第一个妈妈：皇后马秀英
称朱棣的母亲为马皇后，最为广泛。
在清人朱好阳编纂的《历代陵寝备考》中有记载，“后生懿文太子、泰王樉、晋王桐、成祖、周王”。这里说得十分清楚了，朱棣为朱元璋与马皇后所生的第四个儿子。
这一说法，来源于明朝当时的史书，如《太祖实录》、《太宗实录》、《靖难事迹》、《玉牒》等。《靖难事迹》中有相同的文字：“高皇后生五子，长懿文皇太子，次秦愍王挟，次晋恭王桐，次上，次周定王。”朱棣更是亲口说过，他的母亲是皇后马秀英，“每自称曰：‘朕高皇后第四子也’”。
但也有秘史称，马皇后根本就没有生育能力，一世无子，正史上记载的包括太子朱标、燕王四子朱棣在内，几个儿子都是别人所生。马皇后采用了过去皇家最惯常的手法，把别的妃子所生育的孩子据为己出，是一出明版“狸猫换太子”。
这种说法，为朱棣的生母之谜平添了一份神秘。
第二个妈妈：朝鲜女子李氏
称李氏为朱棣生母不少人很相信，认为证据很充分。
《南京太常寺志》有这样的文字：“孝陵祀太祖高皇帝、高皇后马氏。左一位淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王、晋恭王;左二位皇妃，生楚王、鲁王、代王、郢王、齐王、蜀王、谷王、唐王、伊王、潭王;左三位皇贵妃，生湘献王、肃王、韩王、沈王;左四位皇贵人，生辽王;左五位皇人，生宁王、安王;右一位碽妃，生成祖文皇帝。”
太常寺为皇家机构，《南京太常寺志》自然算是皇家文字，其记载应该有很高的真实性和可信度。
明人沈玄华在《敬礼南都奉先殿纪事十四韵》中有：“高后配在天，御幄神所栖。众妃位东序，一妃独在西。成祖重所生，嫔德莫敢齐。”因此，包括当代著名历史学家吴晗先生在内，都深信朱棣的生母为“碽妃”李氏。
碽妃，为高丽(现在的朝鲜)选送给朱元璋的女子。此说法见民国学者陈作霖《养和轩随笔》：“予幼时游城南大报恩寺，见正门内，大殿封闭不开。问诸父老，云：‘此成祖生母碽妃殿也。妃本高丽人，生燕王，高后(马皇后)养为己子。遂赐(碽妃)死，有铁裙之刑，故永乐间建寺塔以报母恩。’与史志所载皆不合，疑为谰言。后阅朱竹坨跋《南京太常寺志》，云：‘长陵系碽妃所生’。复见谈迁《枣林杂俎》，述：‘孝慈高皇后无子，即懿文太子(朱标)及秦、晋二王，亦李淑妃产也。乃仅齐东之语，不尽无稽也。’”
朱元璋处死李氏，是因为朱棣。当时李氏尚未到预产期，朱棣便急急出生了，是个早产儿。朱元璋遂怀疑李氏与人私通，给自己戴了绿帽子，龙颜大怒，赐碽妃“铁裙”之刑。这样，碽妃活活给折磨死了。
朱棣知道自己的生身之事，在皇袍加身后，于永乐十年，即公元1412年在南京重建大报恩寺塔，以报答生母碽妃。但这些记载都是后人所写，真实性无人能保证。
与马皇后“狸猫换太子”手法如出一辙，朱棣也来了一个障眼法，建塔的名义“以报答朱元璋和马皇后的养育之恩”。在当时，大报恩寺塔常年大门紧闭的，属“禁地”，以保守这个惊天秘密。有人悄悄进去过，发现里面供奉的真是碽妃像。
但事实上朝鲜向中国称臣送贡女是在1365年，而史学上明确记载，朱棣生于1360年，其时朱棣已5岁了，难道朱棣是她从朝鲜带来了的？显然是不可能的，根据这种推测，朱棣生母是李氏的说法也不靠谱。
第三个妈妈：元顺帝妃洪吉喇氏
这个说法，可上溯到朱元璋没有称帝前。
在至正年间，朱元璋跟随郭子兴起兵反元，郭子兴病死后，朱元璋取而代之，南征北伐，先占领集庆(现在的南京)，后又攻下大都(现在北京)。元顺帝看看大势已去，遂弃大都，退守蒙古。朱元璋入城后亲临元顺帝后宫，看到落难人群里有一位美女，姿容娇美、眉目含情，顿时引起朱元璋的注意，遂收她为妃子。
这个女子即元顺帝的第三位妃子格勒德哈屯，她是元顺帝洪吉喇托太师的女儿。
故事到此复杂了：早在朱元璋攻占北京之前，洪吉喇氏已怀孕七个月，元顺帝出逃时，不方便带上，让朱元璋白白地捡了一个女人和一个儿子。两个月后，洪吉喇氏生下一个男小子，此即朱棣。
