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大明万历二十年的一个深夜，一名提着蒙古马刀的刺客入宫行刺皇帝，被锦衣卫诛杀；与此同时，市井之中有十几个百姓也被人暗杀于家中。
更让明神宗惊诧万分的是，在同一个晚上，他所倚重的一品大员宋阁老也被残杀在家中。一时间，朝野上下沸沸扬扬，惊恐不安。
对于宋阁老被杀一案，他的义子史秦还有众多门徒故旧，都把矛头指向了武将刘刚他们。因为几天以来，他们一直在为要不要出兵朝鲜而争得面红耳赤。
前几天，朝廷得到情报，日本倭寇正在备战，似乎有进兵朝鲜的迹象，以刘刚为首的主战派请求万历皇帝尽快发兵援朝。在他们看来，倘若倭寇得手，他们便可乘虚而入，直取辽东，那么大明朝的北大门就会被打开。
案子很棘手，明神宗想到了一个人。此人名叫魏源，乃是神宗三年的进士，曾在京城做了一任小辟，颇有审案断狱的才华，但却一性一格刚烈，桀骜不驯，把朝中文武大臣几乎得罪了个遍，后被朝廷以莫须有的罪名罢了官。
案发现场都被保护得很好，没有被破坏，魏源却依然没有发现凶手的蛛丝马迹，可是，他却从刘刚的身上发现了一些疑点。宋阁老被杀的当天晚上，刘刚并不在家中。他的解释是有友人要离京去泉州，他出城相送，所以不在家中。然而，守城的官兵却无论如何也回忆不起那天晚上曾经见过刘刚出城。
朝野上下恐怖的气氛越来越浓密。很多平民已经有了逃离京城的打算，尽避皇帝已经派出锦衣卫高手保护，可他们还是不放心，于是自己出银子招兵买马，护卫家院。然而，魏源却在他们的这一举动中，发现了一些不一样的东西。
此时，尽避每个主战派都有嫌疑，可他们依然逢朝必谏，让明神宗尽快下旨出兵援朝。而近来皇帝的心思却似乎偏向了主和派，淡然道：“量朝鲜弹丸之地，生死之间与我大明朝能有多大瓜葛？此事以后再议吧。”说罢，打了一个哈欠，由太监扶着下朝了。刘刚重重地叹了一口气，瞟了一眼站在旁边得意洋洋的史秦等人默默离开了大殿，而魏源却一直注目于他。
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深夜，魏源的书房还亮着烛火，原本平稳的烛火抖动起来。等到魏源疑惑地看向紧闭的门窗的时候，却大吃一惊。只见刘刚一身夜行侠者打扮，手上提着一把钢刀，正站在门前怒视着魏源。“刘，刘大人怎么如此打扮？深夜到此，有何见教啊？”魏源不安地问。
刘刚并不答话，径直走过来，将手中的刀一下子放到了魏源的手上，魏源一阵疑惑。“我知道魏大人一直都在怀疑是我杀了宋阁老他们，不相信我，便可一刀结果了我的一性一命。”不想，听了此话，魏源却哈哈一笑道：“史秦的话说得很对，你最有嫌疑，可你也最没有嫌疑。我隐约觉得我们的周围还有一股神秘的力量，就是这股力量先杀宋阁老他们，然后再让朝廷怀疑你们，然后引起内讧，从而达到他们不可告人的目的。”说着，魏源将刘刚的刀放回了他腰上的刀鞘之中。
“多谢魏大人的信任。”刘刚施了一礼。“可是我尚有一个疑点不知道你肯不肯相告？”“什么疑点？”“我们的皇帝向来多疑，满朝忠臣又何止你一人，为什么他会担保你？宋阁老被杀的当天晚上你到底在哪？还有，那天晚上入皇宫行刺皇上的到底是什么人，这等大事，皇上为什么不发一语？”
面对魏源的一连三问，刘刚叹口气道：“时候未到，恕不能相告。”
第二天一大早，明神宗上朝，刘刚又劝谏出兵朝鲜，再次遭到了皇帝的拒绝。刘刚忧心忡忡，而魏源却一脸的淡定。
回到府衙，魏源在自己的书房里走来走去，显得有些焦虑。很快，窗外有了黑夜的身影。他叹了一口气，向书房外喊了一声：“进来吧。”一个捕快走了进来：“大人请吩咐。”“今天晚上，我让你去给我盯一个人，走一步跟一步，去过哪个茅厕也要回来告诉我。”“盯谁？”魏源不答，而是在纸上挥毫写下了那个人的名字，捕快吃惊地看着魏源。
