明朝嘉靖年间重录《永乐大典》后，有关大典的记载就很少见了，特别是永乐正本的下落更是人云亦云、变得扑朔迷离。有人认为大典正本毁于战乱或火灾，早已荡然无存。有人却认定大典应该是被殉葬了，还有重现于世的希望，要不然怎么会突然间杳无音讯的呢？以历史记载详实而著称的中国，怎么会连这样大的一部重要典籍的下落都没有记载呢？实在匪夷所思！正本究竟遭受了何等命运？如何亡佚的？至今还是历史上的一大悬案。
毁于明末说
根据史书记载，永乐年间曾经考虑过将新编就的《永乐大典》付梓，但因工费浩繁而罢。嘉靖副本重录30年后，又有南京国子祭酒陆可教曾上书建议刊刻大典，因为同样的原因未被采纳。更有太史令李维桢批评《大典》“冗滥可厌，殊不足观”，说明在明朝万历年间，《永乐大典》仍然存世。可到了明末，学者谈迁和顾炎武却认为大典在万历末年间就毁于大火了。熟悉明末宫闱旧事的宦官刘若愚写的《酌中志》也说：“旧《永乐大典》二部，今又见贮于何处也？”真是一点线索也没有。所以《四库全书总目》就下了个结论，说“明祚既倾，南京原本和皇史宬副本并毁”，还说嘉靖录副时，实际上是抄了正、副二本，录副后，永乐原本归还南京去了，一并毁于明末战乱。这些说法看来并没有明确的历史依据。
毁于嘉庆乾清宫大火说
清朝康熙年间，学者徐乾学和高士奇等人在皇史宬中发现了《永乐大典》副本，已有残缺。雍正间，这部副本被运到翰林院保存了起来。学者全祖望猜测永乐正本应该还在乾清宫中，希望能用正本来配补遗失的副本。清末的缪荃孙也执相同看法，并且明确说，正本是在嘉庆年间乾清宫大火中被焚毁了。可是乾隆间编纂《天禄琳琅书目》时并没有记载正本的存在。而且乾隆皇帝在编纂《四库全书》时，还寻找过丢失的副本，负责辑佚《永乐大典》的馆臣们也没有见过正本。所以正本毁于乾清宫大火的说法应该是靠不住的。
殉葬说
20世纪60年代，位于北京十三陵的明神宗(万历皇帝)的陵墓定陵的大门被缓缓打开。定陵的挖掘是当时考古界和史学界的一件大事，报刊一时纷纷报道。但定陵的挖掘还有着一层不为人所知的背景，就是以郭沫若为首的一些史学家论证《永乐大典》的正本被殉葬在定陵中，结果当然让人有些失望。可是《永乐大典》殉葬说却被很多学者所采纳，他们从最喜爱《永乐大典》的明世宗的下葬时间和《永乐大典》录副的进度来比较，以及从《永乐大典》正本突然失踪的情况来判断，猜测《永乐大典》的正本极有可能是殉葬在明世宗的陵墓──永陵中去了。殉葬说并不意味着我们尚可以找到完整无损的《永乐大典》正本，可是这部资料价值极高而又历经磨难的类书的命运又一次牵动了人们的神经，而被广泛地关注和报道。《永乐大典》的命运已经成为人们心中永远解不开的结。