洪武二十六年(1393年)二月，锦衣卫指挥蒋揭发蓝玉谋反。经审讯，说是蓝玉串通景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、东伯何荣、吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等谋划在朱元璋出宫耕种田时起事。朱元璋当然不能容忍谋反之事，于是，蓝玉被族诛，凡连坐的都称为“蓝党”，一律处死。朱元璋亲手写诏布告天下，并将蓝玉谋反的事实编为《逆臣录》。朱元璋在诏书中说：“蓝贼为乱，谋泄，族诛者万五千人。自今胡党、蓝党概赦不问。”杀了一万五千多人以后，朱元璋似乎还觉得自己已经很宽容了。然而，仅列入《逆臣录》的高官就有一公、十三侯、二伯。经这一次杀戮之后，明初的功勋宿将差不多都被杀完了，各军府卫所被株连诛杀的军官达几万人。这时候，朱元璋还说什么“自今胡党、蓝党概赦不问”，很明显这完全是一句骗人的话，因为此时已经无人可追问了。
如此众多手握重兵的高级将领，为什么会毫无反抗地束手就擒呢？显然，他们没有任何要同朝廷作对的准备，也就是说，他们并没有反谋。与之相反，朱元璋却早为这次杀戮做了精心准备。虽然朱元璋对权臣的防范由来已久，但蓝玉案爆发还是有一个重要的导火线。蓝玉案爆发前一年，洪武二十五年(1392年)，朝中发生了一件大事：四月二十五日，年仅三十九岁的太子朱标死了。皇位继承人的死，对朱元璋的打击太大。他在皇宫东角门召见群臣时说：“朕老矣，太子不幸，遂至于死，命也！”不禁大哭，这时他已经六十五岁了。按嫡长子继承制，皇位只能由皇太子的长子接任，而朱标的长子早已夭折，这时排行老大的允才十五岁。朱元璋诛杀权臣，本来想要为子孙铲除后患，当年，朱元璋曾对朱标明确表示，铲除权臣如同除掉荆杖上的棘刺，是为了便于掌握，但是他没想到太子朱标会死在自己的前面。
有一则记载说，当初马皇后去世以后，朱元璋一直处于郁郁不乐的状态，戮杀大臣的行为也更加恣意。有一次，太子朱标进谏说：“陛下您杀大臣杀得太多，恐怕会伤了君臣间的和气。”朱元璋听了以后不说话，沉默很久。第二天，朱元璋把太子叫来，将一根荆棘扔在地上，命令太子去捡起来，面对长满刺的棘杖，太子觉得很为难。朱元璋说：“这根荆棘你拿不起来，我替你将刺磨干净了，难道不好吗？现在我所杀的人，都是将来可能威胁到你做皇帝的人，我把他们除了，是在为你造莫大的福啊！”太子跪下来给朱元璋磕头，但心里不同意朱元璋的观点，低头说：“上有尧舜之君，下有尧舜之民。”他这是什么意思呢？他这是表明，父亲您似乎不是尧舜那样的明君，否则哪来那么多乱臣贼子？你想，朱元璋听了这话能不生气吗，老皇帝气得搬起坐的椅子就扔了过去，要砸太子，太子吓得赶忙逃走。
朱元璋把一切都设计得很美妙，但是惟一没设计到或者说他控制不了的因素就是，朱标早逝，死在了他的前面——朱元璋把荆棘上的刺磨得再干净，一旦后继乏人，操杖之人不在了，那该怎么办？朱标生性敦厚仁柔，他死后，他的儿子，也就是朱元璋的皇孙朱允则更为孱弱，更令人不放心。朱元璋在位，尚且感到如狼似虎的悍将难于驾驭，一个十五岁的孩子，没有任何政治经验，将来怎么能保证坐稳皇位？虽然老将都已经被杀光了，但新起的蓝玉等人能征善战，强悍桀骜，不能不令人担心。因此，为了孙子朱允，为了防备不测，对蓝玉这样的强臣，反也得杀，不反也得杀。蓝玉等人的引颈就戮，恰恰说明是朱元璋采取了先发制人的行动。