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将近三更天的时候，捕快回来了。魏源将一只笔递到他的手中：“写下他去过的地方。”捕快点了点头，在纸上写下了“九间酒楼”四个字。捕快一走，魏源又把管家唤了进来：“准备一下，我要连夜进宫面见皇上。”“这都三更天了。”“如果我不去，那么大明朝的社稷也就要快到三更天了。”管家一怔。
对于魏源的深夜闯宫，神宗皇帝很恼火，可是当他看完魏源早就写好的一封绝密谏书的时候，脸色变了：“你确信无疑了吗？”“如果臣这次错了，请皇上诛臣九族。”跪在地上的魏源不容置疑地回答。“你想让朕怎么办？”“皇上，臣斗胆问一句，那天晚上入宫行刺皇上的是不是元朝王室的后裔？”
“你，你怎么知道？”神宗的脸色再次一变。“因为我听皇宫里的人说行刺的人用的是一把蒙古马刀，再加上前几年你曾经派刘刚剿灭了一股元朝王室的造反势力，所以，我大胆断定刺客应该就是元朝王室的后裔，他们一直在寻找机会光复前朝。”听了魏源的话，神宗叹了一口气：“没错，刺客就是铁木真的后代。他的目的也的确如你所说。只可惜他们势单力薄，妄想颠覆我大明简直就是做梦。
第二天，不到一天工夫，元王族后裔入宫行刺皇帝，试图颠覆大明，负伤在逃的消息就传遍了朝野。朝野上下再次掀起了震动的波澜。此时，魏源关于宋文等大臣被杀一案的调查有了新的发现。他说，宋文他们被利刃刺破心脏之前都服过毒一药。毒一药尚未发作之时，他们便惨遭毒手。这意味着要杀他们的有两拨人，史秦等人吃惊不小，赶忙让管家加派人手，护卫家院。
夜深了，史秦仍没有睡意，守在一旁的管家却直打瞌睡。忽然，外面传来轻微的敲门声。管家一怔，赶忙开门，而门开的一刹那，一股白雾吹在他的脸上，管家轰然倒在地上。
史秦大吃一惊，尚未反应过来，蒙面人就已经跃在了他的跟前。“你，你是什么人？”史秦不安地问。蒙面人慢慢扯下了脸上的黑罩，露出一张粗犷的脸。他没有回答史秦的话，而是走到书桌旁，端起史秦刚刚用过的茶杯，淡然一笑道：“你刚刚喝的茶里我下过毒，你已经喝了四杯了。”蒙面人的话让史秦万分惊慌，再次问：“你到底是谁，为什么要这样做，我和我义父跟你到底有什么仇？”
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“你们跟我没仇，可是你们的皇帝跟我有仇。我乃是大元朝王族后裔都塔。你们的刘刚等大人都已经成了我的手下，你只要归顺我，以后就有享不尽的荣华富贵。要不然你就只有死路一条。”说着，哗地一声一抽一出长长的蒙古马刀一下子砍掉了桌子的一角，史秦大吃一惊，一下子瘫坐在椅子上，此刻，他似乎已经感觉到毒一药正在他的血液里流动了。
史秦一直坐到了天亮，似乎下定了决心，让清醒过来的管家火速备轿，他要去面见皇上。
进宫后，史秦将昨夜发生的一切全都告诉了神宗。史秦的话印证了魏源之前的判断。神宗皇帝勃然大怒，半个时辰后，刘刚等人全被魏源押进了大牢。面对刘刚的斥骂，魏源笑而不答。
数日后，丰臣秀吉带领一队倭寇一浪一人，乘着船大摇大摆地向朝鲜进发而去。
又数日后，并没有毒发身亡的史秦坐在书房里思考着这一切。就在这时，管家惊慌失措地跑了进来大声喊：“见鬼了，见鬼了。”“何事惊慌？”“刘，刘刚刘大人和魏源魏大人来了。”“一派胡言，刘刚已经死了。”史秦呵斥了一句。话音未落，魏源和刘刚真地出现在了他的面前。史秦张大了嘴巴，一脸惊恐：“刘大人，你，你还活着？”刘刚淡然一笑：“不但还活着，这几日还带领我们大明朝的军队出兵朝鲜，痛击日本倭寇，斩首几百人。”史秦无比吃惊地看着刘刚。魏源淡然一笑说：“史大人听到自己的同类死了这么多，心里头一定非常伤感吧？”“魏大人，你，你这话什么意思？”“好了，秋泉一郎，不要再跟我们演戏了。你的身份，九间酒楼的老板早在几天前就已经全部招认了。据他交代，倭寇早就有入侵大明的想法，所以，他们早在去年就选派了数个一精一通我中原语言和文化的人潜入京城，刺探情报，扰乱政治中枢的安宁。你为了得到更有价值的情报，便投其所好，送给了宋阁老大量的金银珠宝，宋阁老很高兴，从此你变成了他的义子，而他也对你大加提拔，于是你一个庶民百姓，平步青云地成为了朝廷的二品大员，没错吧？”
