在轩辕庙的碑亭里保存着一篇明太祖朱元璋祭奠黄帝陵的“御制祝文”，全文如下：“朕生后世，为民于草野之间;当有元失驭，天下纷纭，乃乘群雄大乱之秋，集众用武。荷皇天后土眷佑，遂平暴乱，以有天下，主宰庶民，今已四年矣。君生上古，继天立极，作涿裰鳎，神功圣德，垂法至今。朕兴百神之祀，考君陵墓於此，然相去年岁极远;观经典所载，虽切慕於心，奈禀生之愚，时有古今，民俗亦异。仰惟圣神，万世所法，特遣官奠祀修陵，圣灵不昧，其鉴纳焉！尚飨！”这篇祭文写得非常诚恳，在今天读起来，仍很感人。那么，为什么朱元璋当年要写这样一篇祭文呢？他祭奠黄帝陵的用意何在？
朱元璋自幼非常贫苦，父母兄长都是被饿死的。孤苦无依的他为了活命只好到皇觉寺当了僧人，在庙里充任杂役。后来因为大饥荒，寺主封仓遣散众僧，朱元璋出了寺院只得以乞讨为生。他25岁时参加了郭子兴领导的红巾军反抗蒙元暴政，由于在军事和政治上所表现出来的杰出才干，他在郭子兴死后成为这支队伍的领袖。公元1356年，朱元璋军队攻占了集庆，改名应天府(今江苏南京)，并在那里建立政权。他采纳了儒士朱升“高筑墙，广积粮，缓称王”的建议，发展农业生产，扩充军队，经过几年战斗，控制了长江中下游地区。1368年，朱元璋在应天称帝建立明朝，成为明朝历史上第一个皇帝——明太祖，年号洪武。
由于出身贫寒，没有多少文化知识，朱元璋对于历代帝王无不祭祀黄帝有所不知，但是作为一个具有雄才大略的皇帝，朱元璋对于祭祀黄帝的意义却是非常清楚的。因此朱元璋登基四年后，当他听到身边谋臣谈论起历代帝王祭祖先一事时，便提出要祭拜始祖——轩辕黄帝。这引起了朝廷内一些人背地里的悄悄议论：“朱重八(朱元璋小名)还懂得轩辕黄帝！”议论是议论，却没有一个人敢公开讲。
明太祖洪武四年(公元1371年)，朱元璋遣派中书管勾甘，前往陕西中部祭黄帝陵。大臣们事先替他拟写了一份“御制祝文”(即祭文)，朱元璋看后很不满意。他觉得称帝四年才想起祭扫黄帝祖先，是一件非常没有面子的事情，深恐后人因此耻笑他无知，所以，要求“御制祝文”一定要写清他的功绩，并把他称帝四年没有祭黄帝陵的主要原因说清楚。在按照他的意思改写的祭文中，他非常诚恳地说：作为一个起于草莽，却主宰天下的幸运儿，自己对于祖先的功德一直是感恩铭记，十分仰慕的，但是由于年深日久，一时找不到黄帝陵的地址，后来通过考据经典著作才发现了轩辕黄帝的陵地。耽误了四年，没有能够及时祭奠，但他心里却一直惦记着先祖。希望先祖能够接受自己的一片挚诚之心。
当然，朱元璋这样做最主要的一个原因是他要通过祭祀黄帝表现他的“正统”身份，但这件事也同样证明了黄帝在中华民族大家庭中的崇高地位。在明太祖之前和之后，历代帝王都非常重视祭祀黄帝陵。到今天，这项活动的规模更是大大超过从前。祭祀黄帝陵，其实是传承中华文化的一个重要仪式。现在，这个庄严的活动已经不仅仅属于帝王所有，散布在地球各个角落的华夏子孙都越来越多地参与进来。大家用这种方式追溯着中华民族的血脉源流，增强民族的凝聚力，让中华大地在人文初祖的光辉照耀下走向更加光明的未来。