朱元璋不仅先发制人，说话还不算数。洪武二十五年(1392年)八月二十二日，他推翻了不再追究胡党的承诺，再次借胡惟庸案诛杀了靖宁侯叶升。叶升是蓝玉的姻亲，杀叶升就是揭开了蓝玉案的序幕。这时，蓝玉尚远在征讨西番的前线，死心塌地为朱元璋征战的他对即将临头的大祸毫无觉察。如果他稍有异心，在姻亲叶升被杀后也不会老老实实地回来。所以，明末清初的史家谈迁说：“蓝凉公非反也。虎将粗暴，不善为容，彼犹沾沾一太师，何有他望！……富贵骄溢，动结疑网，积疑不解，衅成钟室。”他这话的意思是，蓝玉不过是一个脾气粗暴的将领，骄傲跋扈，不善于讨好人，引起了朱元璋的怀疑，终于招致杀身之祸。
蓝玉死后，洪武二十七年(1394年)十一月，朱元璋又找借口杀了宋国公冯胜，二十八年(1395年)二月，又杀了颖国公傅友德。这样，终洪武一朝，在明初开国功臣中，身为公侯而得以幸存的人仅有长兴侯耿炳文、武定侯郭英二人。胡蓝之狱让我们看到，一个社会最底层的赤贫农民、一个游方僧，一旦登上皇帝的宝座，要实现绝对集权，并欲使之传之久远，表现出了怎样的残忍，而他的残忍又让多少人断送性命、付出鲜血！古人评论当年汉高祖刘邦诛杀功臣时说，“飞鸟尽，良弓藏，狡兔死，走狗烹。”我们看，朱元璋屠戮功臣的行为较汉高祖刘邦实在是远远过之矣。
清代史学家赵翼在《廿二史札记》中这样评价“胡蓝之狱”：汉高谋杀功臣固属残忍，然其所必去者，亦止韩、彭，至栾布，则因其反而诛之。卢绾、韩王信，亦以谋反有端而后征讨。其余萧、曹、绎、灌等，方且倚为心膂，欲以托孤、寄命，未尝概加猜忌也。(朱元璋)藉诸功臣以取天下，及天下既定，即尽举取天下之人而尽杀之。其残忍实千古未有！他又拿历史上的其他例子做了比较——汉光武帝、唐太宗定天下时，他们自己还很年轻，正处壮年，等到他们老的时候，诸功臣也都老的老，死的死了。宋太祖做皇帝的时候年纪虽然不小了，但是他有个能干的弟弟，他这个弟弟就是后来的宋太宗，有这个弟弟驾驭诸臣，这些功臣因此都得以保全。至于明太祖，他起事虽早，但是到天下大定时则年已六十有余了。懿文太子朱标仁柔，等他死后，其子朱允就更孱弱，朱元璋于是不得不为身后之事而做准备了。因此，他两兴大狱，将诸功臣一网打尽，由此可推见其心迹。
胡惟庸之死在洪武十三年(1380年)，案发之时，同诛者不过陈宁、涂节数人。而到朱元璋兴胡党之狱时，则在洪武二十三年(1390年)，这时候距惟庸死已十余年。后世史家每每论及此处，就会反讽：岂有首逆已死，同谋之人十余年始败露者？这只不过是朱元璋以胡惟庸案借题发挥，阴使狱词牵连到所有的人，以实现他的草禽之计，赵翼的评价是很有见地的。
朱元璋加强中央集权是为了强化专制皇权，维持朱家皇朝的长治久安。但在当时，明朝刚刚建立，中央集权的加强可以说保证了统一战争的完成，有利于抵御外敌，有利于保证经济的恢复和发展。但是，朱元璋的极端专制和野蛮杀戮，将民主精神扼杀净尽，给后世留下了恶劣的先例，导致中国再次陷入长期专制统治的深渊，影响了中国历史的发展。