关于朱元璋的死亡时间，有各种说法，一是洪武31年(1398年)闰五月初九，一说是闰五月初五，一说是闰五月十七日等。为什么会有这么多种说法，表面的原因是史书上记载多模糊。按说这是很清楚的事情，为什么史书上要写得模糊？这与朱允炆给朱元璋选择下葬时间不当，“嫌其太速，事理有不尽然者”，为掩人耳目，故意混淆是非。确实，如果根据《明皇大政记》等史书的记载，堂堂一位开国之君，死后几天即下葬了，这正常么？所以，朱棣在听说侄儿把他老子匆匆埋了后，十分恼火。这为以后篡位找到了第一理由。
现在史学界大多认为，朱允炆确实是速葬了朱元璋。那朱允炆为什么敢冒天下之大不韪？有史书上称，这是朱元璋自己选择的时间，“故即位而葬，同日并举，皆高皇遗命，正以速葬消诸。”而秘史更称，朱允炆实际上在即位的前一天，即闰五月十五日把朱元璋给下葬了。这里说明朱元璋担心自己死后出乱子，留下遗言要朱允炆从速办自己丧事的。
那决定下葬又发生了什么？这同样是一个谜团。在南京民间，连小孩子都知道这样的传说，朱元璋下葬那天出现了“迷魂阵”，就是南京的十三个城门同时出殡。此说法史书有记载，为什么要这样？
原来，在葬后不久即传出，朱元璋不是葬在明孝陵，而独葬朝天宫(就是今天南京王府大街向南千米的朝天宫，具体地点是“世传三清殿下为明祖真葬处”。)
朝天宫，宋代时为天庆观、永寿宫。朱元璋定都南京后，改为朝天宫，那时”百僚朝贺习仪于此”。葬在朝天宫这种说法，倒是给朱允炆速葬朱元璋、大摆迷魂阵、十三个城门同时出殡找到了合理的解释和可能性，但后世好多学者都不信。清代文人甘熙就不认可，其所著的额《白下琐言》称，朱元璋花了几百万两的银子，造了十几年，总不应该为马皇后一个人造的吧。而且，朱允炆是很讲孝道的一个仁义皇帝，也不忍心把朱元璋葬在陵外的地方啊。后来又传出，朱元璋不是葬在明孝陵，也非朝天宫，离开了南京城，选葬在北京的万岁山。后经考证，这是以讹传讹，不可信。甘熙即说，“万岁山在燕京，其时方以会葬不从，兴师靖难，焉有奉移梓宫不远数千里而往之事？”笔者也这样认为，如果真是这样，朱棣造反第一理由又从哪来？
朱元璋到底是否真的葬在明孝陵内，现在并没有学者能说“一定”二字。孝陵博物馆工作的中山陵园管理局文物处副处长廖锦汉先生称，在明孝陵“申遗”之前，中山陵园管理局曾专门请南京大学等相关的技术、史学专家，经数年科学探测、考古，证明明孝陵地宫未曾被盗，完好无损。后来相关专家表示，1998年开始，江苏省地震局工程研究院的专家在宝城内，采用无损磁测法，已经明确发现在宝顶地下深处有一个面积达数千平方米的建筑空间，而且还找到了进入这个空间长达百米的通道(墓道)走向和入口，无疑宝顶下存在的这个巨大建筑空间可能是明孝陵的地宫，而地宫的入口就在明楼东侧十几米处呈下沉错位、有裂口的宝城城墙下面。但这并不能证明朱元璋的尸骨就在地宫中，真相恐怕只有等到挖开明孝陵的那一天才能最终揭开！
朱元璋“七十二疑冢”之谜：朱元璋墓穴在哪里？
在风水学上，阴宅风水也和阳宅风水一样，不但直接关系到死者本人入土后的安适不安适，还会影响到子孙后代的吉凶和荣枯。朱元璋一直认为，他的发迹在一定程度上要感谢祖父对墓地的选择，而当他考虑自己的身后事时，自然不会忽略这一点。