听了魏源的话，史秦的脸色已经变得惨白：“你，你是怎么知晓这一切的？”“那就让我从你们一陰一谋进兵朝鲜的事说起吧。”接着魏源便说起了整个事情的来龙去脉。
倭寇欲发兵朝鲜，本是醉翁之意，他们的真正目的就是要以朝鲜为跳板，进攻大明的辽东，然后一举拿下京城。然而他们深深知道大明朝和朝鲜的关系。如果他们在进攻朝鲜的时候，大明派兵来救，他们就会陷入极大的危险之中。所以他们要确定大明朝短时间内绝对不会援助朝鲜。
同时，他们还让另一个潜伏者九间酒楼的老板西泽正南派人残杀百姓，制造混乱。在他们看来，朝野之中的水越浑浊，就对他们越有利。
“你说的都只是经过，我问你是怎么怀疑我的？”史秦恼羞成怒地问。魏源淡然一笑说：“第一次怀疑是宋文等人死后，我发现其他的主和派都坚守庭院，紧张不堪，而你却似乎悠闲自若。只有真正的鬼才不怕人们所说的鬼。当然，这也或许你是一介遇事不慌的大臣。”
“后来我又在宋文的家中发现了一个重要的线索。宋文养着一只名贵的波斯猫，此猫一性一情凶猛，论起看家护院的本事丝毫不逊于家犬。你每次去找宋文，都会带上它最一爱一吃的鳜鱼，后来我在宋文管家那里得到一个证实。平时，宋文都只会给它买便宜的鲤鱼，从不买鳜鱼。案发的时候那只猫也死了，身边扔着一条鳜鱼，那只猫吃了没几口就死了。这一点从猫嘴里残留的鱼肉和基本完整的鳜鱼可以证明。仵作也检验过，那条鳜鱼肉中有剧毒。这说明案发的时候你去过宋文府中。
也就从那时候起，我加大了对你的怀疑，就盯上了你，发现你跟九间酒楼的老板来往非常密切。还有，我从你的家丁扔出来的垃圾里发现了一些人的名单，被烧过，可惜没有完全变成灰。后来我在刘刚那里证实，上面的人正是刘刚他们安插在倭寇内部的卧底之士。”
之前，刘刚在朝堂之上向皇帝透露出了这些人，可是没过几天他就得到消息，这些人全部被杀。所以，那天晚上刘刚跑到我的家中对我说他怀疑文武之中有倭寇的眼线。所以我合情合理地再次怀疑到了你。于是我与刘大人定下计策，假意透露出倭寇之中有我朝的眼线，你慌了，马上与西泽正南联系，而我却派人盯上了西泽正南，抓获了他派出的送情报的人，经过审问，他是一名日本人，也交代了你的身份和目的。我不露声色，决定跟你演场戏，我先是散播元朝王族后裔的信息，让你相信有这么一股势力存在，然后派人假冒元朝王族后裔与你联络，并让此人诬陷刘大人他们与他合谋造反。你觉得除掉刘大人他们的机会来了，所以将这一切告诉了皇上，我也假意抓捕了刘大人，然后找了一个死刑犯替刘大人掉了脑袋。这样你们就能放心地去进兵朝鲜。”
“而在此之前，皇帝已经下令让刘大人火速前往辽东率兵入朝鲜，出其不意地击溃了丰臣秀吉。这就是整个事情的经过。”“明白了，这就是一个完美的圈套，你让我相信你们杀刘刚都是真的，让我送出了一份假情报。”史秦沮丧地说。“可惜你明白得太晚了。”刘刚冷冷一笑。
神宗皇帝下令将史秦五马分一尸一，魏源却出面求情。在他看来，在不知道真中毒还是假中毒的情况下，史秦为了他的倭寇国，不顾自己生死，还是将刘刚举报，也算是一件义举，恳请皇帝赐毒让他自尽。
魏源破案有功，击溃丰臣秀吉有功，皇帝大行封赏，魏源却再次辞官。几年后，倭寇大举入侵大明朝的东南沿海，魏源追随戚继光出兵抗倭，后来战死沙场。