据说，当时朱元璋心中知道此子非己子，并不想认这个儿子，但看到朱棣相貌不凡，朱元璋就喜欢上了。况且，说自己的后宫女人生了其他男人的孩子，传出去可是一桩天大的皇家丑闻，朱元璋也不得不认下这个儿子。
民间对这种说法传得神乎其神的，而朱棣与其他几个兄弟相貌长得确实不一样，一点也不像麻脸朱元璋(朱元璋相貌疑云，见上篇)，这也加大了这种猜疑，民间据此称朱棣是蒙古人。但史上记载，大都失守是至正二十八年，即公元1368年，而朱棣生于至正二十年，即1360年，时间相差七八年呢。因此，这种说法也最不靠谱，朱棣生前也从未承认过。
之所以出现这种情况，是民间在骂朱元璋和朱棣。前者杀人如麻，不仁;后者则是非法当上皇帝的，用今天的话来说，是通过军事政变上台的，不孝。
第四个妈妈：蒙古女子翁氏
与洪吉喇氏一样，翁氏也是蒙古女子，也是元顺帝的妃子。但民间之所以还有翁氏一说，可能是“洪”、“翁”译音上的相似而以讹传讹。这里就先姑且算翁氏是第四个妈妈吧。
刘献廷所著《广阳杂记》称：“明成祖，非马后子也。其母翁氏，蒙古人。以其为元顺帝之妃，故隐其事。宫中别有庙，藏神主，世世祀之，不关宗伯，有司礼太监为彭恭庵言之。余少，每闻燕之故老为此说，今始信焉。”
用大白话来说，就是朱棣不是马皇后生的儿子，他的母亲是蒙古人翁氏，因为曾是元顺帝的妃子，所以史书上不方便提这事。但朱棣没有忘记这位蒙古生母，而是在宫中另外建庙，供奉她的牌位，让世世代代纪念她。
刘献廷为清朝人，他的文字，就如笔者现在这文字一样，仅是自己的观点。况且，他的依据是来源于北京一带的坊间传言(“每闻燕之故老为此说”)，而且是小时候听说的，你说这靠谱么？
另有一说，出自民国学者王謇的《孤庐杂缀》。书中记载：“往余幼从吴梦辄师恩同游，师告余曰：‘克金陵时，官军得明成祖御碣于报恩寺塔座下，其文略谓：成祖生母为翁吉剌氏，翁故为元顺帝宫人。生成祖，距入明宫仅六月耳。明制：宫人入宫，七月内生子者，需受极刑。马后仁慈，遂诏翁以成祖为马后所生。实则成祖生日，距懿文太子之生，仅十月稍强也。翁自是遂抑郁而殁，易篑前，以己之画像一帧，授成祖乳母，且告以详，命于成祖成年就国后告之。成祖封燕王，乳母如命相告。于是，成祖始知己之来历，乃投袂奋起，而靖难之变作矣！’”
王謇所记也是“听来的”，老师是听曾国藩的幕僚冯桂芬说的。这么“据说”显然不足为凭。
朱棣的生母到底是谁？现在的情况来看，马皇后和碽妃李氏最有可能。
那比较一下马、李二人，朱棣还应该是马皇后所生，因为碽妃的情况与洪吉喇氏、翁氏一样，在时间上有破绽，生育时间与朱棣的年龄对不上号的。
但有人提出反对，说是在朱棣没有夺位之前，他是妃生的没有人提出异议。但在他通过政变取得皇位后，情况变了。篡位本来就是一件大逆不道之事，如果自己是妃生子，那就等于承认是庶出，而不是马皇后生嫡出。
在有嫡子的情况下，庶子是没有资格承继大位的，即皇位实行嫡长子继承制。所以，朱棣为掩人耳目，把自己标为嫡出，以证明自己的资格是可以当皇帝的，就授意史官，有意将事情搞混，以掩人耳目。
在民国时期即有多名学者考证过，明史中有不少文字都改动过，与史实不符。特别是，称朱棣为马皇后所生的官方记载，都被做过手脚了。本来应该是最权威的《明史》等典籍，是清人万斯同编纂，他也给明史“抹黑”，好多东西都被改得面目全非，以讨好清廷，但这给后代史学研究带来了极大的困难，留下许多历史悬念。
目前史学家认定朱棣为庶出的唯一“官方文件”，也是最权威记录，来源于明代《南京太常寺志》。但据考证，这书也被人做过手脚了，据说“枪手”是康熙三十九年(1700年)的进士、清朝保和殿大学士张廷玉。
孝陵内碽妃的牌位为什么“独向西”，有两种说法，一是朱棣和朱允炆这对叔侄在争夺皇位的“靖难之役”中弄乱的，二是朱彝尊《静志居诗话》所说：明南都太庙，嘉靖中为雷火所焚，嘉靖年间，孝陵前的供殿让雷击中，发生火灾，在神位重新摆放，有可能弄错了。