朱元璋陵墓的地址是他自己选择的。紫金山南麓的独龙阜是一处不可多得的风水宝地，北依钟山主峰，阜高150米，泉壑幽深，紫气蒸腾，云雾山色，朝夕多变，自古就有“此地多奇岭，千云非一状”的美誉。而且林木苍苍，浓荫蔽日，溪涧蜿蜒，流水潺潺，古代许多著名的寺观和重要的墓穴多建于此。
陵园的修建从洪武十四年(1381年)动工，于洪武十六年完成了陵墓的享殿等主体工程，先后调用军工10万，至永乐三年(1405年)才完全建成，历时25年。洪武十五年八月，先入葬了皇后马氏，因皇后谥号“孝慈”，所以将陵墓定名为“孝陵”，也有“以孝治天下”之意。洪武二十五年(1392年)，又葬皇太子朱标于孝陵之东，称东陵。洪武三十一年(1398年)闰五月初十日，朱元璋崩于西宫，与马皇后合葬此陵，殉葬的嫔妃46人。
当时的孝陵围墙内，享殿巍峨，楼阁壮丽。陵内植松10万株，养鹿千头，每只鹿颈间都挂有“盗宰者抵死”的银牌，号称“长生鹿”。为保卫孝陵，专设神宫监，外设孝陵卫，有军士5600人。若有樵夫误入山陵，即被“正法”斩首。清康熙、乾隆帝南巡时，都曾亲往谒陵，还特设守陵监2员，40陵户，拨给司香田若干。咸丰三年(公元1853年)，孝陵地区成了太平军和清军对峙的重要战场，地面木结构建筑几乎全毁。现存神烈山碑、禁约碑、下马坊、大金门、四方城及神功圣德碑、石像翁仲、大石桥、宝城、墓冢及清末所建碑亭、享殿等，仍然气势恢宏，蔚为壮观，凝聚着不散的帝王之气。
据记载，孝陵的红墙周长22.5千米，相当于当时京城城墙长度的三分之二，可见规模之庞大。明孝陵的神道石刻是中国帝王陵中唯一不呈直线，而是环绕建有三国时代孙权墓的梅花山形成一个弯曲的形状，形似北斗七星。沿神道依次有下马坊、禁约碑、大金门、神功圣德碑碑亭、御桥、石像路、石望柱、武将、文臣、棂星门等建筑，过了棂星门折向东北就进入了陵园的主体部分。陵园主体建筑排列在南北中轴线上，规模宏大，雄伟壮观。
清代康熙等皇帝都曾到明孝陵拜谒明太祖，但是后来随着清朝国力下降，无力修复，明孝陵渐渐荒芜，尤其是在咸丰年间成为太平天国和清廷战争的主战场，几乎使明孝陵地表建筑毁于一旦，康熙手书的御碑甚至倒地破碎。到现在，陵内所有木质结构的殿堂早已焚毁，但从遗存的石质基础仍能看出当年的布局规模。它与北京十三陵的布局和建筑形式相同，但要比十三陵中的帝陵大得多，可见明代诸皇陵都是以此为蓝本的。
有传说朱元璋未必真的葬在这里面，而是怕有人在他死后报复他，像曹操那样设了七十二疑冢。不过这些传说并没有充分的根据，因为孝陵在朱元璋去世以前已经建成，到了朱元璋死的时候，陵墓的一切设施都已就绪。而且，朱元璋是洪武三十一年(1398年)闰五月死的，南京地区当时已经进入夏季，停灵七天以后，就立即葬入了孝陵。如果在别处另造新陵，在时间上也是来不及的。再者，孝陵的位置紧靠宫城，北倚钟山，南有皇墙，内有神宫监，外有孝陵卫的官兵日夜巡逻，其安全的程度远较别处为高。此地汇聚了南京的龙气，朱元璋既然选择了此地作为陵寝，他是不会遗命舍此而他葬的。
祖上选定的龙脉给了朱元璋发迹的机会，而他一生之中屡遇贵人，也为其创下基业带来所必须的际遇。登基之后，朱元璋定都南京，此地虽有虎踞龙盘之势，但选此为都的王朝都很短命。秦始皇曾由于此地有王者之气，下令掘断连冈，以压偏霸之气，故名秣陵。这样以后，在金陵建都的朝代的寿命果然都是短短几十年。朱元璋离世之后，南京果然成了短命的国都，但所幸的是大明王朝迁都北京，将龙脉南北打通，这一变通，也让明朝的福祉延长到了近三百年之久。