朱元璋给南京留下了丰富的文化遗产，除了孝陵，世界现存最长的城墙——南京明城墙，也是朱元璋的杰作。明代内城有门十三座，外郭有门18座，此即所谓“内十三，外十八”。
传说，朱元璋下葬时，也搞了一个“迷魂阵”，当天，十三城门同时出棺。这个说法已传述了六百年，是南京民间最经典的段子之一。南京过去有个民谣：“南京有三怪，龙潭的姑娘像老太，萝卜当作小菜卖，十三个城门抬棺材。”竟然把朱元葬当年下葬的传说，当成了南京代表性的一件事。
可能有人觉得是无稽之谈，其实并非空穴来风，史料上有记载，如明人朱国桢的《皇明大政记》上便有这样的文字，朱元璋下葬那天，“而发引，各门下葬”。
各门下葬，是一种障眼法，实行秘葬的步骤之一，属反盗墓的典型特征。
在中国盗墓史上，如此这般生前留下遗嘱，要求将自己“偷偷处理”的古代君王，非朱元璋一人。最早实施秘葬的是南越王赵佗，赵佗死后有“秘异神密之墓”，下葬时多城门出棺。其墓在哪，至今没有被发现，孙权当年枉费了心机。
最著名的秘葬传说，发生在曹操死后。传说在下葬那天，邺城的各个城门都有棺材抬出。曹操到底葬于何处，目前也没有弄清楚，最后落下了“七十二疑冢”之谜。十六国时期的君王也喜欢“秘葬”，如后赵始主石勒，半夜从各个城门出殡，就着黑夜将棺材抬向深山中。
看到这里，或许有读者会问，朱元璋不是与皇后马秀英合葬于孝陵内么？实行秘葬还有什么意思？问对了。
有传说，朱元璋就是要造成自己死后未入葬在孝陵内的效果，绝盗墓贼的念想。在十三城门同时出棺前，朱允炆已将朱元璋的大棺材，从皇宫的秘密通道，直接抬进了孝陵内。
但是，更有人相信，朱元璋下葬时，真身棺材根本就未抬进孝陵内，特别是明成祖朱棣迁都北京后，此说一度传得很神。
朱元璋下葬后不久即传出，其真身未与马皇后合葬，而是独葬城西的朝天宫。此即过去所谓，“高皇帝龙蜕，在宫不在陵”一说。
朝天宫在城西水西门内，前有三清殿，后有大通明殿，如今是南京博物馆所在地。此处原为吴王夫差所筑的冶城，五代时吴王杨溥在此建紫极宫。宋元时先后易名祥符宫、天庆观、玄妙观、永寿宫等。明洪武十七年(公元1384年)，朱元璋重建此宫，并易今名。建成后，便让百官“朝贺习仪于此”。
传说，前面的三清殿下，“为明祖真葬处”。
此后不少人相信此说。清代浙东学派代表人物全祖望在《从朝天宫谒孝陵》一诗称，“钟阜衣冠是与非，朝天弓剑更传疑。难寻玉匣珠襦地，但见神功圣德碑。开国谅无惭汉祖，嗣孙底是学曹丕。当年可笑山陵使，乱命何人为弼违。”
从全祖望的诗中可知，明清时期对朱元璋的葬于孝陵的正统说法，人们是持怀疑心态的。