在古代，“邪教”是朝廷对民间秘密宗教的称呼，是政治“打假”，没有令人信服的评判标准。朱元璋在登位伊始，就采纳谋士李善长的建议，迫不及待的宣布摩尼教、白莲教为“邪教”组织，先是严加监控，而后施以铁腕。《大明律》明文规定“为首者绞，从者各杖一百，流三千里。”其杀伐之速之狠，既让我们看到了这位草根皇帝对“邪恶势力”必欲除之而后快的决心，也让我们隐约感觉到了他对民间宗教组织的几分畏惧。
前事不忘，后事之师。历代帝王对宗教的忌惮，完全是以古为鉴，不是没有原因的。史载公元184年(东汉灵帝中平元年)，张角、张修二人，各以宗教名义，发展会众。数年之间，便带甲百万，铁骑千群，一则独霸东方，一则统摄汉中，与大汉王朝分庭抗礼。(据《三国志·张鲁传》注引《典略》概述张角、张修的学说时说：“熹平中，妖贼大起，三辅有雒曜。光和中，东方有张角，汉中有张修。角为太平道，修为五斗米道。)
由此可见，“宗教”实在可以作为一个政权的前身和胚胎！自古及今，天无二日，国无二主。专制君王又怎么可能容忍一个潜在的、隐形的、将来有可能把自己端掉的组织存在呢？！何况朱元璋本人，即是明教(摩尼教中土支教)中薄有威名的小头目，深知宗教笼络人心之手法的厉害，出于政治目的，他必须过河拆桥，不能养虎遗患。
“明教”有这些特征吗？我们可以来看看《明教教义》：“修行乃四法，启智，体情，炼体，徒行。缺一不足名，缺二无以立，缺三终浑噩，无四亦无始。启智通日，以理为事，以常为道。习以日月伦常，天道循环。晓以万物之规，世间之律。以数入道，以理推之。寻未知之事，探不明之理，终以创世;体情通月，以心处世，以情动人。会三情通六窍，体疾苦凉黑白，不以贫贱叹不平，不以困苦而自弃。守明月，待圆缺，终不以物喜，不以己悲。”不以物喜、不以己悲，正是我国古代先贤圣达所追求的至高境界，邪在哪里？！朱元璋身在教中，早已知道明教以自我修行为主，拜祭上苍为辅，意在为教众建立积极的信仰。并欲以此为基，建立明历之后的新秩序。
反倒是朱元璋建立的大明政权，颇有“邪教”的特征，自太祖、成祖之后，大都昏庸无道，荒淫好色，不理政事。更兼设东西二厂，纵容宦官秉政，对朝野之间进行无孔不入的行为控制、情绪控制。时值明末，更有东林党糟改儒学，垄断传统文化的解释权，推崇“两末之议”，对士族阶级、莘莘学子进行思维控制、资讯控制。