开始了浪迹天涯的游行四方的僧人生活。
建文帝化妆出逃之后，皇后马氏为了掩护他，命令太监放火烧城，然后自己跳入火海。自焚而死。第二天朱棣攻入皇宫之后，搜寻建文帝的下落，太监、宫女们迫于压力，便慌称建文帝以自焚而死，并指认皇后的尸体就是建文帝，此时火中找出的尸体已被烧的面目全非，难以辨清，就这样朱棣信以为真，没再追究。
有人甚至还找到了建文帝出家后的隐居之所，贵州安顺平坝县境内的高峰寺。据《平坝县志》记载：高峰山寺内斋堂地下有一个藏身洞，洞底有一块石碑上刻有"秀峰肇建文迹尘知空般若门。"的铭文，此外，寺中的另一块石碑上刻有开山祖师秀峰收留建文帝的经过。以此，后人推测此处就是建文帝出家之后的归宿之地。
建文帝归隐贵州高峰寺为一种说法，还有人认为，建文帝出逃之后没有去贵州，而是就近在在兰溪市东山上的一座古寺归隐，东山又名皇回山，是金华山脉的一支，寺院里的和尚世代口传建文帝在此削发隐跸的传说，并说寺院中还保留有建文帝的隐居之处和古碑遗迹。在寺院的大殿内，塑的是身穿袈裟的建文帝像，左右两旁分别为伴帝出家的杨应能、叶希贤两人，殿内的后壁绘有建文帝逊国出逃的路线。此外寺院内还保留有建文帝出家后所作的几首诗："百官不知何处去，惟有群鸟早晚朝"；"尘心消尽无孝子，不受人间物色侵"。诗中意蕴饱含仓皇出逃，归于世外的无奈和忧伤，为建文帝归隐于此，又添一证据。
另外，还有一种比较流行的说法，就是建文帝从南京城逃出之后，辗转来到泉州，流落到海外，后来明成祖继位之后，派郑和下西洋，就是为了寻找流落海外的建文帝。传说，建文从密道中逃出京城之后，见前往北方的道路大都被燕王的军队围阻，因此不得不化妆南下，辗转来到武昌罗汉寺。罗汉寺的住持达玄和尚，看过建文帝的度牒后，赶紧将建文引入寺中躲藏。过了一段时间后，建文帝等人见此处易于被燕王的爪牙发现，他们又在达玄和尚的指引之下做船前往泉州开元寺，然后辗转逃到海外。据《泉州开元寺志》记载，当时泉州开元寺的住持念海和尚正是罗汉寺住持达玄和尚的弟子。建文帝来到泉州开元寺之后，便隐匿寺中，派人寻找出逃海外的机会。终于有一天，他们坐上了一个阿拉伯商人的货船，随行来到印度尼西亚的苏门达腊岛，开始在此隐居，据说，当地的华人，至今仍在每年农历五月十六建文帝登基那天，举行隆重的拜"皇爷"之礼。
关于建文帝的生死和下落自古至今一直众说纷纭，争论不休，对于此，每一种说法都只能说是一家之言，因为没有哪一种说法说自己有十分确凿的证据，说历史事实就是这样。也许建文帝的生死与下落真的如其它历史之谜一样，是一个永远解不开的谜。